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分类学
文章数:4篇
生态学
iMeta:中科院团队综述海洋RNA病毒圈的二十年研究
本综述中,作者总结了全球海洋RNA病毒圈的特征,并重点概述了RNA病毒的进化分类研究历史。除此之外,作者还总结了RNA病毒组学的研究方法及其主要进展。本综述不仅是为了深入了解海洋RNA病毒,还为今后开发更好的研究方法和探索海洋RNA病毒圈的进化起源和生态意义提供方向。
生态学
海洋RNA病毒
宏基因组学
宏转录组学
分类学
基因组分类数据库
Nature子刊:细菌和古菌从域到种的完整分类新方法
大约40%的基因组在GTDB (Genome Taxonomy Database,基因组分类数据库)中缺乏种名。作者通过使用公认的平均核苷酸同源性(ANI)标准来设置物种界限,解决了这一局限,并提出包含所有公共可获得的细菌和古细菌基因组的物种簇。与以前的平均核苷酸同一性研究不同的是,作者选择了一个代表性的基因组作为有效命名法“类型”定义每个物种。在提议的24,706个物种簇中,有8,792个基于公开的名称,作者为剩余的15,914个物种簇分配了占位符名称,以为越来越多的未培养物种的基因组提供名称。这个资源为细菌和古细菌基因组提供了一个完整的从域到种的分类学框架,这将促进对未培养物种的研究并改善科学成果的交流。
基因组分类数据库
平均核苷酸同源性
物种簇
基因组装配
分类学
肠道微生物组
哺乳动物与肠道菌群的共进化
尽管有大量研究证明哺乳动物多样性与肠道微生物群的关系,但缺乏对哪些微生物可能影响哺乳动物进化的深入了解。mBio发表的研究,通过比较不同哺乳动物肠道微生物群,评估了微生物群在哺乳动物进化中的潜在作用。导致哺乳动物多样性的生理进化过程伴随着其肠道微生物多样性的形成,并且可能导致对肠道细菌特定分支的过滤或选择。本研究从肠道微生物的角度对哺乳动物多样性的进化进行了探讨,加深了对生物进化的认识。
肠道微生物组
生物信息学
生态学
进化
系统发育
病毒组
Nature Reviews:宏基因组时代的病毒分类
我们关注菌群,很多时候主要指的是细菌,但对病毒的研究和分类决不能忽视,这篇文章,一定可以好好读读。
病毒组
分类学
国际病毒分类学委员会
Shanti L Eswaran
Kenya Jackson