宏基因组组装基因组(MAGs)

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宏基因组组装基因组(MAGs)

文章数：7篇

宏基因组组装基因组(MAGs)

metaGEM：直接从宏基因组重建基因组水平的代谢模型

本研究，作者展示了 metaGEM (https://github.com/franciscozorrilla/metaGEM)，这是一个端到端的流程，能够直接从宏基因组对多物种群落进行代谢建模。该流程自动执行从宏基因组组装基因组 (MAGs) 中提取特定背景的原核基因组水平代谢模型 (GEMs)到群落水平通量平衡分析 (FBA) 模拟的所有步骤。

宏基因组组装基因组(MAGs) 菌群遗传多样性代谢模型

口腔微生物组

揭著业+贾慧珏：人类口腔微生物基因组目录

华大基因的揭著业、贾慧珏与团队近期在Genomics, Proteomics & Bioinformatics上发表文章，阐述并提供了一个人类的口腔菌群基因组参考，高度代表未用于基因组装，可以促进细菌培养、功能筛选、疾病诊断和基于口腔微生物群的调节的宏基因组样本。值得专业人士仔细阅读。

口腔微生物组宏基因组组装基因组(MAGs) 研究论文

宏基因组组装基因组(MAGs)

STRONG：宏基因组菌株水平组装和分箱的新方法

本研究引入了一种新方法 STRONG（Strain Resolution ON Graphs），用于分析来自同一微生物群落的多个样本中的宏基因组序列。STRONG可以确定由所有样本的共组装分箱而成的MAG中“宏基因组菌株”的数量，以及它们跨多个单拷贝核心基因(我们称之为菌株单倍型)的序列，以及每个样本中每个菌株的覆盖率。STRONG通过使用一种新颖的变分贝叶斯算法BayesPaths直接在装配图上解析单倍型，避免了基于变分方法的局限性。

宏基因组组装基因组(MAGs) 单拷贝核心基因贝叶斯算法单倍型序列

国内团队：放线菌生命暗物质的生态功能与进化的新进展

中山大学生命科学学院李文均教授课题组研究表明滇藏热泉生态系统中蕴含着丰富的放线菌生命暗物质资源。该研究首次提出放线菌三个新纲类群可能具有同型产乙酸功能，刷新了放线菌功能多样性的认知；作者通过进化分析，在展现放线菌氢依赖的WLP进化历史的同时，揭示了放线菌在WLP进化历史的重要性。该研究对放线菌生命暗物质的研究打开了另一个充满惊喜的“魔术盒”，让我们了解到放线菌的奇妙之处不只在次级代谢产物多样性上，其在生态功能和WLP进化历史中也起着重要作用。对于科研工作者而言，此工作仅是进一步探索放线菌生命暗物质生态功能和进化机制的开始。

放线菌宏基因组组装基因组(MAGs) 功能多样性 Wood–Ljungdahl pathway (WLP) 次级代谢产物

微生物组基因组目录

Nature子刊：陈从英、黄路生院士等建立猪肠道微生物组基因目录

猪肉是目前人类肉产品的重要来源。猪肠道微生物在维持猪健康和保证生猪生产中具有重要的作用，但是目前人们对于猪肠道微生物组的了解仍然较少，主要原因在于缺乏猪肠道微生物组全面的基因组目录，因此宏基因组测序结果不能有效的分析和检测。近期江西农业大学陈从英和黄路生院士与研究团队在Nature Communications上发表了其研究工作，通过针对不同品种，不同农场，不同取材位置的500个猪肠道微生物组宏基因组测序，结合287个已有宏基因组序列结果进行分析，建立了目前最为全面完整的猪肠道微生物组基因目录（PIGC）和宏基因组组装基因组（MAG），应用PIGC和MAG揭示了野生猪和商业品种猪肠道菌群的组成和功能的不同。PIGC和MAG为猪肠道微生物组研究提供了重要资源。

微生物组基因组目录宏基因组组装基因组(MAGs) 猪肠道菌群研究论文基础研究

用宏基因组组装基因组解析肠道菌群与NAFLD的关系

研究采用NAFLD患者的粪便样本，基于宏基因组组装基因组方法，探究了肠道菌群在非酒精性脂肪肝病（NAFLD）发生、发展中的作用。研究结果显示，肠道内特定菌群及其所呈现的功能与非酒精性脂肪肝炎（NASH）及肝纤维化的发生有关。

NAFLD 宏基因组组装基因组(MAGs) 肠道菌群非酒精性脂肪性肝炎（NASH）肝纤维化

宏基因组组装基因组(MAGs)

Nature子刊：地球微生物组的基因组目录

鸟枪基因组的细菌和古细菌基因组的重建使人们对生态学以及与环境和宿主相关的微生物群落的进化有了深入的了解。本文中，作者将这种方法应用于从覆盖整个地球各大洲和海洋的不同栖息地收集的10,000多个宏基因组。该综合目录包括52,515个由宏基因组组装的基因组，它们代表跨越135个门的12,556个新的候选物种水平的操作分类单位。该目录将已知细菌和古细菌的系统发育多样性扩展了44％，可广泛用于简化的比较分析，交互式探索，代谢建模和批量下载。作者演示了这一集合的效用，用于了解次级代谢物的生物合成潜力和解决成千上万的新宿主与未被培养的病毒的联系。该资源强调了以基因组为中心的方法在揭示影响生态系统过程的未培养微生物的基因组特性方面的价值。

宏基因组组装基因组(MAGs) 地球微生物组（GEM）系统发育多样性宏基因组分箱次级代谢产物