差异丰度

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生物信息学工具

BiG-MAP：用于分析菌群中代谢基因簇丰度和表达的自动化流程

本研究讲述了 BiG-MAP，这是一种生物信息学工具，作者描述了该工具及其功能，以及使用模拟群落进行的验证。其用于分析宏基因组和宏转录组数据中基因簇的丰度和表达水平，并评估它们在不同条件下的差异丰度和表达，作者还使用口腔菌群数据集，展示了如何使用它来产生关于基因簇在介导宿主表型中的功能作用的假设。

生物信息学工具口腔菌群基因簇差异丰度

通过投影将 PERMANOVA 和 LDM 限制为组内比较可提高分析匹配的微生物组数据集的效率

菌群研究中经常出现匹配集数据。因此，需要针对由匹配集组成的数据的统计方法，以在群落水平和/或可操作分类单元 (OTU)水平针对感兴趣的特征检验假设。在本研究中，作者开发了一种新策略，使用 PERMANOVA 和 LDM 来分析各种匹配的菌群数据，以在适用时检验群落水平的假设和个体OTUs。作者描述了他们的策略并与现有的受限置换策略建立了联系，并展示了模拟研究以及在两个具有匹配设计的真实菌群研究中的应用。

差异丰度聚类数据配对数据不平衡数据微生物组关联检验

Nature子刊：偏差校正的微生物组成分析方法

由于数据的组成型问题，微生物组数据的差异丰度（DA）分析仍然是一个具有挑战性的问题。在本文，作者定义了“抽样比例”的概念，并证明了进行微生物组数据的DA分析的主要障碍是样本之间抽样比例差异所带来的偏差。本文引入了一种方法，该方法称为偏差校正法分析微生物群落的组成（ANCOM-BC），该方法可以估计未知的抽样比例，并校正由样品之间的差异引起的偏差，绝对丰度数据使用线性回归框架建模，该方法在该领域取得了根本性的进步。

ANCOM-BC 差异丰度微生物组组成相对丰度抽样比例

菌群分析方法

评估16S rRNA基因测序分析方法的框架

有多种生物信息学下游分析流程可用于分析16S rRNA基因扩增子测序，但尚无研究使用环境混合物评估16S rRNA基因测序结果的准确性。在《Microbiome》发表的这项研究中，作者开发了一种评估16S rRNA基因测序分析方法的框架，该框架利用一种新颖的两样品滴定混合物数据集和指标来评估计计数型表的定性和定量特征，并通过评估三个主流分析流程生成的计数表演示了该框架的分析结果。该框架是评估16S rRNA标记基因生物信息学方法的宝贵资源，并将帮助科学家为其标记基因分析选择合适的分析方法。

菌群分析方法 16S rRNA gene Assessment Bioinformatic pipeline Normalization