系统发育

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文章数：8篇

Nature子刊：全球草食性真菌生物群落的模式和决定因素

厌氧肠道真菌（AGF）在宿主营养中发挥着重要作用，但目前对食草动物肠道微生物组AGF特征的了解仍然很少。近日，美国俄克拉荷马州立大学研究人员在Nature Communications发表最新研究，为研究AGF多样性的全球模式和决定因素，分析了来自6大洲的34种哺乳动物的661个粪便样本的扩增子数据集，共识别到56个新属，极大地扩展了厌氧肠道真菌的多样性，并提供了一个基于生态学和进化的模型来解释在现存动物宿主中观察到的AGF多样性模式，值得关注。

食草动物肠道真菌研究论文基础研究系统发育

瘤胃纤毛虫

瘤胃纤毛虫系统发育和生物质降解酶的基因组研究

该研究公布了世界上首个瘤胃原虫的基因组目录，发现其是一类可媲美肠道真菌的降解微生物，并理清了其系统发育关系和分类学框架，鉴定出1个新的科，2个新的属和2个新的种,颠覆百年认知。此项目旨在通过基因组的手段规避细菌和古菌等共生微生物的干扰，进而通过比较基因组学和功能基因组学的手段解析其系统发育、基因组进化和生态功能。

瘤胃纤毛虫比较基因组学系统发育单细胞全基因组测序宏基因组

上海交大：结合系统发育学的菌群数据的转化和差异丰度分析

上海交通大学王涛、耶鲁大学赵宏宇与团队，近期在Bioinformatics发表研究，提出了一种基于模型的菌群数据转换方法，以及一种基于转换数据的差异丰度 (DA) 检验的系统发育信息程序。与菌群组成分析 (ANCOM) 和其他DA检验程序的比较表明，菌群组成的适应性分析（adaANCOM）可以很好地控制错误发现率，更容易地解释结果，并且对于高维问题具有计算效率。开发的R包可以在https://github.com/ZRChao/adaANCOM上找到，模拟和数据分析脚本可以在https://github.com/ZRChao/Papers_supplementary上获得。

DTM adaANCOM 差异丰度检验贝叶斯公式肠道菌群

真杆菌属细菌与人类健康（综述）

在过去的二十年里，我们对肠道菌群及其对健康和疾病的贡献的理解已经发生了转变。在已经被认可的潜在有益微生物的新成员中，有真杆菌属（Eubacterium）的成员，它们构成了人类肠道核心菌群的一部分。发表在Gut Microbes上的一篇综述文章对真杆菌属（Eubacterium），从系统发育的角度概述了真杆菌属细菌的种类，描述了它们如何随着饮食和年龄而改变，并总结了它们与人类肠道和各种健康状况的关系。

Eubacterium 肠道菌群 Gut microbiota short-chain fatty acids Eubacterium hallii

Nature：首次发现锰氧化细菌及其化能自养生长过程

关于化能锰氧化微生物是否存在，在过去的一个世纪中一直争论不止，本研究富集了一个锰氧化的环境，发现其中存在共培养的两株细菌并且共培养环境依靠碳酸锰(MnCO3)的氧化进行增殖。本研究证实了锰氧化微生物的存在，并且从细胞、系统发育、转录组以及同位素示踪等不同的角度对其进行了详细的描述，过去一个世纪的争论终于尘埃落定。这些发现扩展了已知的供给生命的无机代谢多样性，并完成了锰的生物地球化学能循环途径，该循环可能与其他主要的全球元素循环有关。

锰氧化化能自养 MnCO3 同位素探针转录组学

微生物组数据预测建模的的深度学习新方法

基于微生物组数据建立临床结果的预测模型是必不可少的，系统发育树代表了微生物组的一种独特的相关结构，是提高预测性能的重要前提。然而，以有效且严格的方式考虑系统发育树的预测方法还不成熟。本研究开发了一种新颖的深度学习预测方法MDeep（基于微生物组的深度学习方法）来预测连续和二元结果。从概念上讲，MDeep设计卷积层以在每个卷积层上使用多个卷积过滤器模拟分类等级，以捕获局部接受域中微生物物种之间的系统发育相关性，并通过特征映射保持不同卷积层之间的相关性结构。总而言之，卷积层及其内置的卷积过滤器可捕获不同分类级别的微生物信号，同时促进局部平滑化并保留系统树诱导的局部连通性。本研究使用模拟研究和实际数据应用程序来证明MDeep在回归和二元分类方面优于其他竞争方法。

微生物组系统发育深度学习机器学习预测

肠道微生物组

哺乳动物与肠道菌群的共进化

尽管有大量研究证明哺乳动物多样性与肠道微生物群的关系，但缺乏对哪些微生物可能影响哺乳动物进化的深入了解。mBio发表的研究，通过比较不同哺乳动物肠道微生物群，评估了微生物群在哺乳动物进化中的潜在作用。导致哺乳动物多样性的生理进化过程伴随着其肠道微生物多样性的形成，并且可能导致对肠道细菌特定分支的过滤或选择。本研究从肠道微生物的角度对哺乳动物多样性的进化进行了探讨，加深了对生物进化的认识。

肠道微生物组生物信息学生态学进化系统发育

核糖体DNA扩增片段限制性内切酶分析（ARDRA）

书籍章节：一文读懂宏基因组学中的PCR

来自书籍 Methods in Molecular Biology 中对应用于宏基因组研究的PCR方法的详细介绍，是值得收藏并随时用来指导研究的实用文献，必须好好读读。

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