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文章数：8篇

基于环境菌群的绿色建筑设计原则（综述）

整合环境微生物组研究和政策的最新进展是城市设计的一大挑战。现有的绿色基础设施并未充分考虑到环境微生物组的变化及对公共卫生的影响。发表在Trends in Biotechnology上的一篇综述文章，提出了一种基于微生物群的绿色基础设施（MIGI）设计方法及干预指南，以帮助满足现代城市环境的需求,，并帮助多学科的研究人员和从业人员在设计和建筑环境中明确考虑环境微生物群，从而提高生态系统功能和公共健康。

环境菌群 microbiome-inspired green infrastructure green infrastructure urban design biodiversity

饮食-菌群-宿主互作

肠道菌群在宿主生态位分化中的作用

如果肠道微生物在短期内影响宿主的行为生态学，在进化过程中，它们可以推动宿主生态位的分化。发表在The ISME Journal上的一项研究探讨了这种可能性。作者收集了具有不同食性的冕狐猴（Propithecus diadema）、大狐猴（Indri indri）、毛狐猴（Avahi laniger）和鼬狐猴（Lepilemur mustelinus）2013年至2017年的粪便样本，分别采用扩增子测序、宏基因组测序和核磁共振波谱，对肠道菌群结构和功能与结肠代谢组进行整合分析。结果表明，狐猴具有物种特异性的肠道菌群、宏基因组和代谢组，这些都与它们的饮食特点有关。特殊的肠道菌群和相关的胃肠道形态使食叶狐猴能够耐受资源波动，帮助狐猴从难以消化吸收的资源中获得营养，也许最终促进了宿主物种的多样性的形成。

饮食-菌群-宿主互作生态位适应 biodiversity Conservation biology microbial ecology

Nature Reviews：噬菌体的多样性、基因组与进化（综述）

病毒宏基因组学的最新进展使人们能够在从人类肠道到深海的众多环境中迅速发现空前的噬菌体目录。尽管这些进展扩大了我们对噬菌体基因组多样性的理解，但也表明我们的研究相当初步。尽管噬菌体在核苷酸序列水平上具有非常高的多样性，但形成病毒颗粒的结构蛋白仍具有很强的相似性和保守性。从进化的角度来看，噬菌体具有独特的相互联系，并响应宿主的选择性压力而经历多种基因交换事件，从而驱动了它们的多样性。本篇Nature综述介绍了噬菌体在结构，基因组和群落水平上的多样性，以及噬菌体之间复杂的进化关系，这些噬菌体是由其基因组的镶嵌性塑造的。强烈推荐阅读，是噬菌体领域同行的必读入门教科书。

噬菌体 Bacteriophages biodiversity metagenomics Phage biology

共生菌群影响宿主种间互作

浮游植物是生态学研究中评估物种间相互作用的经典模型，mBio近期发表的一篇Editor's Pick研究，以浮游植物为模型，研究了共生菌群对宿主发生种间互作的影响，表明共生菌群可通过促进宿主生长，来改变宿主种间互作的强度和敏感性。

种间互作 biodiversity eukaryotic species interactions Microbiome species coexistence

Cell：复杂而多样的海洋浮游菌群

海洋细菌和古菌在全球生物地球化学中扮演重要角色。Cell近期发表的一项研究，使用随机化的单细胞基因组学方法构建了1个全球热带海洋参考基因组（GORG-Tropics）数据集，揭示了海洋浮游细菌和古菌的复杂和多样性。

海洋菌群 genomics Reference database microbial ecology plankton

Cell子刊：肝癌细胞如何重塑肿瘤微环境（海外华人团队）

癌症是一个进化过程的结果，在外部压力（如肿瘤微环境（TME））的作用下，确定性的肿瘤特征被优先选择以适应生存，同时也引入某些随机特征。因此，复杂的癌症基因组学和TME在各类组织或单个肿瘤中被认为是恶性实体肿瘤的常见现象。这些特点造成了分子层面的难题，即如何定义有效的分子靶向治疗。因此，了解癌症基因组的多样性，特别是瘤内异质性（ITH），有助于改善治疗失败、耐药性等最终致命的困境。来自美国国家癌症研究所的Xin Wei Wang团队近日在Cancer Cell杂志发表的文章探究了肝癌细胞如何驱动肿瘤微环境的重编程。该研究结果有助于了解肝癌的不同生态系统及其对患者预后的影响。

肝癌 liver cancer Hepatocellular carcinoma cholangiocarcinoma Single-cell

环境辐射污染

辐射及地理位置对田鼠皮肤及肠道菌群的影响

Microbiome上发表的一项最新研究，对比了切尔诺贝利隔离区内外的河堤田鼠的皮肤及肠道菌群，发现皮肤菌群更多地受到地理区域的影响，而核辐射更多地影响了肠道菌群。

环境辐射污染 Anthropogenic impact biodiversity Ionising radiation Pollution

“吃土”的小鼠不容易过敏

Journal of Allergy and Clinical Immunology发表的一项最新研究表明，接触土壤的小鼠比在洁净环境中生活的小鼠，在肠道菌群组成和免疫系统特征上都存在很大差异，对小鼠的过敏反应有不同影响，此外还揭示了肠-肺轴间的双向交流。该研究提示，土壤中的微生物可能有助于免疫耐受的建立，在办公室和家里放一些土壤盆栽植物或许是不错的选择。

免疫耐受过敏肠肺轴免疫生存环境