单细胞测序分析

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单细胞测序分析

文章数：11篇

单细胞测序分析

国内团队Science子刊：肝转移结肠癌细胞的异质性

结肠癌（CRC）是目前人类的第三大癌症，而结肠癌转移是导致患者死亡的最主要因素。癌症转移的发生主要涉及到癌细胞与临近细胞，特别是癌症相关层纤维细胞间的相互作用，而其相互作用会导致肿瘤微环境，免疫微环境的变化，因此揭示肿瘤及其微环境中的细胞异质性对于探究肿瘤的发生和转移具有重要的价值。尽管近年来单细胞测序对于CRC细胞特征和微环境有了一定的研究，但是对于结肠癌肝转移（CRCLM）细胞特征的研究尚少。近期南方医科大学、广东省人民医院曹杰团队在Science子刊，Science Advance发表了其最新的研究成果，通过单细胞测序结合空间转录组分析了肝转移结肠癌的细胞异质性，发现普通CRC和肝转移CRC有明显的细胞异质性，为肝转移结肠癌的发生机制提供了重要的依据。

单细胞测序分析空间转录组结直肠癌肝转移(CRLM) 细胞异质性研究论文

逆转座变异

Nature：结肠上皮逆转座变异研究

机体整个生命史中体细胞会不停的积累基因组的变化。体细胞基因组遗传变异包括有单个碱基的变化和转座引起的较为复杂的变化，由于技术的原因，此前对于体细胞遗传变异的研究主要集中在单个碱基的变化，而对于转座导致的变异研究相对较少。近期一篇发表在Nature正刊的研究论文，通过对从28个个体中分离建立的3个细胞类群开展了单细胞测序分析，对这些体细胞中的逆转座事件进行了分析，为人个体整个生命过程中基因组和表观层面的转座事件的调控提供了重要的线索和科学证据。

逆转座变异单细胞基因组学长散在重复序列 soL1Rs 研究论文

西方饮食模式

解析稳态和西方饮食下，肠细胞-免疫细胞特异性互作网络

小肠在免疫中起着关键作用，并介导对高脂肪饮食的炎症反应。Journal of Experimental Medicine近期发表的文章，利用单细胞测序、流式细胞术等技术对常规饮食和西方饮食下小鼠肠道细胞互作网络进行分析。

西方饮食模式单细胞测序分析

单细胞测序分析

陈峰+初明+陈宁：牙周炎加重IBD过程中的口腔黏膜免疫细胞特征

近年来数据表明炎症性肠病（IBD）常伴有肠外症状，其中牙周炎受到越来越多的关注。北京大学陈峰、初明和陈宁在Journal of Dental Research发表最新文章，利用单细胞测序技术对牙周组织中免疫细胞类型进行解析，不仅揭示了口腔黏膜免疫细胞复杂的细胞景观，并提示免疫细胞激活条件下的牙周炎或可加重结肠炎，该工作为临床控制和预防IBD的恶化提供了新的思路。

单细胞测序分析口腔黏膜免疫细胞研究论文基础研究牙周炎

环境性肠病

Science子刊：单细胞图谱揭示环境性肠病的上皮和免疫特征

环境性肠病（EE）是一种肠道亚临床疾病，由于暴露在环境肠道病原体引起，可导致儿童营养不良、生长发育迟缓和口服疫苗反应减弱等，但目前关于EE的完整病理生理学仍不清楚。近日，发表在Science Translational Medicine上的文章，通过对EE样本进行单细胞测序分析，发现与EE严重程度相关的细胞亚群，且EE患者样本中促炎分子显著增加、WNT和MAPK信号失调。因此，这项研究表明与EE相关的上皮和免疫特征，并提供了治疗/干预EE的靶点。

环境性肠病单细胞测序分析肠上皮免疫活化

人结肠干细胞

人LGR5+结肠干细胞单细胞测序分析

一直以来对于干细胞的认知有两种，一种认为干细胞是一类细胞周期活跃的细胞，在不断的进行分裂和更新，一种认为干细胞属于静息期细胞，几乎不进入细胞周期或者增殖速度非常的缓慢。但是对于小鼠肠道LGR5+干细胞的研究证实了第一种说法，即小鼠的肠道干细胞是一类处于活跃细胞周期的细胞。然而近年来有研究显示，不同于小鼠LGR5+肠道干细胞，人类的LGR5+肠道干细胞是增殖标记Ki67阴性的，但是究竟这类细胞是处于静息期的细胞还是细胞周期低活跃度的细胞尚不清楚。近期一篇发表在Gastroenterology的研究工作，通过单细胞测序分析以及结合肠类器官和人肠道干细胞移植的方法证实人肠道LGR5+干细胞有部分是属于静息期的细胞，该静息期受到TGF-β信号的调控，这些细胞在肠道损伤后修复中发挥重要的作用。这些研究结果进一步证实了人类肠道LGR5+干细胞是属于静息期细胞并探究了其在损伤后再生中的作用。

人结肠干细胞 LGR5+p27+ G0期单细胞测序分析 TGF-β信号

肿瘤微环境（TME）

国内团队Cell子刊：影响肠癌肝转移肿瘤微环境的潜在因素

肿瘤微环境（TME）会显著影响癌症的进展和转移情况，其特征与癌症免疫治疗的效果有着密切的关系。因此，系统性地解析TME中不同细胞的表型是认识肿瘤发生发展、提高免疫疗效的关键。然而，研究人员通过单细胞研究发现不同癌症类型之间的TME有着巨大的差异，但造成TME之间的差异的原因是尚不明确。近期北京大学张泽民教授团队与首都医科大学彭吉润教授团队合作在 Cell 子刊 Cancer Cell上发表了其最新的针对TME的研究成果。研究中，他们针对肝脏转移性结直肠癌的自体标本进行了单细胞分析，结果发现树突状细胞与天然杀伤细胞与结肠癌肝转移相关，而T细胞和B细胞则在不同的TME中表现高度的异质性。该研究勾勒了结直肠癌肝转移患者不同组织的免疫图谱，揭示了肿瘤细胞特性和驻留器官对不同免疫细胞表型的影响。同时该研究建立了PhenoAligner方法，为癌症的临床检测与治疗手段提供了新的思路。

肿瘤微环境（TME）免疫细胞亚群 DC2 结直肠癌肝转移(CRLM) 单细胞测序分析

Science子刊：斑马鱼肠道胆盐的FXR信号传导和微生物代谢

所有的脊椎动物都有胆盐的合成、分泌和再吸收过程。这一信号过程在哺乳动物中研究的较为深入，通常胆盐组成成分是由宿主和肠道微生物通过调节胆盐结合转录因子胆汁酸受体（Fxr）共同决定的。但是，目前对于其他脊椎动物类，该过程的情况仍知之甚少。近期一篇发表在Science Advances上的一篇研究工作，探索了脊椎动物模型斑马鱼肝脏胆盐合成和回肠转运的途径。研究显示在斑马鱼中，胆盐合成、分泌和再吸收的关键成分与哺乳动物是高度保守的，也同样受Fxr的调控。此外，研究利用单细胞测序技术，提供了斑马鱼肠上皮细胞图谱，揭示了Fxr在回肠其他细胞类型中的转录和细胞分化中的作用。这一研究成果建立了斑马鱼作为研究胆盐代谢和Fxr信号转导的非哺乳动物脊椎动物模型。

胆盐代谢胆汁酸受体 fxr突变体单细胞测序分析回肠上皮细胞功能特化

人口腔黏膜

Cell：单细胞测序揭示独特人口腔黏膜细胞-免疫调节轴

Cell最新发表的文章，采用单细胞测序技术建立了最新且较完整的人口腔黏膜细胞图谱。并揭示了牙周炎中上皮细胞、基质细胞通过对炎症、细菌信号的感知，招募中性粒细胞调节免疫反应的过程。是一篇深度好文，同时也展示了如何用单细胞测序技术挖掘和讲一个好故事。

人口腔黏膜基质细胞-中性粒细胞轴研究论文单细胞测序分析

单细胞测序

Nature子刊：单细胞测序揭示克罗恩病炎症组织T细胞亚群和空间分布变化

克罗恩病（CD）是由微生物群和肠道免疫系统之间的失调相互作用引起的肠道节段性炎症。近年来，单细胞测序的广泛应用使得人们可以从细胞亚群深入探究疾病的病理机制，目前针对CD的单细胞研究主要关注于肠道上皮细胞的类群，而对肠道免疫细胞的研究相对较少。近期在Nature子刊Nature Communications上发表的一篇工作，应用单细胞测序深入分析了CD患者炎症组织中上皮内淋巴细胞（IEL）和肠道固有层（LP）中的T细胞，揭示了炎症组织中特有的T细胞亚群，以及IEL和LP中不同亚群T细胞的变化。这些结果揭示了CD炎症与IEL中γδT细胞的减少和IEL和LP中T细胞空间分布变化的关系，为深入了解CD的病理机制提供了重要的线索。

单细胞测序免疫细胞细胞亚群细胞空间分布上皮内淋巴细胞

中外合作：绘制结直肠癌干细胞状态图谱

来自南开大学的刘林、天津医科大学总医院的Qi Feng、南方医科大学的潘星华和耶鲁大学医学院的Sherman M. Weissman合作在Advanced Science上发表文章，通过对原代结直肠癌细胞进行端粒长度和转录组的同步检测，揭示出肿瘤干细胞具有端粒较短，端粒酶活性很低的特点，并发现了肿瘤干细胞和肿瘤上皮细胞之间的系统发育关系。

结直肠癌肿瘤干细胞单细胞测序分析端粒长度