相对丰度

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文章数：4篇

单核苷酸多态性（SNPs）

Nature子刊：胖瘦与人体肠菌SNP有关

全基因组关联研究通过扫描参与者基因组中数百万个单核苷酸多态性（SNPs），以寻找与疾病风险或其他性状相关的变异。但很少有研究将GWAS应用于“第二基因组”（即人体微生物）的变异与人体疾病的关联。近日，魏茨曼科学研究所Eran Segal及团队在Nature Medicine发表最新研究，使用来GWAS研究人类肠道微生物组与宿主肥胖间的关联，发现微生物组中的单个SNP与宿主BMI相关，且这些关联可以映射到特定的位点，值得关注。

单核苷酸多态性（SNPs） BMI 研究论文基础研究肠道菌群

峰谷比 (PTR)

宏基因组测序对微生物生长动态的准确和稳健推断揭示了个性化的生长速率

本研究中，作者介绍了 CoPTR（Compute PTR）：一种从完整的参考基因组和组装计算峰谷比 (PTRs)的工具。CoPTR 比当前最先进的技术更准确，同时总体上也提供了更多的 PTR 估计，作者进一步发展其理论，形成了PTRs的生物学解释。作者展示了 PTR 如何与相对丰度和代谢组学相结合，以研究它们对菌群的影响。总之，作者的研究表明，PTRs可以为研究群落相互作用、将多组测量与菌群联系起来，以及研究菌群动态与疾病之间的关系提供新的方法。

峰谷比 (PTR) 宏基因组测序微生物生长代谢组学相对丰度

Nature子刊：偏差校正的微生物组成分析方法

由于数据的组成型问题，微生物组数据的差异丰度（DA）分析仍然是一个具有挑战性的问题。在本文，作者定义了“抽样比例”的概念，并证明了进行微生物组数据的DA分析的主要障碍是样本之间抽样比例差异所带来的偏差。本文引入了一种方法，该方法称为偏差校正法分析微生物群落的组成（ANCOM-BC），该方法可以估计未知的抽样比例，并校正由样品之间的差异引起的偏差，绝对丰度数据使用线性回归框架建模，该方法在该领域取得了根本性的进步。

ANCOM-BC 差异丰度微生物组组成相对丰度抽样比例

相对丰度会歪曲实际丰度，联合16S扩增子测序和总菌qPCR获得的绝对丰度可靠吗？

微生物组研究主要使用16S rRNA基因扩增子测序来评估细菌类群的相对丰度。但是16S rRNA基因扩增子测序不能准确反映物种的绝对丰度。本研究试图确定通过细菌16S通用引物qPCR获得总细菌载量和16S rRNA基因扩增子测序获得的物种相对丰度的两者乘积是否可以准确地代替特异性qPCR所检测的单个物种的绝对丰度。总体而言，基于两种技术联合推断的特定物种的绝对丰度在某种程度上是物种特异性qPCR检测结果的合理替代，尤其是当细菌以较高的相对丰度存在时。这种方法提供了一个机会来评估细菌物种的绝对丰度，而无需为每个特定物种开发单独的qPCR分析方法。

定量PCR 阴道微生物组绝对定量绝对丰度相对丰度