空间转录组

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文章数：4篇

单细胞测序分析

国内团队Science子刊：肝转移结肠癌细胞的异质性

结肠癌（CRC）是目前人类的第三大癌症，而结肠癌转移是导致患者死亡的最主要因素。癌症转移的发生主要涉及到癌细胞与临近细胞，特别是癌症相关层纤维细胞间的相互作用，而其相互作用会导致肿瘤微环境，免疫微环境的变化，因此揭示肿瘤及其微环境中的细胞异质性对于探究肿瘤的发生和转移具有重要的价值。尽管近年来单细胞测序对于CRC细胞特征和微环境有了一定的研究，但是对于结肠癌肝转移（CRCLM）细胞特征的研究尚少。近期南方医科大学、广东省人民医院曹杰团队在Science子刊，Science Advance发表了其最新的研究成果，通过单细胞测序结合空间转录组分析了肝转移结肠癌的细胞异质性，发现普通CRC和肝转移CRC有明显的细胞异质性，为肝转移结肠癌的发生机制提供了重要的依据。

单细胞测序分析空间转录组结直肠癌肝转移(CRLM) 细胞异质性研究论文

空间转录组

国内团队：空间宏转录组测序技术SMT

近年来，空间转录组技术发展迅速，可解析实体组织基因表达的空间异质性，确定其细胞组成及功能特点。然而标准的ST技术在评估宿主细胞与驻留微生物的互作研究方面仍存在精度及通量方面的局限性。近日，上海市免疫学研究所陈磊及团队在Genome Research发表最新研究，开发了空间宏转录组测序及一体化的生物信息分析技术SMT, 通过结合空间转录组数据和微生物丰度数据，可在空间层面揭示宿主细胞和微生物的大致分布与互作状态。总之，该研究为微生态研究提供了有力的工具，值得关注。

空间转录组 SMT 研究论文基础研究方法技术

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Nature子刊：利用结肠空间转录组学深入理解IBD

Nature Communications上发表的一项最新研究，对稳态下及黏膜损伤愈合状态下的小鼠结肠空间转录组进行了深入分析，揭示了不同状态下不同基因在结肠不同区域的表达图谱，并基于此将溃疡性结肠炎分为两个亚组。另外，将小鼠的结肠空间转录组与人体组织的转录数据整合，可鉴定出IBD风险基因在结肠中的空间表达谱，有助于开发潜在的靶向治疗策略。

空间转录组研究论文基础研究啮齿动物（小鼠） IBD

结直肠癌肝转移

国内团队：肠癌肝转移后，免疫环境如何变化？

肝转移是结直肠癌死亡的主要原因，表现出高度异质性和免疫抑制的微环境。Cancer Discovery近期发表的来自复旦大学高强、中科院上海巴斯德研究所张晓明与团队的研究，利用来自24例患者的97个样本的单细胞RNA-seq和空间转录组学数据，旨在探索结直肠肝转移的免疫图谱。结果发现，免疫微环境显示出从原发到转移部位的动态的细胞和空间变化。在新辅助化疗治疗后，免疫表型在应答患者中发生了抗肿瘤免疫，而在非应答患者中则发生了更多的免疫抑制。这些发现为癌症扩散和转移提供了独特的见解，并提高了靶向转移代谢途径的可能性。

结直肠癌肝转移单细胞测序空间转录组单细胞代谢新辅助化疗(NAC)