系统发育多样性

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系统发育多样性

文章数：3篇

参考基因组

肖亮+邹远强等Nature子刊：新的可培养人类肠道细菌参考基因组景观图

独立于培养物的宏基因组研究彻底改变了人们对肠道菌群的理解。然而，缺乏来自培养物种的完整基因组仍然是阻碍深入研究肠道菌群的高墙。近日，深圳华大基因邹远强、肖亮及Karsten Kristiansen在Nature Communications发表最新研究，提出了一个扩展版的培养基因组参考CGR2，包含3324个高质量的分离株基因组草图，这些分离株是从大规模培养的健康中国个体的粪便样本中分离的。总之，该研究为更全面探索人类肠道菌群及相关代谢产物提供了宝贵的资源，值得关注。

参考基因组人类肠道研究论文基础研究培养组学

Nature子刊：MetaPhlAn再度更新，这次有何新特征？

MetaPhlAn是针对宏基因组数据进行微生物分类分析最常用的工具之一，近年来也逐渐更新扩展到第三版。近日，意大利特伦托大学研究人员在Nature Biotechnology发表最新研究释放了MetaPhlAn4版本，MetaPhlAn4整合了来自分离株和宏基因组组装的基因组的信息，可以在SGBs水平对物种进行鉴定和丰度定量，此外，MetaPhlAn4在分析灵敏度、特异性、微生物多样性以及未知物种与疾病和饮食标记物相关性等方面都进行了显著扩展，值得相关人员进一步测试。

MetaPhlAn 宏基因组研究论文基础研究微生物物种

宏基因组组装基因组(MAGs)

Nature子刊：地球微生物组的基因组目录

鸟枪基因组的细菌和古细菌基因组的重建使人们对生态学以及与环境和宿主相关的微生物群落的进化有了深入的了解。本文中，作者将这种方法应用于从覆盖整个地球各大洲和海洋的不同栖息地收集的10,000多个宏基因组。该综合目录包括52,515个由宏基因组组装的基因组，它们代表跨越135个门的12,556个新的候选物种水平的操作分类单位。该目录将已知细菌和古细菌的系统发育多样性扩展了44％，可广泛用于简化的比较分析，交互式探索，代谢建模和批量下载。作者演示了这一集合的效用，用于了解次级代谢物的生物合成潜力和解决成千上万的新宿主与未被培养的病毒的联系。该资源强调了以基因组为中心的方法在揭示影响生态系统过程的未培养微生物的基因组特性方面的价值。

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