分箱

搜索
登录

分箱

文章数：6篇

Nature子刊：MetaCC助力解析宏基因组Hi-C数据

Hi-C方法在宏基因组分箱上具有重要价值，使用Hi-C近端连接技术可进行无培养宏基因组学分析、质粒-宿主关联以及菌株基因组组装。目前Hi-C测序文库构建的选择很多，但是分析工具比较欠缺。近日，南加州大学研究人员在Nature Communications发表最新研究，开发出MetaCC用于分析短读和长读长metaHi-C数据集，经过实测，发现MetaCC在标准化和分箱方面优于现有方法，值得关注。

MetaCC Hi-C数据研究论文基础研究生信工具

Nature子刊：从大量宏基因组数据中对病毒基因组进行分箱

人类肠道病毒组及其与胃肠道细菌的相互作用目前尚不清楚，是由于缺乏全病毒组数据集以及当前识别宏基因组数据中病毒序列的方法存在局限性。在此，作者将基于深度学习的宏基因组分箱算法与配对的宏基因组和宏病毒组数据集相结合，开发了来自宏基因组分箱的噬菌体(PHAMB)，这种方法允许直接从大量宏基因组数据中分箱数千个病毒基因组，同时能够将病毒基因组聚类成准确的病毒分类种群，PHAMB 工作流程可在 https://github.com/RasmussenLab/phamb 获得。

噬菌体基因组组装算法宏基因组学噬菌体生物学分箱

宏基因组组装基因组 (MAGs)

Nature子刊：宏基因组组装基因组实现谱系解析

通过宏基因组测序对微生物基因组进行谱系或菌株解析重建一直是一个重要但难以实现的目标,本文评述了Bickhart 等人通过结合使用 HiFi 测序、Hi-C 分箱和计算定相方法来解析基因组分箱，从被测序的绵羊粪便样本中产生数百个谱系解析基因组，朝着这一目标迈出了一大步,其介绍了 MAGPhase，这是一种改编自转录本异构体分析的定相方法，该方法使用单核苷酸多态性和测序深度来产生谱系解析的 MAGs，其提出了令人信服的证据，证明这些确实是单独的谱系，包括读长深度覆盖图和对装配图的仔细检查，还证明，与其他宏基因组方法相比，该技术在组装生物合成基因簇方面具有更高的预测能力，以及重建宿主-质粒关联的能力。

宏基因组组装基因组 (MAGs) 谱系解析 HiFi 测序重叠群分箱

单细胞基因组学

通过单细胞基因组学和宏基因组学的整合框架从人类菌群中恢复菌株水平的基因组

在这项研究中，作者开发了一个单细胞基因组学和宏基因组学集成框架 (SMAGLinker)，可以一次性从菌群中恢复多个菌株的高质量（HQ）基因组。作者使用微流体技术辅助方法来获得大量用于引导分箱的单细胞扩增基因组（SAGs）,利用SMAGLinker检测模拟群落和人类菌群样本，以比较传统宏基因组学和单细胞(sc)-宏基因组学之间的序列准确性和 HQ 基因组数量。作者还应用 sc-宏基因组学来获取菌株水平的基因组，并验证宿主-质粒关联以及源自宏基因组分箱中多个不同物种的聚合序列的存在。SMAGLinker 可在 https://github.com/kojiari/smaglinker 获得。

单细胞基因组学菌株水平宏基因组学分箱

宏基因组组装基因组(MAGs)

STRONG：宏基因组菌株水平组装和分箱的新方法

本研究引入了一种新方法 STRONG（Strain Resolution ON Graphs），用于分析来自同一微生物群落的多个样本中的宏基因组序列。STRONG可以确定由所有样本的共组装分箱而成的MAG中“宏基因组菌株”的数量，以及它们跨多个单拷贝核心基因(我们称之为菌株单倍型)的序列，以及每个样本中每个菌株的覆盖率。STRONG通过使用一种新颖的变分贝叶斯算法BayesPaths直接在装配图上解析单倍型，避免了基于变分方法的局限性。

宏基因组组装基因组(MAGs) 单拷贝核心基因贝叶斯算法单倍型序列

广东省科学院团队：揭示嗜酸杆菌在重金属污染土壤中的生态适应性机制

包括嗜酸杆菌(Acidobacteriia)在内的许多微生物，可在极酸/碱、极寒/热、高重金属、高压等许多极端环境中生存，我们在赞叹这些细菌坚忍不拔的同时，也非常好奇它们之所以自强不息的内在机制。广东省科学院孙蔚旻研究团队基于前期的野外调查发现嗜酸杆菌纲常在重金属污染严重的西南红壤中存在独特优势，这表明A嗜酸杆菌可能具有耐受、甚至转化重金属的代谢潜力，为探究嗜酸杆菌在极端土壤环境中的生态适用性机制，团队采用宏基因组学分箱手段揭示了其独特的代谢潜力，帮助了研究者们更好地理解这类分布广泛、奇特、但难培养的微生物。

宏基因组重金属污染嗜酸杆菌代谢潜力分箱