Virome

蝙蝠、啮齿动物和鼩鼱是人类传染病最重要的动物传染源。然而，对于它们携带的病毒仍缺乏系统性研究。Cell最新发表了复旦大学张永振团队的一项大型研究，对我国不同自然生境地区野生小型哺乳动物的3个目（翼手目（蝙蝠）、食虫目（鼩鼱）和啮齿目（鼠类））的病毒组，进行了全面、系统、多维度的分析，揭示出不同宿主之间的病毒组差异，分析了这些病毒的多样性、进化生态学、播散规律，以及宿主特征等生态因子如何影响病毒组组成和跨物种病毒传播，并首次发现哺乳动物可能感染节肢动物相关病毒的证据。

动物微生物组病毒组 wild small mammals bats rodents

肠道DNA病毒组

Cell子刊：国内团队绘制人类肠道DNA病毒组图谱

香港中文大学的Siew C. Ng和昆明医科大学的Yinglei Miao合作在Cell Host and Microbe发表文章，绘制了中国人群的肠道DNA病毒组图谱，揭示了基于群体的变异以及宿主和环境因素在人类肠道DNA病毒组形成过程中的重要性。

肠道DNA病毒组 Virome metadata Diet metacommunity

人类肠道病毒组

Cell子刊：研究人肠道病毒组的重要新资源

目前关于人肠道病毒组的研究至少发表了32项，但不同研究之间存在不一致的结果。Cell Host and Microbe发表的一项新研究中，美国俄亥俄州立大学的研究者对这32项研究的数据进行了整合，构建了一个系统性的人肠道病毒组数据库，用其评估了这些研究的偏倚性和不同研究方法对病毒数据的影响，并分析了人一生中的病毒组演变规律。该研究为今后的肠道病毒组研究提供了重要资源。

人类肠道病毒组 gut microbiome Virome database Bacteriophage

噬菌体疗法

Cell 子刊：宏基因组数据分析，如何助力噬菌体疗法？

噬菌体疗法是消除肠道有害细菌的高度特异性治疗方法。然而，噬菌体和肠道细菌之间的感染关系尚未完全阐明。Cell Host and Microbe发表的一篇文章，对101个健康日本人的肠道病毒组和细菌组进行了宏基因组分析，鉴定出能特异性控制病原微生物的噬菌体来源抗菌酶。利用抗菌酶干预艰难梭菌感染的小鼠，可以显著提高小鼠的成活率。本研究结果表明，基于宏基因组分析的宿主细菌-噬菌体关联信息，有利于改造噬菌体以消灭病原菌，并为开发各种与肠道菌群失调相关疾病的治疗方法提供借鉴。

噬菌体疗法宏基因组 Bacteriophage metagenome analysis Virome

VIBRANT

VIBRANT：宏基因组中自动恢复、注释、管理和评估病毒组群落功能的新方法

本文介绍了VIBRANT，这是第一种利用混合机器学习和蛋白质相似性的方法，该方法不依赖于序列特征来自动恢复和注释病毒，确定基因组质量和完整性以及从宏基因组学装配中表征病毒群落功能。VIBRANT使用蛋白质特征的神经网络和最新开发的v得分指标，该指标可以规避传统界限，以最大限度地识别裂解性病毒基因组和整合前病毒，包括高度多样化的病毒。VIBRANT突出显示了病毒辅助代谢基因和代谢途径，从而成为评估病毒群落功能的用户友好平台。

VIBRANT 基因组序列神经网络 v-score 微生物群落代谢

人肠道宏基因组

印度中部人群的肠道细菌和病毒组成和功能

Gut Microbes上发表的一项研究，分析了印度中部城市和农村人群的肠道细菌和病毒的组成、功能和耐药组，以及地理、腹泻等因素对菌群的影响。

人肠道宏基因组 gut microbiome antibiotic resistome Virome diarrhea

甲状腺癌

肠-甲状腺轴或影响甲状腺癌（观点）

90%的甲状腺癌为乳头状甲状腺癌，可通过手术联合促甲状腺激素（TSH）抑制和放射性碘治疗，而5%为放射性碘难治性乳头状甲状腺癌，常发生局部进展或转移，生存期少于5年，是癌症治疗的一个巨大挑战。《Trends in Endocrinology & Metabolism》最近发表的观点文章，为肠道菌群与放射性碘难治性乳头状甲状腺癌之间可能具有关联进行举证分析，但两者之间是否存在相互影响的因果关系需要更多的研究证据。

甲状腺癌 radioiodine refractory papillary thyroid carcinoma gut microbiome Virome

婴儿菌群

婴儿从母亲那里继承的细菌比病毒多

研究纳入28对双胞胎及他们的母亲，探究婴儿与母体在肠道细菌群和病毒组上的差异。研究结果表明，婴儿从母亲那里继承的细菌要远远高于病毒，但具体比例并不受分娩方式的影响。双胞胎个体间的菌群组成更类似，可能源于相同的环境暴露。同时，不同类型微生物的垂直传递差异，预示着个体微生物组的形成受多种因素的控制和影响。

婴儿菌群 Virome Microbiome Transmission 肠道病毒组

IBD

Cell子刊：全病毒组分析揭示IBD肠道病毒组中的“暗物质”

Cell Host and Microbe上发表的一项最新研究，对公开数据库中的病毒组序列进行重新分析，鉴定出了IBD患者的肠道病毒组的特异性变化，并发现肠道病毒组的变化反映了肠道细菌的变化。

IBD Virome Phageome INFLAMMATORY BOWEL DISEASE IBD

肠道病毒组

Cell子刊：稳定、个体化的人类肠道病毒组

人类的肠道中含有大量的病毒，其中绝大部分是噬菌体。在人肠道微生物组的研究中，关于病毒组的研究还比较缺乏。Cell Host and Microbe发表的一项研究，开发了基于宏基因组学的方法工具，能更为深入全面的分析人类肠道病毒组。该研究通过纵向队列分析表明，人肠道病毒组是稳定且高度个体化的，且每个人都存在“持久稳定的个体病毒组”（PPV），由靶向主要肠道细菌类群的烈性噬菌体组成。这些发现为进一步深入研究人类肠道病毒组打下了基础。

肠道病毒组 Bacteriophages human microbiome Virome Phageome

病毒组

病毒组分析，选对软件很关键

迄今为止最完整的病毒组组装软件评测，包含了16个宏基因组组装软件（方法），结果表明SPAdes一致性表现最好。

病毒组 Assembly Bacteriophage Benchmark Comparison

病毒组

噬菌体在结直肠癌（CRC）中的新角色

本文是对粪便病毒组或可诊断结肠癌（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1038562104）的评论，指出了噬菌体在结直肠癌发病中的关键作用，提示了病毒组检测在疾病早期筛查中的潜在价值。

病毒组结直肠癌（CRC）肠道生物膜 Bacteriophage colorectal cancer

病毒组

使用菌群 CRISPR 间隔序列研究人病毒组（综述）

CRISPR-Cas 系统中的间隔序列是病毒感染后的印记，因此可以通过分析间隔序列来获得人体不同部位病毒组的管窥之见。在本综述中，作者分别总结分析了肠道、口腔、生殖道和皮肤等不同部位宏基因组中间隔序列暨病毒组的特征，值得相关研究人员参考。

病毒组 CRISPR-Cas systems CRISPR spacers Virome phages

病毒组

优化噬菌体组分析流程，解析噬菌体母婴传播

Microbiome近期发表研究，以分析母婴样本为例，对噬菌体组的分析流程进行优化，还开发了分析测序数据的新工具，值得专业人士关注。

病毒组 Gastro intestinal tract Gut microbiota metagenome metagenomics

实验方法

可重复的提取分析人粪便噬菌体组的实验流程

实验方法噬菌体组 Bacteriophage human gut microbiome metagenomics

大熊猫

Microbiome：大熊猫体内的病毒组长啥样

来自成都大熊猫繁育研究基地关于大熊猫病毒组的研究，发现患病并死于未知疾病的大熊和健康大熊猫共同拥有很多病毒，但病毒载量不尽相同。这是对未来能揭开大熊猫患病及死亡原因的重要一步，很值得认真读一读。

大熊猫病毒组 Anellovirus Gemycircularvirus Giant panda

Autism spectrum disorders (ASD)

Microbiome：粪菌移植显著改善自闭症儿童症状

最近备受关注的一篇日报分享文章，针对18名自闭症儿童的粪菌移植疗法取得很好效果，再次推荐阅读。

Autism spectrum disorders (ASD) clinical trial Fecal microbiota transplant (FMT) gut bacteria Gut bacteriophage

Antibiotic courses

Microbiome：病毒如何通过我们的菌群传播？

在人体的肠道和口腔中，病毒是不可或缺的微生物，而且病毒可以通过菌群进行传播，具体是怎么的情况，看看这篇文献哦。

Antibiotic courses Antibiotic perturbations antibiotics Bacteriophage Gut