Bacteriophage

宿主-致病菌互作 Bacteriophage mucin glycans Mucus Vibrio cholerae

发酵乳制品特别常见，但是其微生物信息却并不明确。内蒙古农业大学张和平团队对73个酸马奶样品进行了深度宏基因组测序分析。结合数据库乳制品发酵信息，本研究揭示了乳制品发酵相关的细菌、噬菌体，以及它们之间的相互作用。文章认为，深度宏基因组分析可能是低复杂度微生物群研究的有效手段。

发酵食品宏基因组发酵乳制品 metagenomics deep sequencing

噬菌体

Cell子刊：噬菌体的溶源性感染影响其细菌宿主的转录及功能

噬菌体 Bacteroides gut microbiome Bacteriophage temperate phage. bile acids. host-microbe interactions. phage-host interactions

人类肠道病毒组

Cell子刊：研究人肠道病毒组的重要新资源

目前关于人肠道病毒组的研究至少发表了32项，但不同研究之间存在不一致的结果。Cell Host and Microbe发表的一项新研究中，美国俄亥俄州立大学的研究者对这32项研究的数据进行了整合，构建了一个系统性的人肠道病毒组数据库，用其评估了这些研究的偏倚性和不同研究方法对病毒数据的影响，并分析了人一生中的病毒组演变规律。该研究为今后的肠道病毒组研究提供了重要资源。

人类肠道病毒组 gut microbiome Virome database Bacteriophage

噬菌体疗法

Cell 子刊：宏基因组数据分析，如何助力噬菌体疗法？

噬菌体疗法是消除肠道有害细菌的高度特异性治疗方法。然而，噬菌体和肠道细菌之间的感染关系尚未完全阐明。Cell Host and Microbe发表的一篇文章，对101个健康日本人的肠道病毒组和细菌组进行了宏基因组分析，鉴定出能特异性控制病原微生物的噬菌体来源抗菌酶。利用抗菌酶干预艰难梭菌感染的小鼠，可以显著提高小鼠的成活率。本研究结果表明，基于宏基因组分析的宿主细菌-噬菌体关联信息，有利于改造噬菌体以消灭病原菌，并为开发各种与肠道菌群失调相关疾病的治疗方法提供借鉴。

噬菌体疗法宏基因组 Bacteriophage metagenome analysis Virome

细菌-噬菌体互作

Cell子刊：挖掘肠道微生态中的“暗物质”——未知噬菌体

肠道噬菌体是肠道微生态的重要组成部分，但是收到的关注较少。Cell Host and Microbe近期发表研究，通过分离27株多形拟杆菌噬菌体以及基因组分析，发现了在人肠道宏基因组中广泛存在的但未被解析的噬菌体群体，及其感染细菌的相关基因，为研究肠道噬菌体建立的一种可借鉴的方法。

细菌-噬菌体互作 Bacteriophage phage isolation comparative genomics gut microbiome

噬菌体

噬菌体疗法面临哪些挑战？如何应对？（综述）

利用肠道中丰富的微生物生态系统，或可通过使用改造过的噬菌体在原位对微生物组进行基因改造。Journal of Controlled Release发表的综述，提出了利用工程噬菌体控制和操纵肠道微生物组所面临的挑战，如细菌靶向特异性、转导DNA的长期作用、基因表达调控、重组DNA安全性控制等。针对这些挑战，文章进一步提出了应对这些挑战的可操作性方法，以帮助发展基于噬菌体的原位微生物工程这一新兴领域，并力图在未来将其推展到临床。

噬菌体微生物组基因治疗 Bacteriophage phage Microbiome

VIBRANT

VIBRANT：宏基因组中自动恢复、注释、管理和评估病毒组群落功能的新方法

本文介绍了VIBRANT，这是第一种利用混合机器学习和蛋白质相似性的方法，该方法不依赖于序列特征来自动恢复和注释病毒，确定基因组质量和完整性以及从宏基因组学装配中表征病毒群落功能。VIBRANT使用蛋白质特征的神经网络和最新开发的v得分指标，该指标可以规避传统界限，以最大限度地识别裂解性病毒基因组和整合前病毒，包括高度多样化的病毒。VIBRANT突出显示了病毒辅助代谢基因和代谢途径，从而成为评估病毒群落功能的用户友好平台。

VIBRANT 基因组序列神经网络 v-score 微生物群落代谢

噬菌体疗法

噬菌体治疗肠道细菌感染的新思路

mSystems发表的一项研究，使用一种温和的噬菌体（一种能将自身基因组整合到细菌基因组中的噬菌体），通过在遗传水平上修改细菌的功能，来抑制毒性因子的表达。结果表明，单剂量的工程噬菌体可以在细菌中繁殖，并在肠道感染小鼠模型中减少志贺毒素的产生，且不会显著影响细菌浓度。本研究或提供了一种治疗肠道细菌感染的新思路。

噬菌体疗法 Shiga toxin antivirulence Bacteriophage Microbiome

噬菌体

饮食中的原噬菌体诱导剂是如何影响肠道菌群的？

在人体肠道内，每一个细菌细胞约含有1个病毒样颗粒(VLP)。这些VLPs大部分是dsDNA噬菌体。人类肠道中的大多数噬菌体属于温和噬菌体，并作为原噬菌体整合到细菌宿主的基因组中。研究表明，许多常见的食物和/或环境化合物可通过激活原噬菌体改变肠道菌群组成。Gut Microbes发表的文章，研究了三种常见肠道细菌和一种条件致病菌对117种常用食品、化学添加剂和植物提取物的反应。结果显示，包括甜菊糖和蜜蜂蜂胶提取物在内的11中化合物，显示出物种特异性生长抑制的原噬菌体诱导作用。以上结果表明，不同的食物可以通过调节温和噬菌体来改变肠道细菌的丰度，本结果或可为调节人类肠道微生物组提供了一条新的途径。

噬菌体饮食-菌群互作 Bacteriophage gut microbiome Diet

噬菌体疗法

Cell：工程噬菌体或是战胜耐药菌的良方

细菌可对抗生素产生耐药性，相似的挑战也存在于噬菌体疗法中。Cell近期发表的一项研究，受基因工程抗体的研发思路启发，开发了一种可对噬菌体进行高通量工程改造的方法，能扩大其宿主范围，减少靶标细菌的抗性产生，对研发噬菌体疗法有重要价值。

噬菌体疗法 Bacteriophage phage virus antimicrobial

噬菌体

Cell子刊：噬菌体对肠道菌群和代谢组的影响不容小觑

噬菌体如何在体内影响菌群？《Cell Host and Microbe》发表的一项最新研究，使用限菌小鼠模型，揭示出噬菌体对其靶细菌的直接影响，可对菌群造成级联效应，波及其它菌群成员，导致肠道代谢组改变，从而可对宿主产生影响，这些发现对于研究靶向肠道菌群的噬菌体疗法，很有参考意义。

噬菌体 Bacteriophage virus gut microbiome microbiota

病毒组

病毒组分析，选对软件很关键

迄今为止最完整的病毒组组装软件评测，包含了16个宏基因组组装软件（方法），结果表明SPAdes一致性表现最好。

病毒组 Assembly Bacteriophage Benchmark Comparison

病毒组

噬菌体在结直肠癌（CRC）中的新角色

本文是对粪便病毒组或可诊断结肠癌（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1038562104）的评论，指出了噬菌体在结直肠癌发病中的关键作用，提示了病毒组检测在疾病早期筛查中的潜在价值。

病毒组结直肠癌（CRC）肠道生物膜 Bacteriophage colorectal cancer

噬菌体

噬菌体疗法的优势与局限性（综述）

噬菌体疗法是潜在的疾病治疗方法。本综述重点探讨了噬菌体在哺乳动物组织中的高度穿透性，以及这一特性在治疗细菌感染、进行免疫调节及基因治疗中的优势，回顾了目前噬菌体疗法的运用以及研究进展，并指出了该疗法的局限性，对开发靶向、高效疾病治疗方法具有参考价值。

噬菌体噬菌体疗法 Bacteriophage blood-brain barrier Dermis

微生物组多样性

微生物组跨域及与病毒的互作（综述）

尽管热心肠日报一般将Microbiome译为菌群，但是我们知道微生物组的成分不仅仅只有菌。它的主要成员是细菌，但同时还包括真菌、古菌、病毒和一些可能的真核生物。作为一个整体，它们共同影响宿主的健康和行为。因此，认识它们之间的相互作用具有重要意义。Microbiology and Molecular Biology Reviews 综述600篇参考文献，告诉你想知道的一切。总体上，人体微生物组(包括肠道、口腔、女性阴道和皮肤等)的量级估计为10^13-10^14个细菌，10^12-10^13个真菌，0-10^4蠕虫和10^14-10^15病毒。细菌主要是厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门、放线菌门和疣微菌门的微生物；真菌主要是子囊菌门和担子菌门；病毒主要是有尾噬菌体、微小噬菌体和一些宿主病毒；蠕虫则包括吸虫、线虫和绦虫等。

微生物组多样性人体微生物组种间互作 Archaea bacteria

噬菌体疗法

噬菌体治疗肠胃不适安全性如何？

噬菌体疗法 Bacteriophage gastrointestinal gastrointestinal health Inflammation

噬菌体

Cell子刊：噬菌体调节大肠杆菌的毒力基因表达

噬菌体在调节细菌上的生理功能中其重要作用。Cell Host and Microbe上发表的最新研究显示，噬菌体转录因子Cro在溶原状态下，可激活肠出血性大肠杆菌的III型分泌系统（T3SS），并增强细菌的毒力基因表达。

噬菌体肠出血性大肠杆菌毒力基因 enterohemorrhagic E. coli (EHEC) Bacteriophage

实验方法

可重复的提取分析人粪便噬菌体组的实验流程

实验方法噬菌体组 Bacteriophage human gut microbiome metagenomics

宽吻海豚

CB：宽吻海豚口腔菌群的多样性及功能分析

宽吻海豚口腔菌群 Oral microbiota microbial ecology candidate phyla

乳酸菌噬菌体

FEMS MR：噬菌体如何识别乳酸菌？（综述）

生产发酵食品时，噬菌体感染是不利因素之一，而噬菌体是如何识别乳酸菌的呢？这篇IF高达12.198的综述，系统性对此进行了阐述，很值得一读。

乳酸菌噬菌体乳酸菌 Lactococcus Bacteriophage carbohydrate

Antibiotic courses

Microbiome：病毒如何通过我们的菌群传播？

在人体的肠道和口腔中，病毒是不可或缺的微生物，而且病毒可以通过菌群进行传播，具体是怎么的情况，看看这篇文献哦。

Antibiotic courses Antibiotic perturbations antibiotics Bacteriophage Gut