比较基因组学

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比较基因组学

文章数：13篇

比较基因组学

国内团队iMeta：清酒乳杆菌对炎症性肠病的种间差异机制

江南大学于雷雷与团队在iMeta发表研究，从中国各地120份发酵和粪便样本中获得了72株清酒乳杆菌。结果表明，有2株在缓解炎症性肠病（IBD）相关症状方面表现出不同程度的有效性，造成这些差异的可能原因是菌株之间碳水化合物活性酶和代谢物的差异。本研究旨在筛选不同来源的清酒乳杆菌，探讨清酒乳杆菌对IBD的种内差异，为进一步研究具有益生菌功能的清酒乳杆菌奠定理论基础。

比较基因组学肠道菌群炎症性肠病清酒乳杆菌代谢组学

比较基因组学

iMeta：国内团队开发了原核微生物泛基因组与基因组分析平台IPGA

该研究，作者提供了一个可以对较大规模微生物基因组进行比较分析的集成原核生物基因组和泛基因组分析平台-IPGA，平台提供了基于基因组注释与泛基因组注释的包括进行系统发育分析、基因组共线性分析和核心基因差异分析等后续分析在内的整合流程，并提供了免费、简单的页面操作环境。平台入口：https://nmdc.cn/ipga/。

比较基因组学泛基因组网络服务

瘤胃纤毛虫

瘤胃纤毛虫系统发育和生物质降解酶的基因组研究

该研究公布了世界上首个瘤胃原虫的基因组目录，发现其是一类可媲美肠道真菌的降解微生物，并理清了其系统发育关系和分类学框架，鉴定出1个新的科，2个新的属和2个新的种,颠覆百年认知。此项目旨在通过基因组的手段规避细菌和古菌等共生微生物的干扰，进而通过比较基因组学和功能基因组学的手段解析其系统发育、基因组进化和生态功能。

瘤胃纤毛虫比较基因组学系统发育单细胞全基因组测序宏基因组

比较基因组学揭示蓝藻进化和生境适应性特征

本文通过大规模的基因组分析，尝试寻找基因组中适应不同生境的进化痕迹。蓝藻本身作为初级生产者，分布非常广，长期参与地球生物化学过程，这对回答进化适应性问题来说是极好的研究材料。另一方面，本文的研究对象又相对局限，如测序的163株蓝藻，均是来自同一藻种库的淡水和陆地蓝藻，可能存在同化特征。虽然分析结果兼顾了全局性和局部特征（功能基因），但生境划分相对粗糙，更多的是尝试从大生态概念上的解读，文中比较基因组学的方法和工具使用值得借鉴。

蓝藻比较基因组学水平基因转移（HGT）系统发育树功能基因群

东北农大霍贵成团队：不同益生菌在不同疾病人群中的相对丰度及潜在作用

来自东北农业大学霍贵成团队在Frontiers in Microbiology上发表的一项最新研究，对15种主要传统益生菌的基因组进行了分析，并评估了这些益生菌与不同疾病的关联。该研究可能为根据健康状态个性化指定益生菌补充方案提供了研究策略。

益生菌益生菌比较基因组学 Lanjuan Li Yanfei Chen

色氨酸代谢

天大+上海科大等：揪出催化便便发臭的关键细菌酶

粪便的臭味来源之一是其中的细菌代谢物——粪臭素。来自天津大学、上海科技大学和新加坡科技研究局共同合作的研究，从一种已知的粪臭素产生菌中鉴定出吲哚乙酸脱羧酶，是色氨酸发酵生成粪臭素所必须的催化酶，可作为标志物鉴定粪臭素产生菌。

色氨酸代谢粪臭素生物信息学比较基因组学

华大基因等：植物-固氮菌共生的进化机制

氮是植物生长的必须元素，然而只有部分植物能与土壤中的固氮细菌共生，固定空气的氮供植物吸收。Science近期上线一项由华大基因参与主导的研究，通过比较基因组学方法，发现植物中的NIN和RPG基因可能对调节植物-固氮菌共生有重要作用，并提出了“多重独立丢失”的新假说以解释植物共生固氮的演化机制。这些发现将有助于用生物工程技术改造农业种植，以达到增产和减少氮肥使用的目的。

共生固氮植物比较基因组学植物基因组测序

宏基因组学

EM：Patescibacteria中DNA损伤诱导网络的比较基因组学

Environmental Microbiology[IF：5.395]上关于特定细菌的比较基因组学研究一项，特别推荐。

宏基因组学遗传学多样性比较基因组学 SOS调控网络转录抑制因子LexA

张和平等：29株肠球菌的基因组比较

张和平教授团队的新成果，对条件致病菌肠球菌进行基因组比较，值得认真读一读。

肠球菌属比较基因组学 comparative genomics Enterococcus Phylogenetic analysis

比较基因组学

PNAS：对29种有应用前景的酵母的比较基因组分析

对29种有生物技术应用前景的酵母进行了比较基因组学分析，会有什么结果呢？请看PNAS这篇文章。

比较基因组学酵母菌生物能源遗传密码基因组学

Microbiome：暂无法培养的细菌，可用测序剖析它！

最近很多文章在讲如何培养肠道细菌，而其实如果暂时培养不出来，还是有办法把某些细菌分析个透的，这不，看看拟杆菌中的一科，被精准分出具有不同功能的3株。

S24-7 恒温动物拟杆菌肠道菌群全基因组分析

克罗恩病相关的黏附侵袭性大肠杆菌的比较基因组学研究

① 黏附侵袭性大肠杆菌（AIEC）是克罗恩病（CD）的主要候选致病菌；② 从澳大利亚的19位IBD患者及17位健康人中分离出41株B2大肠杆菌菌株；③ 其中79%的B2大肠杆菌菌株能够在巨噬细胞中存活和复制，11株能够黏附并侵袭上皮细胞，是AIEC的一种表型；④ AIEC菌株在系统发育上是异质的，但未发现AIEC共有的基因，且细胞因子的分泌和CRISPR序列与AIEC的表型都不相关；⑤ AIEC和非AIEC菌株的比较基因组分析没有发现AIEC表型特有的分子特征。

克罗恩病大肠杆菌比较基因组学 Axel Hoos Axel Hoos

ISME：比较基因组学告诉你细菌怎样利用硒

硒是对细菌来说很重要的物质，细菌们利用硒，都有什么模式，有什么影响因素，用比较基因组学，可以了解得很清楚。

硒宏基因组比较基因组学 Christine Cole Johnson Christine Cole Johnson