培养组学

生命早期肠道微生物组的发育具有长期的健康影响，并且可能受到婴儿饮食等因素的影响。母乳低聚糖是母乳的重要成分，由一些有益的肠道微生物代谢，可确保适当的肠道微生物组建立和婴儿发育。然而，肠道微生物组如何代谢母乳低聚糖还尚未完全阐明。近日，加利福尼亚大学研究人员在Nature Communications发表最新研究，通过借助微生物共培养和宏基因组学技术，发现婴儿肠道物种活泼瘤胃球菌通过启动2'-岩藻糖基乳糖可释放乳糖促进双歧杆菌的生长，值得关注。

母乳低聚糖双歧杆菌研究论文基础研究肠道菌群

宁乡猪

印遇龙+黄兴国等：土猪肉为何更好吃，肠菌在发力？

猪肌肉脂肪酸组成和沉积与肌肉嫩度、肉色、多汁性、风味等肉品质指标密切相关。近年来，微生物组学和无菌动物技术的发展证实了肠道菌群在宿主脂肪酸沉积中的作用，但是肠道菌群与猪脂肪酸的关联性及其靶向调控肉品质的作用和机制仍不清楚。近日，湖南农业大学印遇龙、黄兴国等在The Innovation发表最新研究，通过比较脂肪型宁乡猪和瘦肉型杜长大猪肌肉脂肪酸含量和组成差异，发现宁乡猪猪肉好吃与肠道菌群有关。总之，该研究为以微生物为切入点靶向调控猪肌肉脂肪酸沉积、改善猪肉品质提供了理论和实践支撑，值得关注。

宁乡猪肠道菌群研究论文基础研究脂肪酸含量

口腔菌群

肖亮+邹远强等：人类口腔培养细菌参考基因组目录

口腔内有高度多样化的微生物群落。然而，分离物种和高质量基因组的数量有限。近日，华大基因的肖亮、邹远强及团队在NPJ Biofilms and Microbiomes发表最新研究。通过需氧和厌氧模式从志愿者的牙菌斑、舌头和唾液中分离口腔菌群，建立了口腔培养细菌基因组参考目录，含1089个高质量基因组，并识别到多种未分类注释物种，值得关注。

口腔菌群培养组学研究论文基础研究参考基因组

免疫磁珠富集培养组学

iMeta：毕玉晶团队开发IMBEC技术用于分离大肠癌患者的致病共生菌

2022年3月6日，军事科学院军事医学研究院毕玉晶团队在 iMeta 在线发表了题为 “Immunomagnetic‐bead enriched culturomics (IMBEC) for isolating pathobionts from feces of colorectal cancer patients ” 的文章。本研究开发一种新的方法为免疫磁珠富集培养组学（IMBEC）技术，IMBEC 是一种很有前途的方法，可相对特异地分离出某种感兴趣疾病中潜在致病共生菌。

免疫磁珠富集培养组学结直肠癌致病共栖菌培养组学

参考基因组

肖亮+邹远强等Nature子刊：新的可培养人类肠道细菌参考基因组景观图

独立于培养物的宏基因组研究彻底改变了人们对肠道菌群的理解。然而，缺乏来自培养物种的完整基因组仍然是阻碍深入研究肠道菌群的高墙。近日，深圳华大基因邹远强、肖亮及Karsten Kristiansen在Nature Communications发表最新研究，提出了一个扩展版的培养基因组参考CGR2，包含3324个高质量的分离株基因组草图，这些分离株是从大规模培养的健康中国个体的粪便样本中分离的。总之，该研究为更全面探索人类肠道菌群及相关代谢产物提供了宝贵的资源，值得关注。

参考基因组人类肠道研究论文基础研究培养组学

乳双歧杆菌Probio-M8

张和平等Microbiome：母乳源益生菌Probio-M8可通过哺乳经口腔/肠道-乳腺轴垂直传递到婴儿肠道

以往大多数试图证明母婴间菌群传递现象的研究都是观察性，仅在属/种水平分辨率下进行，并且完全依赖于非培养组的方法，这些问题阻碍了针对婴儿肠道菌群靶向调节其生理及健康的策略。近日，内蒙古农业大学张和平团队在Microbiome上发表最新研究，以乳双歧杆菌Probio-M8作为生物标记菌株，通过分离、培养和特定菌株的生化表征等综合功能分析来充分验证菌群在母婴间垂直传递。结果发现母亲摄入的Probio-M8可以通过口腔-肠道-乳腺途径转移到婴儿肠道，这表明通过哺乳用双歧杆菌和其他可能的益生菌喂养婴儿是可行的。总之，该研究提供了关于母乳菌群对婴儿肠道定植影响的独特见解，也为未来新生儿补充母乳源益生菌提供了新的策略。

乳双歧杆菌Probio-M8 母婴传递研究论文益生菌宏基因组测序

益生菌

印遇龙院士、尹佳等：猪奶中的潜在益生菌

母乳菌群可能是后代肠道菌群的一个重要来源。Microbiome最新发表了中科院亚热带生态所印遇龙院士和湖南师范大学尹佳与团队的研究，王乐莅博士为第一作者。该研究通过培养组学方法以及体外和果蝇模型筛选，从猪奶菌群中鉴定出一株有抗致病菌和抗氧化作用的潜在益生菌——戊糖片球菌SMM914，并在仔猪模型中对其有益功效进行了验证。该成果具有转化应用前景。

益生菌猪母乳细菌果蝇培养组学

镰刀菌

Nature子刊：国内团队鉴定高效抗小麦赤霉病菌株及其作用机制

浙大陈云组/中科院遗传发育所白洋组/浙大虞云龙组在Nature Microbiology发文揭示生物防治真菌病害新机制。作者对与禾谷镰刀菌子囊壳相关的细菌群落进行了分析，同时培养核心菌群成员的代表并筛选其拮抗活性，分离出一种对禾谷镰刀菌具有显著拮抗活性的菌 (成团泛菌 ZJU23)。作者发现由 ZJU23 分泌的herbicolin A (HA)负责抑制植物病原体，并且其具有广泛的抗真菌谱，包括人类机会性真菌病原体。作者表示其独特的作用机制和良好的效果，使herbicolin A 成为一种有前途的抗真菌药物，可在农业和临床中对抗破坏性真菌病原体。浙大徐孙德、中科院遗传发育所刘永鑫、奥地利格拉茨理工大学Tomislav Cernava为论文共同第一作者，浙江大学农学院周雪平教授、马忠华教授、沈星星研究员，清华大学石彦教授，美国夏威夷大学Shugeng Cao教授，美国东北大学Yunrong Chai教授，奥地利格拉茨理工大学Gabriele Berg教授等参与了本项目的研究。

镰刀菌子囊壳脂筏 Herbicolin A 成团泛菌

培养组学

刘双江团队建成首个非人灵长类肠道菌群资源库

mLife发表了中国科学院微生物研究所刘双江研究员团队和中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心/神经科学研究所孙强研究员团队的合作研究，基于前期建立的肠道微生物培养技术、构建模式动物小鼠和健康人肠道菌群资源库的经验，构建了首个食蟹猴肠道菌群资源库（MfGMB）。作者采用高通量测序等手段评估MfGMB，结果表明其对于食蟹猴肠道菌群具有很好的代表性。本研究促进了宿主-微生物相互作用机制的研究，为开发肠道微生物生态菌剂提供了菌株资源，促进了人们对非人灵长类肠道微生物多样性的认识。

培养组学肠道菌群资源库可培养菌株微生物-宿主互作基因组

长寿老人

孙刚+杨云生+王淑芳+吴崇明等：聚焦中国海南百岁老人肠道菌群

深入了解人类肠道菌群与衰老和长寿的关系，对于维持肠道内环境平衡和实现健康老龄化至关重要。近日，301医院孙刚、王淑芳、杨云生和中国医学科学院药用植物研究所吴崇明及团队在NPJ Biofilms and Microbiomes上发表文章，利用超深度宏基因组测序和大规模培养组探究了中国海南长寿人群独特的菌群结构，发现长寿人群丁酸产生菌的丰度显著降低。此外，获得1778个宏基因组组装基因组（MAGs）和8030个分离株，但只有不到一半的分离株可被宏基因组学检测到，表明这两种方法可互补使用。总之，该研究为揭示长寿相关的肠道菌群提供了更深入的见解。

长寿老人研究论文基础研究培养组学

肠道菌群

Cell子刊：构建体外微生物群落，助力肠道菌群研究

研究病人来源的细菌群落的系统模型，有助于探究肠道微生物群在疾病中的作用。Cell Host and Microbe发表的文章，通过体外培养不同来源的粪便样本，构建了体外菌落（SICs）。SICs保留了其粪便来源的分类学多样性，再现了微生物群对病原体入侵和抗生素治疗的反应，提示利用SICs可以对肠道微生物群进行低成本、定量和高通量实验研究。

肠道菌群环丙沙星培养组学抗生素微生物生态

培养组学

赵江潮团队：猪肠道菌群培养组学详解

猪不仅是研究肠道菌群的模式生物，也是重要的养殖动物。开展猪肠道菌群的培养组学工作，将为进一步研究猪的肠道细菌功能及其与疾病的因果关系奠定基础。阿肯色大学赵江潮团队近期在mSystems发表研究，提供了一份最新的猪肠道微生物组综合性培养指南。

培养组学猪肠道菌群研究论文

人肠道菌群

中科院微生物所：人肠道菌株资源库点亮肠道菌群“暗物质”

人肠道菌群中存在大量的未培养细菌，这些肠道菌群中的“暗物质”限制了对其功能和生理作用的研究。中科院微生物所刘畅、刘双江与研究团队，使用11种预处理方法和67种培养方法，对200多名健康中国人的肠道菌群进行大规模培养，建立了人类肠道微生物生物库（hGMB），大大扩展了已有的人类肠道细菌资源，为深入研究肠道菌群、研发相关的转化应用，打下了坚实的基础。

人肠道菌群培养组学生物库

不可培养的微生物

死细菌——人类肠道菌群的培养盲区？

尽可能多地分离培养肠道细菌，对于研究肠道微生态以及进行有效干预具有重要意义；但是受限于目前技术条件，人体肠道中存在大量不可培养细菌菌株。Gut Microbes近期发表一项研究，通过联合使用荧光激活细胞分选技术、高通量测序和培养组技术，发现培养技术的局限性并不是部分菌株难以培养的唯一原因，标本的来源很可能对肠道菌株的活性具有重要影响。该研究不仅建立了宏基因组-培养组联用的新型分析方法，也为肠道菌株培养技术提供了理论和技术参考。

不可培养的微生物培养组学荧光激活细胞分选技术

定植抵抗

找出抑制艰难梭菌的肠道共生菌

尽管粪菌移植是治疗艰难梭菌感染的有效方法，但用特定的肠道共生菌组合来抑制艰难梭菌可能是更为安全可控的疗法。mSystems发表的一项研究按照这一思路，结合使用培养组学和表型分析等方法，鉴定出在体外能抑制艰难梭菌生长的66种人类肠道共生细菌。值得注意的是，这些抑制菌的不同组合对艰难梭菌生长能起到不同的作用，有些组合甚至能促进艰难梭菌生长，提示在搭配细菌组合时，群落整体可能产生新的功能和性状。这些发现对于研究多菌株微生态疗法，具有参考意义。

定植抵抗 Clostridium difficile coculture colonization resistance culturomics

植物微生物组

从关联到因果：重组菌群体系在根系微生物组研究中的应用

微生物学权威杂志《Current Opinion in Microbiology》杂志发起的Environmental Microbiology专题，特邀本领域的13个顶级团队系统总结植物微生物组在干旱、免疫、进化和研究方法等方面的最新进展和未来的研究方向。根系微生物组伴随着植物的整个生长周期，帮助植物吸收营养、抵抗病害和适应胁迫环境。目前主要以描述性研究为主，重组菌群体系为研究根系微生物组与宿主植物互作的功能和机制提供了前所未有的机遇。中科院遗传发育所白洋组应邀发表了“根系微生物组研究中合成菌群体系研究方法”的综述文章，为同行开展研究提供基础教程，相关实验的细节，可参考该组之前发表的Science（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1084309231）和Nature Biotechnology（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1070836774）等文章中的方法部分。

植物微生物组合成群落培养组学无菌体系

根系菌群

Nature子刊：中科院遗传发育所揭示水稻根系微生物组与氮肥利用效率的关系

中科院遗传发育所白洋组和储成才组近期在《Nature Biotechnology》杂志发表了关于水稻微生物组的成果，该项研究不仅揭示了水稻亚种间根系微生物组与其氮肥利用效率的关系，证明了NRT1.1B在调控水稻根系微生物组的关键作用，还建立了第一个水稻根系可培养的细菌资源库，为研究根系微生物组与水稻互作及功能，为应用有益微生物、减少氮肥的施用奠定了基础。

根系菌群氮利用白洋刘永鑫水稻

1%可培养

ISME：对1%的微生物可培养说不，大部分的细菌是可培养的

只有1%的微生物是可培养的，这一范式对我们理解微生物生态学产生了深远的影响，并且仍然是大多使用分子工具来描述微生物群落的主要动机。然而，这一点经常被模糊地表达，表明一些科学家对该范式有不同的见解。此外，在培养技术方面的实质性进展表明这种范式可能不再正确。为了量化六个主要生物群落中细菌的可培养性，本文作者发现，已知可培养亲缘细菌的16S rRNA相似性中值为97.3±2.3% (s.d.)。此外，52.0±24%的序列和34.9±23%的类群(定义为>97%相似性)有一个密切相关的可培养的亲缘关系。因此，许多环境中的细胞和类群可以用已知的技术进行培养，这表明1%的范式不再正确。目前有大量研究表明，在人、动物、植物相关的微生物组中，大部分的细菌是可培养的，如水稻根中获得了近70%高丰度类群（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1070836774）。此外培养组技术也快速发展，进一步提高可培养比例，如强大的培养组学，让可培养肠道微生物增加一倍（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1045515144）。

1%可培养细胞类群亲缘关系培养组学

基因组数据库

Nature子刊：包含近800个肠道菌株全基因组数据的新数据集

Nature Biotechnology上发表的一项最新研究，发布了一个新的人体肠道细菌基因组数据集，包含了来自4个门、31个科、273个种的737个菌株的全基因组数据，这些菌株是从20个成年人的粪便样本中培养并分离的。该数据集使人体胃肠道细菌基因组的数量增加了37%。

基因组数据库人粪便菌群宏基因组培养组学基础研究

肠道细菌参考基因组

华大基因团队：1520个人肠道单细菌参考基因组，助力菌群研究

华大基因的肖亮、贾慧珏和李俊桦与团队的重要研究，近期在Nature Biotechnology发表。该研究通过培养组学方法，从健康人粪便样本中获得1520个单菌基因组草图，对现有的人肠道细菌参考基因组有很大补充；并通过功能注释和泛基因组分析，加深了对肠道细菌功能和特点的了解。这些成果将助力人肠道宏基因组学分析和相关应用转化研究，值得专业人士仔细阅读。

肠道细菌参考基因组肠道菌群培养组学宏基因组学肠道菌群功能

环境微生物

宏组基因组和培养组联合揭示热泉微生物组成和功能

泉水提供了重要的生态系统服务，包括饮用水供应、娱乐和水疗，但其微生物群落在很大程度上仍然未知。在这项研究中，我们在温泉的四个采样点包括自然（泉水和井）和人为（储水箱，浴缸）环境的四个采样点表征了意大利Comano Terme的泉水微生物组。这项研究证实，地下水环境中存在着由许多未知类群组成的高度适应的，稳定的微生物群落，甚至存在于可培养的部分中。

环境微生物温泉宏基因组培养组学细菌基因组

肠道菌群代谢产物

张友明+尹佳：挖掘肠道菌群天然产物的“宝藏”（综述）

肠道菌群有巨大的生物合成潜力，生成的天然产物在医药、农业和食品加工业有广泛的应用前景。Cell旗下刊物Trends in Biotechnology近期发表了由山东大学张友明和湖南师范大学尹佳等共同撰写的综述，详细介绍了哺乳动物肠道菌群次生代谢产物的结构和功能的多样性，探讨了挖掘这些“宝藏”的策略和方法，非常值得专业人士关注。

肠道菌群代谢产物肠道菌群天然产物生物合成基因簇培养组学

培养组学

联合使用培养组学和质谱方法鉴定致病菌

法国法赛的一家临床实验室近六年使用MOLDI-TOF方法鉴定致病菌，在培养组学的帮助下，取得了不少新的认识，引发了对传统意义科赫法则的思考。

培养组学 MALDI-TOF JoAnn E Manson JoAnn E Manson

培养组学

Nature Reviews：一文读懂用于人体菌群研究的培养组学（综述）

近年来培养组学的快速发展，使得可培养的人体细菌增加了几百种，拓展了人们对宿主-细菌关系的认知。Nature Reviews Microbiology近期发表综述，重点讨论了培养组学在人体菌群研究中的应用，值得专业人士关注。

培养组学人体菌群 Jeffrey M Friedman Jeffrey M Friedman

培养组学

培养组学在微生物研究中的重要作用（综述）

在宏基因组学迅速发展的今天，微生物培养仍具有不可替代的优势。Microbiome上的一篇综述文章详细介绍了培养组学的最新发展情况，以及在微生物研究中不可获取的重要性。

培养组学

SR：培养组学+测序，分析人肠道真菌

这是Scientific Reports[IF：4.259]发表的人体肠道真菌研究，值得专业人士特别关注。

培养组学宏基因组肠道真菌

严重急性营养不良

FM：利用益生菌防治营养不良

利用益生菌能应对营养不良？这项研究给出了少许肯定答案。

严重急性营养不良宏基因组学菌群多样性益生菌粪菌移植

培养组学

Nature子刊：强大的培养组学，让可培养肠道微生物增加一倍！

培养肠道菌群中的特定物种，是这个领域研究非常重要的基础性技术工作，以前，很多人认为绝大多数微生物难以培养，但组学的进步和培养条件的摸索，让更多微生物得以培养。这个研究中，利用培养组学，至少被分离并培养一次的肠道物种增加了一倍。

培养组学肠道菌群无法培养的细菌 Emma Elison Emma Elison

培养组学

HMJ：如何从人肠道分离培养一个细菌新种？

这是新杂志Human Microbiome Journal的第一篇文献，新杂志，新气象，大家投文章可以有个新去处了。

培养组学芽孢杆菌细菌培养新菌株 Shubha R Shanbhag

肠道菌群

NMNI：从人体肠道菌群分离培养的一种新细菌

① 从人体肠道中分离出一种新的细菌：Lachnoclostridium bouchesdurhonense； ② 细菌来源于马赛的一名38岁的肥胖患者的粪便样品中； ③ 这种细菌可在含有5%绵羊血的哥伦比亚琼脂上进行培养； ④ 这种细菌为杆状革兰氏阴性菌； ⑤ 未显示出过氧化氢酶及氧化酶活性。

肠道菌群肥胖培养组学分类组学 Michael Camilleri