绝对丰度

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早产儿肠道菌群发育

Nature：微生物之间的相互作用如何驱动早产儿肠道菌群的演变？

早产儿的肠道菌群的发育轨迹是可预测的：先锋菌群首先在肠内定植，随后是有序的不同微生物的演替变化。环境和宿主因素以及微生物之间的相互作用，都可能影响菌群的动态变化，但这些因素在肠道菌群发育中分别起什么作用尚不清楚。Nature最新发表的一项研究，通过定量测量178名早产儿出生1.5月内的肠道菌群中的细菌、真菌和古菌的绝对丰度的动态变化，结合生态模型以及体外和体内验证实验，揭示了在相对丰度研究中被掩盖的肠道菌群演变特征及其背后的生态学驱动因素，并揭示了微生态系统与宏观生态系统在群落组装规律上的相似性。

早产儿肠道菌群发育生态学绝对丰度微生物生态学

相对丰度会歪曲实际丰度，联合16S扩增子测序和总菌qPCR获得的绝对丰度可靠吗？

微生物组研究主要使用16S rRNA基因扩增子测序来评估细菌类群的相对丰度。但是16S rRNA基因扩增子测序不能准确反映物种的绝对丰度。本研究试图确定通过细菌16S通用引物qPCR获得总细菌载量和16S rRNA基因扩增子测序获得的物种相对丰度的两者乘积是否可以准确地代替特异性qPCR所检测的单个物种的绝对丰度。总体而言，基于两种技术联合推断的特定物种的绝对丰度在某种程度上是物种特异性qPCR检测结果的合理替代，尤其是当细菌以较高的相对丰度存在时。这种方法提供了一个机会来评估细菌物种的绝对丰度，而无需为每个特定物种开发单独的qPCR分析方法。

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药物-菌群互作

快速测定个体肠道菌群药物反应的新方法

很多口服药物都可以影响肠道菌群的组成和功能，《Microbiome》发表的一项研究介绍了一种称为RapidAIM的体外检测方法，可测定药物对人体肠道菌群的组成和功能的影响。

药物-菌群互作 gut microbiome Drug response In vitro culturing Metaproteomics

菌群研究科学

菌群研究需要精准描述、据实汇报、明确因果！

准确传达菌群相关研究成果需要严谨的思维逻辑和表述方法。《Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology》近期发表评论文章，指出目前菌群研究中存在定义不明确的概念和定量方法的局限性，并强调了非因果性研究成果在指导疾病预防和治疗中存在风险。本文对于开展菌群研究、表述研究成果具有重要参考价值。

菌群研究科学观点评论绝对丰度菌群紊乱因果性研究

菌群分析方法

绝对定量菌群丰度的新方法

菌群相对丰度削弱了不同样品间的可比性，也难以揭示生物域水平的菌群结构变化。本研究采用人工合成的嵌合体DNA作为内参，可以计算土壤这样的复杂环境样品中的细菌绝对丰度，有助于不同样品间的比较，并且强调了绝对丰度与相对丰度在描述菌群变化中的差异。该成果对优化菌群分析手段、解读菌群相关的研究成果都具有参考价值，值得专业人士关注。

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SR：胶束PCR定量测定微生物谱

新的方法学，值得特别关注。

微生物谱胶束PCR 操作分类单位绝对丰度 DNA污染