生态学

生态学海洋RNA病毒宏基因组学宏转录组学分类学

华中科大宁康团队近期在iMeta发表综述文章。在本研究中，作者专注于定量的分析宏基因组数据中蕴含的菌群生态和进化模式，解码这些模式与蛋白质结构的复杂关系，并研究如何有效地利用这些模式来提高蛋白质结构预测的效率和准确性。作者从生态和进化模式角度出发，解码了宏基因组数据与蛋白质结构的复杂关系，并在宏基因组数据中发现了可用于高效补充蛋白质同源序列的靶向方法。本研究在有效利用宏基因组数据搜索同源序列并预测蛋白质结构方面具有指导意义。

生态学进化宏基因组数据靶向方法蛋白质3D结构建模

定植抵抗

肠道菌群抵抗艰难梭菌入侵的生态和分子机制

研究肠道菌群对病原体的定植抵抗原理，将帮助设计出治疗肠道病原体感染的菌群疗法。Molecular Systems Biology发表的这项研究，通过利用多种合成的肠道菌群以及计算建模方法，揭示了菌群抵抗艰难梭菌入侵的生态和分子机制。

定植抵抗艰难梭菌生态学

早产儿肠道菌群发育

Nature：微生物之间的相互作用如何驱动早产儿肠道菌群的演变？

早产儿的肠道菌群的发育轨迹是可预测的：先锋菌群首先在肠内定植，随后是有序的不同微生物的演替变化。环境和宿主因素以及微生物之间的相互作用，都可能影响菌群的动态变化，但这些因素在肠道菌群发育中分别起什么作用尚不清楚。Nature最新发表的一项研究，通过定量测量178名早产儿出生1.5月内的肠道菌群中的细菌、真菌和古菌的绝对丰度的动态变化，结合生态模型以及体外和体内验证实验，揭示了在相对丰度研究中被掩盖的肠道菌群演变特征及其背后的生态学驱动因素，并揭示了微生态系统与宏观生态系统在群落组装规律上的相似性。

早产儿肠道菌群发育生态学绝对丰度微生物生态学

菌群疗法

Nature子刊：研究微生物组疗法，少不了体外生态学

Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology近期发表了来自Jeroen Raes团队的评论文章，讨论了体外生态学方法在微生物组疗法研究中的重要作用。

菌群疗法生态学

种间互作

共生菌群影响宿主种间互作

浮游植物是生态学研究中评估物种间相互作用的经典模型，mBio近期发表的一篇Editor's Pick研究，以浮游植物为模型，研究了共生菌群对宿主发生种间互作的影响，表明共生菌群可通过促进宿主生长，来改变宿主种间互作的强度和敏感性。

种间互作 biodiversity eukaryotic species interactions Microbiome species coexistence

合成生物学

Science：用生态学方法提高工程菌的基因稳定性

在工程菌中构建合成基因回路是一回事儿，但让这些基因回路在选择压力下仍能维持稳定，就又是另一回事儿了。Science近期发表的一项研究，使用了一种生态学策略，来解决这一问题。该研究构建了3个细菌菌株，三者间存在一种“石头-剪子-布”式的彼此相克的关系，当其中一个在培养期间发生突变时，加入克制它的细菌对其进行清除和替换，可维持合成基因回路的稳定性。

合成生物学工程菌生态学 Jennifer A Buffa Kymberleigh A Romano

共生

连接土壤、植物和昆虫的微生物桥梁（综述）

Trends in Ecology and Ecolution近期发表的综述，对菌群在土壤、植物和昆虫生态系统中的作用进行了总结，值得关注。

共生 ecological interactions Microbiome plant and soil insect pollinators

菌群内互作

肠道菌群内部互作方式和研究方法（小综述）

研究肠道菌群的动态变化规律，需要了解菌群内部不同微生物之间的互作关系。《Current Biology》近期发表的一篇小综述，从生态学的角度，介绍了肠道菌群内互作的类型、相关研究进展和研究方法，非常值得专业人士关注。

菌群内互作生态学 Hui Wang Jianping Ye Ying Wang

肠道微生物组

哺乳动物与肠道菌群的共进化

尽管有大量研究证明哺乳动物多样性与肠道微生物群的关系，但缺乏对哪些微生物可能影响哺乳动物进化的深入了解。mBio发表的研究，通过比较不同哺乳动物肠道微生物群，评估了微生物群在哺乳动物进化中的潜在作用。导致哺乳动物多样性的生理进化过程伴随着其肠道微生物多样性的形成，并且可能导致对肠道细菌特定分支的过滤或选择。本研究从肠道微生物的角度对哺乳动物多样性的进化进行了探讨，加深了对生物进化的认识。

肠道微生物组生物信息学生态学进化系统发育

科赫法则

FEMS MR：科赫法则进入生态时代（必读综述）

这是FEMS Microbiology Reviews[IF：12.198]发表的提出“生态科赫法则”的重要综述，全面总结了肠道菌群相关研究对病原体和疾病所带来的革命，并认为可根据新的研究进展，利用新的科赫法则原理去分析和研究菌群与疾病的关系，这篇综述可以与之前一篇文章（http://www.xunludkp.com/papers/read/1058884512）连起来读，必有收获。

科赫法则生态学

耐药菌

FEE：生态学有助于研究肉用动物耐药基因传播（综述）

对大部分人来说，鸡、牛、猪、羊、鱼等肉用动物不可缺少，但现代养殖业中使用大量抗生素，其促进增加的耐药性基因会随着肉食进入人体。研究耐药基因的传播过程很重要，这篇综述系统总结了生态学的理论在相关研究中的应用，很值得一读。

耐药菌食用动物生态学

菌群

身心医学：生物+心理+社会+生态，理解微生态系统！

生物心理社会学认为，健康和疾病不仅仅只跟生物学有关，还跟心理和社会学关系密切，随着对菌群、肠脑轴等研究的深入，或许加上一个生态学，四位一体，可以更好认识人体和微生物组成的生态系统。Biopsychosocial Ecology就此横空出世，似乎有点把问题复杂化啊…你怎么看？

菌群肠脑轴生物心理社会的生态学环境

湿疹

Nature子刊：湿疹中的微生态学有何特点？

Nature Microbiology上关于过敏性皮肤炎患者皮肤微生态学的一篇简要介绍，值得一看，推荐给大家。

湿疹生态学 Charitharth Vivek Lal Charitharth Vivek Lal

微生态

Nature：生态系统的功能要强大，多重营养要跟上

这是一篇宏观生态学的Nature文章，介绍多重营养水平对生态系统功能的作用。虽然是宏观生态，但对微生态也有很大启示的，所以特别编发于MC，强烈推荐给大家。

微生态生态学多重营养单一营养 Mari Murakami

生物多样性

Nature综述：真菌的生物多样性，超乎想象！

真菌的生物多样性，有什么特点，可以从哪些维度评估？Nature Reviews Microbiology这篇综述阐述得很清楚，推荐阅读。

生物多样性生物多样性维度真菌真菌组遗传多样性

个体本位模型

Nature Reviews：个体本位模型

关于生态学的内容，肠sir说脑袋瓜疼，谁能读懂这篇文献？求给群友科普。

个体本位模型微生态学个体本位生态学生态学 Kristoffer Forslund

生态学

溪流生物膜的生态学与地球生物化学

河流相互交织形成巨大网络覆盖地球表面，它们的沉积物也为微生物提供了广阔的生长空间。①生物膜是微生物在河流中的主要生长模式，驱动生态系统进程并参与重要地球生物化学流动②水流，营养和有机物的运输是生物膜生长的主要限制③强调物理及生态方面生物膜的结构功能，气候环境变化对流生物膜的影响。

生态学地球生物化学流生物膜微生物 Craig L Phillips

斑马鱼

ISME：微生态学，中性过程对菌群组装有何影响？

斑马鱼肠道菌群生态学中性过程生态位过程