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文章数：5篇

宏基因组分箱

Nature子刊：宏基因组分箱过程中单覆盖和多覆盖效果有何不同？

宏基因组分箱已逐渐成为探索微生物组成与功能必不可少的技术手段。近日，英国爱丁堡大学研究人员在Nature methods发表最新研究，对同一组样本进行了单覆盖和多覆盖分箱比较，发现多覆盖分箱比单覆盖分箱能产生更好的结果，且能够识别其他方法忽视的污染序列和嵌合分箱。尽管多覆盖分箱需要更多资源，但它是一种更优越的方法，应始终优先于单覆盖分箱进行。

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基于RNA的扩增子测序能否获得真实的“活性”微生物？

由于微生物组的功能是尤其中的“活性”群落成员所定义的，解析微生物活性已成为理解微生物群落的必要工作。近日，哈佛大学研究人员在Microbiome发表最新研究，使用人工合成和自然环境的微生物群落，评估16S-RNA-seq技术评价微生物活性的准确性，发现对于简单的微生物群落效果还行，但对于真实环境样本，效果却不能反应实际情况，微生物群落多样性越高，效果越差，需要注意。

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微生物溯源

用SNV进行更准确的微生物源追踪

这是发表在Genome Biology上的一份工作，作者将SNV作为FEAST的输入文件以提高其准确度和计算效率，同时为了克服计算负担，开发了一种新的标签SNV鉴定方法。通过三个独立的数据集验证了该方法的准确性和鉴定评估了环境样本对目标样本的贡献度，比物种丰度信息作为输入更准确地估计贡献并提供新的见解。

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单细胞RNA测序

Nature子刊：新型单细胞RNA测序或可助力预测细菌毒素？

克隆细菌种群依赖于单个细胞间的转录变异来产生特殊的状态，从而增加适应性。要了解所有的细胞状态，就需要在单细胞水平上研究等基因细菌种群。近日，哈佛大学、普林斯顿大学等研究人员在Nature Microbiology发表最新研究，利用DNA探针库和现有商业微流体平台开发了一种基于探针的细菌单细胞RNA测序方法（ProBac-seq），发现细菌群落中基因相同的细胞（如产气荚膜梭菌）具有不同的功能，一些成员表现得更温顺，而另一些成员则会产生毒素，值得关注。

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空间转录组

国内团队：空间宏转录组测序技术SMT

近年来，空间转录组技术发展迅速，可解析实体组织基因表达的空间异质性，确定其细胞组成及功能特点。然而标准的ST技术在评估宿主细胞与驻留微生物的互作研究方面仍存在精度及通量方面的局限性。近日，上海市免疫学研究所陈磊及团队在Genome Research发表最新研究，开发了空间宏转录组测序及一体化的生物信息分析技术SMT, 通过结合空间转录组数据和微生物丰度数据，可在空间层面揭示宿主细胞和微生物的大致分布与互作状态。总之，该研究为微生态研究提供了有力的工具，值得关注。

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