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文章数：7篇

细菌-噬菌体互作

Cell子刊：挖掘肠道微生态中的“暗物质”——未知噬菌体

肠道噬菌体是肠道微生态的重要组成部分，但是收到的关注较少。Cell Host and Microbe近期发表研究，通过分离27株多形拟杆菌噬菌体以及基因组分析，发现了在人肠道宏基因组中广泛存在的但未被解析的噬菌体群体，及其感染细菌的相关基因，为研究肠道噬菌体建立的一种可借鉴的方法。

细菌-噬菌体互作 Bacteriophage phage isolation comparative genomics gut microbiome

菌群-免疫互作

Cell子刊：免疫-菌群互作调控进食和体重

饮食引起的肥胖和胰岛素抵抗，与肠道菌群失调和炎症有关，但免疫-菌群的互作在代谢平衡调控中的作用仍待深入研究。《Cell Metabolism》近期发表的一项小鼠研究表明，特定免疫细胞中营养传感通路的活化，可影响肠道菌群组成和特定关键菌株的定植，从而导致小鼠进食减少、体重减轻，说明宿主免疫-菌群互作参与调节宿主进食和体重。

菌群-免疫互作免疫代谢 immunometabolism innate immunity energy balance

环境微生物

宏组基因组和培养组联合揭示热泉微生物组成和功能

泉水提供了重要的生态系统服务，包括饮用水供应、娱乐和水疗，但其微生物群落在很大程度上仍然未知。在这项研究中，我们在温泉的四个采样点包括自然（泉水和井）和人为（储水箱，浴缸）环境的四个采样点表征了意大利Comano Terme的泉水微生物组。这项研究证实，地下水环境中存在着由许多未知类群组成的高度适应的，稳定的微生物群落，甚至存在于可培养的部分中。

环境微生物温泉宏基因组培养组学细菌基因组

菌群-宿主共进化

南师大朱立峰等：肠道菌群帮助熊猫解毒氰化物

肠道微生物可以增强食草哺乳动物对植物次生化合物的代谢能力，从而拓宽了宿主的食谱，增强其适应性。南京师范大学朱立峰团队主导的最新研究，通过对比两种竹食性熊猫（大熊猫和小熊猫）的肠道菌群，并与麋鹿作对比，发现两种熊猫的肠道菌群具有相似性，富集了对氰化物有解毒功能的菌株和基因，体现了肠道菌群与宿主共进化以适应饮食结构的特点，值得专业人士参考。

菌群-宿主共进化氰化物解毒熊猫 bamboo comparative genomics

宏基因组学

EM：Patescibacteria中DNA损伤诱导网络的比较基因组学

Environmental Microbiology[IF：5.395]上关于特定细菌的比较基因组学研究一项，特别推荐。

宏基因组学遗传学多样性比较基因组学 SOS调控网络转录抑制因子LexA

高速宏基因组功能注释工具eggNOG-Mapper

eggNOG-mapper是一款又快又准的功能基因注释工具，比传统的BLAST或InterProScan方法的注释速度提高2到15倍，同时进一步提高了回收率和降低假阳性率，是目前宏基因组基因注释中的主流方法之一，强烈推荐。

eggNOG 功能注释同源基因鸟枪法宏基因组学功能基因注释

张和平等：29株肠球菌的基因组比较

张和平教授团队的新成果，对条件致病菌肠球菌进行基因组比较，值得认真读一读。

肠球菌属比较基因组学 comparative genomics Enterococcus Phylogenetic analysis