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基于RNA的扩增子测序能否获得真实的“活性”微生物？

由于微生物组的功能是尤其中的“活性”群落成员所定义的，解析微生物活性已成为理解微生物群落的必要工作。近日，哈佛大学研究人员在Microbiome发表最新研究，使用人工合成和自然环境的微生物群落，评估16S-RNA-seq技术评价微生物活性的准确性，发现对于简单的微生物群落效果还行，但对于真实环境样本，效果却不能反应实际情况，微生物群落多样性越高，效果越差，需要注意。

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徐振江+游月华等：新方法助力区分复杂样本中的活/死菌

PMA处理是少数几种与宏基因组测序能兼容的方法之一，可用于表征活的/完整的微生物群。然而，其在唾液和粪便等复杂群落中的有效性仍存在争议，目前还缺乏一种有效的方法来消除人类微生物组样本中的宿主和死细DNA。近日，南昌大学徐振江、南方医科大学游月华及团队在mSystems发表最新研究，建立了一种渗透压裂解结合PMAxx的方法，可有效区分简单合成群落和复杂人类微生物群落中的活菌和死菌，值得关注。

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川农大+草原科学研究院：死菌可影响菌群研究

四川农业大学贾刚和四川省草原科学研究院白史且等主导的研究在Frontiers in Microbiology发表，该研究表明在肠道中存在大量死菌，可对菌群分析造成影响。

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