单细胞基因组学

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单细胞基因组学

文章数：6篇

逆转座变异

Nature：结肠上皮逆转座变异研究

机体整个生命史中体细胞会不停的积累基因组的变化。体细胞基因组遗传变异包括有单个碱基的变化和转座引起的较为复杂的变化，由于技术的原因，此前对于体细胞遗传变异的研究主要集中在单个碱基的变化，而对于转座导致的变异研究相对较少。近期一篇发表在Nature正刊的研究论文，通过对从28个个体中分离建立的3个细胞类群开展了单细胞测序分析，对这些体细胞中的逆转座事件进行了分析，为人个体整个生命过程中基因组和表观层面的转座事件的调控提供了重要的线索和科学证据。

逆转座变异单细胞基因组学长散在重复序列 soL1Rs 研究论文

Cell：人类微生物组研究的单细胞方法（综述）

随着人类微生物组研究的深入，新的研究方法也不断出现并普及。Cell最新发表了来自比利时鲁汶大学Jeroen Raes团队的重磅综述，详细介绍了用于研究人类微生物组的各种前沿单细胞方法，并探讨了该领域存在的挑战。文章干货很多，推荐研读原文。

单细胞人类微生物组单细胞RNA测序单细胞基因组学高通量培养组学

单细胞基因组学

通过单细胞基因组学和宏基因组学的整合框架从人类菌群中恢复菌株水平的基因组

在这项研究中，作者开发了一个单细胞基因组学和宏基因组学集成框架 (SMAGLinker)，可以一次性从菌群中恢复多个菌株的高质量（HQ）基因组。作者使用微流体技术辅助方法来获得大量用于引导分箱的单细胞扩增基因组（SAGs）,利用SMAGLinker检测模拟群落和人类菌群样本，以比较传统宏基因组学和单细胞(sc)-宏基因组学之间的序列准确性和 HQ 基因组数量。作者还应用 sc-宏基因组学来获取菌株水平的基因组，并验证宿主-质粒关联以及源自宏基因组分箱中多个不同物种的聚合序列的存在。SMAGLinker 可在 https://github.com/kojiari/smaglinker 获得。

单细胞基因组学菌株水平宏基因组学分箱

Nature子刊：助力研究“谁干了啥”的微生物细胞分选平台

本研究开发了一个基于拉曼光谱对来自微生物群落中的感兴趣的单个细胞进行自动分选的平台。这种细胞的分类及其下游DNA分析（例如通过微型宏基因组学或单细胞基因组学或培养）允许在复杂微生物群落中的微生物细胞的代谢作用和基因组之间建立直接联系，并有针对性地分离具有特定生理功能的新型微生物。作者预计，该方法将为特定环境和宿主相关微生物组研究提供多一种通用工具，以阐明微生物类群在其复杂群落中的代谢贡献。

拉曼光谱自动分选微流控技术单细胞基因组学微型宏基因组学

Cell：复杂而多样的海洋浮游菌群

海洋细菌和古菌在全球生物地球化学中扮演重要角色。Cell近期发表的一项研究，使用随机化的单细胞基因组学方法构建了1个全球热带海洋参考基因组（GORG-Tropics）数据集，揭示了海洋浮游细菌和古菌的复杂和多样性。

海洋菌群 genomics Reference database microbial ecology plankton

生物信息学

赵方庆等：菌群研究新策略——单细胞宏基因组学（综述）

Protein & Cell中国肠道大会专刊发布中科院赵方庆团队的综述，回顾并讨论了单细胞基因组学和宏基因组学联用的技术手段和分析方法，也讨论了目前存在的挑战。两种技术联用，可以有效规避原有菌群研究方法的局限性，具有可观的运用前景，值得专业人士关注。

生物信息学单细胞基因组学宏基因组学 Bioinformatics metagenomics