Bacteriophages

尽管长期以来肠道微生物一直被认为是了解宿主健康的基石，但肠道病毒组研究的领域是最近出现的。然而，肠道病毒体在人类中的功能作用在很大程度上尚不清楚。中山大学附属第六医院的左涛近期在Nature Reviews Microbiology发表评论文章，探讨了肠道病毒组里程碑意义的一些发现，这些具有里程碑意义的研究在机制上建立了肠道噬菌体和生物体水平上的哺乳动物免疫之间的直接功能关联。它为未来探索肠道噬菌体在真核哺乳动物宿主中的作用，特别是在疾病环境中奠定了研究的基础，并将为如何使用量身定制的噬菌体治疗慢性疾病提供理论基础。

肠道噬菌体宿主免疫尾病毒目噬菌体溃疡性结肠炎肠道病毒组

肠道病毒组

张文+沈权：病毒宏基因组学分析揭示高原蜥蜴肠道病毒组

江苏大学张文、沈权等近期在Microbiology spectrum发表研究，首次揭示了高原蜥蜴肠道病毒组独特的结构和功能特征，为进一步研究这些濒危蜥蜴物种及其他变温动物和高原动物的肠道病毒组奠定基础。

肠道病毒组蜥蜴青藏高原 Qinghai-Tibet Plateau Bacteriophages

长读长

Nature子刊：长读长纳米孔宏基因组测序，揭示口腔噬菌体与宿主细菌的相互作用

目前尽管一些宏基因组学研究已经聚焦于口腔噬菌体上，但其依赖于短读长测序。该研究中，作者使用PromethION测序仪进行了人类唾液的长读长宏基因组学研究，其分析整合了PromethION和HiSeq的数据（每个样品> 30 Gb且人类DNA污染少），可鉴定出数百个病毒重叠群。本文中作者的分析显示了增强的桥接功能，以及将噬菌体放置在其宿主基因组环境中并实现其分类学分类的能力，其分析还确定了一个链球菌噬菌体/原噬菌体组和9个巨型噬菌体/原噬菌体。该研究证明了利用PromethION进行的长读长宏基因组学研究在发现噬菌体及其与宿主细菌相互作用中的作用。

长读长宏基因组学口腔噬菌体宿主细菌重叠群

细胞壁

全面认识乳酸菌的细胞壁（综述）

FEMS Microbiology Reviews发表的综述文章，总结了近年来乳酸菌细胞壁结构的研究进展，细胞壁作为细菌素、噬菌体和宿主因子靶标的作用，以及乳酸菌感知和响应细胞壁损伤的机制。

细胞壁乳酸菌 peptidoglycan cell wall polysaccharides Bacteriocins

粪便病毒组移植

粪便病毒组移植的前景与局限（综述）

噬菌体是粪便病毒组的主要成员，能感染细菌，进而操纵肠道菌群，影响人体健康。FEMS Microbiology Reviews近期发表的一篇综述，讨论了用无菌过滤的供体粪便(含病毒、代谢物和细胞碎片，但不含完整的细菌细胞)替代FMT进行干预，对治疗IBD（炎症性肠病）、肥胖症和2型糖尿病等疾病的可能性，并阐述了噬菌体是如何通过FVT在肠道微生物组中发挥关键作用的。最后，文章还指出了未来使用FVT干预时应考虑的因素及安全隐患。值得一读！

粪便病毒组移植 gut microbiome Bacteriophages phage therapy fecal virome transplantation

噬菌体疗法

Nature 子刊：噬菌体治疗的安全性研究

Nature Microbiology发表的研究，纳入13名严重金黄色葡萄球菌感染患者，进行静脉注射三种肌病毒科噬菌体混合制剂（AB-SA01）进行辅助治疗，评价噬菌体治疗的安全性。结果显示噬菌体疗法不会引起黄色葡萄球菌感染病人（包括感染性心内膜炎和感染性休克病人）的不良反应。

噬菌体疗法金黄色葡萄球菌感染 Antimicrobials BACTERIAL INFECTION Bacteriophages

巨型噬菌体

Nature新发现：巨型噬菌体！

噬菌体基因组通常较小。但Nature近期发表的文章发现了不同样本，如人类、动物和环境微生物组中均存在巨型噬菌体，其中最大噬菌体的基因组拥有73.5万对碱基，比许多细菌宿主的基因组还要大的多，甚至具备CRISPR/Cas系统，颠覆了传统认知。

巨型噬菌体 CRISPR基因编辑系统 Bacteriophages environmental microbiology metagenomics

发育不良

Cell子刊：发育不良儿童的肠道噬菌体特征

发育不良在全球范围内影响约22%的5岁以下儿童，这些患儿的肠道菌群以变形菌门细菌增多为特征，但尚不清楚其肠道噬菌体的特征和作用。Cell Host and Microbe近期发表的一项研究，对比了不同年龄段的发育不良患儿与正常儿童的肠道菌群和噬菌体组成，发现低龄儿（≤23月龄的未断奶的婴幼儿）的肠道噬菌体有更强的调控肠道细菌的能力，表明噬菌体或许参与了发育不良患儿的肠道菌群改变，提示对发育不良儿童进行早期肠道菌群干预可能更加有效。

发育不良噬菌体 gut microbiome Bacteriophages metagenomics

噬菌体

Nature Reviews：噬菌体的多样性、基因组与进化（综述）

噬菌体 Bacteriophages biodiversity metagenomics Phage biology

肠道病毒组

Cell子刊：稳定、个体化的人类肠道病毒组

人类的肠道中含有大量的病毒，其中绝大部分是噬菌体。在人肠道微生物组的研究中，关于病毒组的研究还比较缺乏。Cell Host and Microbe发表的一项研究，开发了基于宏基因组学的方法工具，能更为深入全面的分析人类肠道病毒组。该研究通过纵向队列分析表明，人肠道病毒组是稳定且高度个体化的，且每个人都存在“持久稳定的个体病毒组”（PPV），由靶向主要肠道细菌类群的烈性噬菌体组成。这些发现为进一步深入研究人类肠道病毒组打下了基础。

肠道病毒组 Bacteriophages human microbiome Virome Phageome

定植抗性

菌群定植抗性与肠道感染（综述）

肠道菌群的定植抗性影响肠道致病细菌感染。《Microbiology and Molecular Biology Reviews》近期发表综述，系统性总结了肠道菌群形成定植抗性的模式以及致病菌克服定植抗性的机制，对于了解定植抗性与肠道细菌感染具有重要参考价值。

定植抗性肠道感染 bacterial enteric infection Bacteriocins bile acids

噬菌体疗法

Nature子刊：噬菌体疗法治疗耐药细菌感染

分枝杆菌具有抗生素耐药性，是全球性健康问题。脓肿分枝杆菌感染影响囊性纤维化患者的肺移植治疗，增加移植后的死亡率。Nature Medicine上发表的一项案例研究中，使用含有三种裂解性噬菌体的“鸡尾酒”疗法，安全且有效地改善了一位脓肿分枝杆菌感染的囊性纤维化患者在接受肺移植后的各项症状。

噬菌体疗法 Bacteriophages Biological Therapy Clinical microbiology Medical research

抗生素耐药性

重视噬菌体在抗生素耐药性发生发展中的作用

抗生素耐药性已经成为危害公众健康的重要因素。《Trends in Microbiology》近期发表评论文章，指出了噬菌体在抗生素耐药性产生、持留和扩散中的重要作用，呼吁建立统一的分析、监测网络来促进耐药性防控。

抗生素耐药性噬菌体 environmental settings bacteria antibiotic resistance

噬菌体疗法

后抗生素时代的噬菌体疗法（综述）

在抗生素时代来临之前（1940左右），噬菌体已经被用于人类疾病的治疗。随着抗生素的发现和广泛应用，噬菌体疗法逐渐式微。如今，由于抗生素耐药性的不断加剧，噬菌体疗法再度进入人们的视线。再度归来的噬菌体疗法同时也带来了新的治疗策略，包括与抗生素联用，利用噬菌体衍生酶、噬菌体抗性和噬菌体生物工程等。

噬菌体疗法抗生素耐药菌 antibiotic resistance bacteriophage therapy Bacteriophages

粪菌移植(FMT)

病毒（包括噬菌体）在FMT后的定殖发展

粪菌移植（FMT）可用于治疗复发性艰难梭菌感染，其成功通常归功于多样化微生物群的恢复。而病毒（包括噬菌体）是微生物群中数量最多且可能是最多样化的成员，但它们在FMT后的命运尚未得到很好的研究。本文研究了FMT后病毒的定殖发展，追踪个体噬菌体定植揭示了个体噬菌体的植入依赖于特定的供体-受体配对，当考虑FMT作为治疗选择时，病毒对长期微生物动力学的影响是应该考虑的因素。

粪菌移植(FMT) Faecal microbiota transplantation Bacteriophages Viruses Engraftment

抗生素抗性基因 (ARGs)

华南农业大学：猪场废水处理前后抗生素抗性基因分布

人类、动物和农业对抗生素的过度依赖和使用导致了抗生素耐药细菌（ARB）和相关抗生素抗性基因（ARGs）的广泛传播。这些病原体和ARGs的出现和扩散严重影响了临床治疗，并对公众健康构成威胁。此外，ARB和ARGs也可以通过转化、接合和转导等在空气和水中传播，将进一步导致对周围生态系统的间接不利影响。作为ARGs的重要储存库，深入了解噬菌体在动物相关环境中对抗生素耐药性的贡献非常重要。来自华南农业大学的曾振灵和孙永学团队发表在《Frontiers in Microbiology》上的一项研究，检测了中国广东省养猪场不同处理阶段废水中的ARGs的分布情况，并对携带ARGs的噬菌体是否有助于抗生素耐药性传播进行了全面分析，为降低抗性基因传播风险提供了一定的借鉴。

抗生素抗性基因 (ARGs) 猪场废水 Bacteriophages metagenomics antimicrobial resistance genes

噬菌体

Nature Reviews：人体肠道宿主、细菌及噬菌体的互作（综述）

关于肠道中宿主、细菌、噬菌体关系的必读综述，看完必涨知识！

噬菌体 Bacteriophages microbial ecology