环境菌群

该研究基于五种生境来源（水、沉积物、土壤、叶际和动物肠道）共352组扩增子测序数据，使用针对16S rRNA基因V4和V5−V7区域的两对引物，评估了群落表征和微生态模式（包括物种丰度分布、beta多样性分区和群落构建过程）中的引物偏倚。本研究揭示了引物选择在菌群的有效监测以及在多生境微生态模式的准确评估中起到了关键作用，为相关实验设计和数据分析策略提供了参考。

引物选择环境菌群微生态模式 16S 扩增子测序引物偏倚

方法技术

基于RNA的扩增子测序能否获得真实的“活性”微生物？

由于微生物组的功能是尤其中的“活性”群落成员所定义的，解析微生物活性已成为理解微生物群落的必要工作。近日，哈佛大学研究人员在Microbiome发表最新研究，使用人工合成和自然环境的微生物群落，评估16S-RNA-seq技术评价微生物活性的准确性，发现对于简单的微生物群落效果还行，但对于真实环境样本，效果却不能反应实际情况，微生物群落多样性越高，效果越差，需要注意。

方法技术环境菌群研究论文基础研究活菌

环境菌群

基于益生菌的卫生程序可有效减少环境中的病原体

COVID-19大流行突显了公共交通环境（例如地铁）对于潜在病原微生物在人类之间传播的重要性，并有可能迅速影响大量人群。因此，化学消毒在紧急情况下被大量使用，然而其具有临时作用和高环境影响，可能会增强处理过的微生物耐药性 (AMR)，相比之下，最近一种生物生态可持续的基于益生菌的卫生程序（PCHS）可以稳定地塑造处理过的环境菌群，除了抑制SARS-CoV-2病原体活性外，还提供对病原体和AMR传播的有效和长期控制。近日，发表在Microbiome上的这篇文章，评估了不同卫生程序对地铁菌群的影响，从而可以更好地了解其组成和动态，并表明生物卫生方法可能非常有效地抵消我们日益增长的病原体和AMR传播。

环境菌群益生菌病原体新冠

大熊猫

李英+代敏等：母体及环境菌群如何影响大熊猫幼崽肠道菌群发育？

大熊猫的肠道菌群在其从竹子中获取营养物质方面起至关重要的作用，母体微生物群传播被认为是婴儿肠道菌群的播种源，但目前关于大熊猫中这种传播的细节仍不清楚。近日，佛山科学技术学院李英、成都医学院代敏、Wei Guo及团队在Molecular Ecology发表最新研究，通过采集母体多部位及环境菌群，探究大熊猫母婴间菌群传递现象，发现母体阴道、乳汁和粪便微生物群是幼崽肠道菌群的主要来源，土壤是次要来源，而饮食和饮用水对其影响较少。此外，不同阶段幼崽肠道菌群及其代谢途径的动态变化也更有利于及时获取饮食中营养。

大熊猫肠道菌群研究论文基础研究环境菌群

复合益生菌发酵液

张和平等：喷施复合益生菌或可提高哺乳期仔猪生长性能和免疫力

环境微生物暴露是影响新生儿早期肠道菌群建立的一个重要因素，先前研究表明，益生菌可提高仔猪生长性能、降低腹泻率、增强免疫功能，但不同研究得出的推论仍存在较大争议。众所周知，益生菌菌株、剂量、宿主相关的生理和环境因素也会影响菌株的健康功效。因此，有必要对候选益生菌在畜牧业中的具体效果进行详细评价。近日，内蒙古农业大学张和平教授及团队在Science China Life Sciences发表最新研究，共纳入68头仔猪分益生菌和对照组，益生菌组从出生前2天到产后第7天每天喷施复合益生菌发酵液两次（含干酪乳杆菌Zhang, 植物乳杆菌P-8和鼠李糖乳杆菌Probio-M9；相比灌胃和饲料添加，喷洒方式对于哺乳早期的仔猪有其独特的优势），发现喷施复合益生菌发酵液可显著提高哺乳期仔猪生长性能和免疫力，其有益作用和调节肠道菌群及血液代谢物有关。总之，本研究为学术界和养猪业提供了有趣和实用的信息，扩展了益生菌在畜牧业中的知识和应用，值得关注。

复合益生菌发酵液哺乳期仔猪 compound probiotic fermented liquid Gut microbiota Immunity

环境菌群

城市环境菌群信息可反映抗生素耐药性传播和流行病发病

Microbiome近期发表的文章，展示了利用城市水域菌群的宏基因组学和爆发基因组学来监测感染控制、抗生素管理和病原体流行病学。同时研究表明，需要更好地检测和理解人类来源的细菌和抗微生物药物在城市环境中的传播情况，以便将这些信息纳入污水处理基础设施和公共卫生政策的制定中。

环境菌群抗生素耐药性传播发病率

空气细菌群落

国内团队：全球空气细菌群落与地球微生物组和人类活动间有何关联？

细菌是空气中气溶胶的关键部分，对微生物在地球表面大气、生物圈和人类圈中传播起至关重要的作用。环境微生物分布随环境变化而改变，目前对推动全球大气细菌群落动态变化的潜在机制尚不清晰。近日，香港理工大学李向东、密歇根州立大学James M. Tiedje及团队在PNAS上发表最新研究，通过探究来自全球63个地点的370个空气样本的细菌群落，以及地球微生物组计划中23个主要微生物栖息地的5166个环境样本，发现大气是一个自由流动的生态系统，但其细菌群落结构似乎与相邻的环境更密切。近一半空气细菌来源于周围环境，且空气细菌主要受当地气象和空气质量条件的影响。相比自然地区，城市空气中细菌载量较低，但潜在病原体丰度显著较高。总之，该研究揭示出空气细菌群落形成的机制，也为未来预测其在气候变化中的作用提供了参考。

空气细菌群落同一健康研究论文基础研究人类活动

过敏性炎症

国内团队：农村环境通过调节肠道菌群或可缓解过敏性炎症？

先前研究报道，生命早期暴露于多样化的环境微生物，通过塑造免疫成熟可预防过敏性疾病。但关于城市与农村室内环境的微生物组成，及其对过敏发展的影响途径尚不清楚。近日，广州医科大学李靖、美国罗马琳达大学王昌宏、中科院广州健康院苏钟，香港中文大学黄永坚及团队在Gut Microbes发表最新研究，基于城乡环境微生物及儿童肠道菌群分析，利用小鼠模型及粪菌移植实验，探索中国南方的农村和城市室内环境对哮喘发病的影响，发现农村儿童过敏患病率显著较低，虽然城市屋尘微生物多样性较低，但潜在致病菌和曲霉菌较高。动物实验证实城乡不同来源粉尘暴露会改变肠道菌群，农村粉尘暴露可以恢复气道过敏模型小鼠紊乱的肠道菌群，有利于下调炎症小鼠肺泡嗜酸性粒细胞水平。总之，该研究为未来预防和治疗过敏性疾病提供了新思路。

过敏性炎症农村环境研究论文基础研究肠道菌群

环境菌群

国内团队：学校室内菌群或影响学生的哮喘和鼻炎等风险

来自发达国家的研究揭示，城市化及室内菌群暴露与哮喘及鼻炎的风险增加相关。华南农业大学的孙峪团队、邓诣群团队与复旦大学的赵卓慧团队在Microbiome上发表的一项最新研究，随机选取了山西的9所城市或农村的高中，并收集了1332名高中学生的数据，发现与发达国家相似，城市学校中的哮鸣和鼻炎患病率也显著高于农村学校。另外，城市学校与农村学校的室内菌群组成存在显著差异，城市学校中的潜在病原体富集，而农村学校中的短链脂肪酸（在炎症疾病中可能起到保护性作用）代谢基因与通路富集。同时，该研究鉴定出了与哮喘、鼻炎及鼻结膜炎相关的特定细菌及寄生虫。

环境菌群研究论文基础研究哮喘鼻结膜炎

环境菌群

Cell：绘制城市微生物组和抗生素耐药性的宏基因组图谱

Cell近期发表的文章，通过对三年内收集的来自60个城市公共交通系统的4728个样本进行分析，构建出一个高分辨率的宏基因组图谱，有助于鉴定微生物和抗生素耐药性基因，具有潜在的公共卫生和法医应用。分析发现不同城市的抗生素耐药基因、微生物分类特征具有较大差异，且与气候和地理状况有关。

环境菌群城市微生物组抗生素耐药性

牙刷菌群

牙刷上的菌群来自哪里？

室内菌群可影响人体健康，但人体菌群转移至环境中之后的分类群及功能变化尚未明确。来自Microbiome上发表的一项最新研究，收集了34名参与者的牙刷，对其中的菌群进行分析后发现，牙刷菌群由人口腔菌群与环境菌群共同组成，其物种多样性低于口腔菌群，但抗菌剂耐药基因多样性更高。个人健康、口腔卫生及浴室环境特征可影响牙刷菌群的组成。

牙刷菌群研究论文基础研究口腔菌群环境菌群

环境菌群

Science子刊：增加托儿所的自然微生物多样性，或能改善儿童免疫调控

生命早期是免疫系统发育的关键时期，在这一时期增加环境微生物的暴露，或能通过调节共生菌群来改善免疫功能。Science Advances最新发表了一项来自芬兰的干预性研究，表明旨在增加托儿所环境中的自然微生物多样性的干预措施，能改变儿童的皮肤和肠道菌群，并增强免疫调节功能，或许有助于降低城市儿童未来发生免疫相关疾病的风险。

环境菌群免疫调节儿童微生物多样性

环境菌群

基于环境菌群的绿色建筑设计原则（综述）

环境菌群 microbiome-inspired green infrastructure green infrastructure urban design biodiversity

城市化

Nature子刊：城市化如何影响家庭中的化学物质和微生物群落？

城市化进程对人类的文化和健康都有巨大影响。Nature Microbiology近期发表的一项研究，通过代谢组学和测序分析，评估了城市化对房屋和人体的化学物质暴露和包括细菌、真菌和微真核生物（如：单细胞寄生虫）在内的微生物群落的影响，以及化学物质暴露与微生物群变化的关系。该研究重点分析了真菌群落组成和多样性的变化，发现化学制剂（如清洁剂、抗菌剂）的使用与城市化相关的微生物群改变和室内真菌多样性的增加有关。

城市化环境菌群微生物组人体菌群 Juan José Alba-Linares

环境菌群

汕头大学团队：河口沉积物菌群存在多环芳烃共代谢

河口沉积物菌群参与污染物的降解。汕头大学的王慧团队近期在《Environment International》发表研究，运用沉积物培养和宏基因组测序、组装技术，发现了参与代谢多环芳烃芘的主要细菌类群和基因。该结果对于了解沉积物菌群的多环芳烃代谢机制具有参考价值。

环境菌群多环芳烃代谢宏基因组测序宏基因组组装河口沉积物

病毒组

土壤病毒组：新希望

作为微生物群落的重要成员，病毒可影响微生物死亡率、养分循环和食物网动态等。当前，关于病毒群落的认识多来自海洋系统，但是有证据表明在土壤中同样重要。

病毒组宏基因组 CRISPR RNA病毒农业生态系统

土壤菌群

综述：捕食在调节土壤微生物组中的重要作用

土壤微生物组调节重要的生态系统功能，然而我们才刚刚开始了解调节土壤微生物组的因素。当前，捕食在推动土壤微生物组结构和功能方面的作用仍未得到足够重视。在这里，作者回顾对土壤中微生物捕食者如何影响和塑造土壤微生物组的群落结构和功能。最后，作者强调土壤微生物组的结构和功能取决于捕食、植物和土壤理化性质之间的相互作用。

土壤菌群 bacteria climate change food webs Fungi

环境菌群

韩毛振：农业生产中的污染物对水体和湖泊沉积物菌群的影响

华中科技大学生命科学与技术学院的韩毛振发表题为《农业生产中的污染物对水体和湖泊沉积物菌群的影响》的报告，介绍了农业生产中的污染物对水体和湖泊沉积物菌群的影响。

环境菌群环境污染 Cristiane Sécca Jennifer K Bando Marco Colonna

环境菌群

利用epicPCR揭示西藏盐湖沉积物中硫酸盐还原菌的多样性

硫酸盐还原是生态圈中重要的生物地球化学过程，然而硫酸盐还原菌（SRP）的主要类群尚未完全确定。中科院生态环境研究中心邓晔研究团队使用epicPCR（乳液、成对分离和连锁PCR）技术分析了西藏盐湖中的硫酸盐还原菌类群，发现了大量新的硫酸盐还原菌。

环境菌群 Functional taxa diversity Sulfate-reducing prokaryotes Tibetan saline lakes epicPCR

院感防控

噬菌体+益生菌，或能有效减灭医疗环境中的细菌污染

医院表面清洁是有效防控院感的重要措施。《Microbial Biotechnology》近期发表一项针对医院表面细菌污染防控的研究，发现使用细菌特异性噬菌体配合益生菌消毒方法，可以在实施干预期间有效降低医院表面的葡萄球菌载量。该结果对于开发新型的表面消毒措施、进行有效院感防控具有参考价值。

院感防控噬菌体基于益生菌的消毒方法环境菌群葡萄球菌

饮用水菌群

是时候关注饮用水微生物组了

世界各地的自来水中含有大量的微生物，据估计每升水中含有的微生物细胞个数可在10^6-10^9之间。这些微生物与饮用水的质量和公共卫生风险密切联系，但是对其生物学特性的研究仍然较为滞后。《Trends in Microbiology》发表观点文章，提议有必要关注饮用水菌群。

饮用水菌群 Microbiome meta-omics Drinking water microbial ecology

环境菌群

国际空间站中的细菌及真菌群落

环境菌群 16S rRNA Built microbiome Environmental surface ITS

抗素耐药性

Nature子刊：恢复菌群多样性或能降低耐药性

人为因素对环境菌群的耐药性具有重要影响。《Nature Communications》近期发表研究，比较临床环境表面和其他建筑环境的菌群继耐药基因组，更封闭，消毒措施更严格的临床环境中菌群多样性下降、耐药基因的多样性增加，指示菌群的高多样性可能有助于维护有益菌群、降低耐药基因丰度。该结果对于临床管控抗生素耐药性具有重要参考价值。

抗素耐药性环境菌群抗生素耐药性耐药基因组环境菌群

肠道菌群建立

早产儿与婴儿病房内的真核生物

对于婴儿早期真核生物定植的研究相对较少。《Microbiome》近期发表研究，比较了早产儿和婴儿病房环境样品中的宏基因组数据，从中组装出14个新的真核基因组，显示真菌和其他真核生物在生命早期就可以定植于肠道中，病房环境真核生物不仅可能影响婴儿早期真核菌群的建立，也存在发生院感的风险。本文一定程度填补了生命早期共生真菌群建立的知识空白，值得参考。

肠道菌群建立 Eukaryotes Genome-resolved metagenomics Hospital microbiome metagenomics

环境菌群

酸矿水（AMD）菌群以古菌为主

温度在8-18℃之间，pH＜1.7的环境通常被认为主要由细菌定植。然而，宏基因组研究发现在这类酸性矿山废水（AMD）沉积物中，古菌才是主角。

环境菌群 Acid mine drainage (AMD) systems Acidophilic archaea Cuniculiplasma Cuniculiplasmataceae

管道菌群

综述：城市下水道中的微生物群落结构

日前，《热心肠日报》刊发了一篇评论，提出了对城市自来水菌群进行研究的紧迫性（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1089522207）。与下水道菌群相比，自来水菌群就小巫见大巫了。在城市中，对包括自来水和下水道系统在内的管道菌群进行研究，或许对于健康风险监测和预警、环境保护等具有重要意义。且看宏基因组技术剖析城市下水道菌群结构。

管道菌群生物膜荟萃分析环境菌群下水道菌群

环境菌群

国际空间站中的环境菌群及耐药基因

《Microbiome》上发表的一项研究，对国际空间站中的环境菌群进行了宏基因组分析，可检测到多种致病菌、耐药基因及毒力因子。该结果有助于阐释环境菌群的形成的发展，有助于优化空间站等密闭空间环境的方法。

环境菌群 built environment functional metagenomics International Space Station metagenome

环境菌群

Nature Reviews：不可忽视的建筑环境菌群（综述）

Nature Reviews Microbiology上发表的一篇综述文章，详细介绍了建筑环境中的菌群研究最新进展，包括相关的方法学、人体与建筑环境之间的菌群传播、室内菌群及代谢产物对人体健康的影响、如何改善建筑环境中的菌群等，值得读读。

环境菌群环境菌群室内菌群 Jianhui Xie Ziren Su

清香型白酒

农大：环境菌群如何影响清香型白酒的自然发酵

哪些因素影响了清香型白酒的香味？来自中国农业大学的研究发现，白酒发酵过程中的环境菌群是重要的影响因素，其中耐酸乳杆菌尤为重要。

清香型白酒白酒环境菌群 Ruben V Uribe Eric van der Helm