细菌培养

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细菌培养

文章数：14篇

单细胞技术

郑浩+张翀：用微流控单细胞技术，解析肠道菌群的菌株多样性

菌群分析的单细胞技术能在菌株层面拓展我们对于肠菌的认知。蜜蜂肠道菌群中包含的细菌种类有限，某些菌株拥有独特的基因组潜力和功能，这为菌株水平分析提供了一个很好的模型。中国农业大学郑浩团队与清华大学张翀团队合作在Microbiome发表的最新研究中，建立了一个基于微液滴的微流控平台，将蜜蜂的单个肠菌用微液滴包裹住并进行培养，这样能排除肠菌间的竞争，在培养后富集一些稀有菌株。而后通过宏基因组测序和组装得到细菌基因组，对这些基因组的分析揭示出了蜜蜂肠道菌群中潜在的新菌种，也为肠菌适应宿主的机制提供了新见解。该方法未来有望拓展为高通量培养组学技术，以及分析其他复杂菌群的多样性和功能，值得专业人士参考。

单细胞技术肠道菌群蜜蜂微液滴封装微流体

皮肤微生物组

Nature子刊：细菌培养和宏基因组学结合，助力皮肤微生物组研究

人类皮肤微生物组的变化与痤疮和特应性皮炎等皮肤病有关。有研究对皮肤微生物组在健康或疾病中的作用进行的宏基因组调查发现，许多测序数据与参考基因组不匹配，使得宏基因组数据集难以解释。Nature Microbiology发表的研究，将培养方法与宏基因组分析相结合，建立了皮肤微生物基因组集（SMGC），其中包括从7535个metagenome-assembled genomes（MAGs）中鉴定出来的622个原核生物物种，以及251个培养的细菌基因组，12个真核生物基因组和数千个非冗余病毒序列。通过SMGC，可以更精细的描述人类皮肤样本中微生物的多样性。本研究或可帮助我们增加对皮肤微生物群在健康方面的认识，并设计治疗方法来对抗与微生物相关的皮肤疾病。

皮肤微生物组细菌培养宏基因组

肿瘤细菌或促进胰腺囊性病变转变成癌症

新的研究表明，肠道微生物组可能在胰腺癌的发生和发展中发挥作用，但相关肿瘤微生物组的培养仍然具有挑战性。Gut Microbes近期发表的文章，对手术切除取得的胰腺囊肿液样本进行肿瘤微生物组进行培养和鉴定，并通过体外培养的方式验证了肿瘤细菌的致病特性，为胰腺微生物在胰腺囊性病变和癌症之间的作用提供新的见解。

胰腺癌肿瘤微生物组细菌培养

赵立平等：菌群研究走向因果，回归培养必不可少（Nature Reviews年度回顾）

科赫法则是证明病原体引发疾病的金标准。其中关键的一环是，将分离出的病原体在培养基上养成纯培养，用其感染健康个体后能引发相同的疾病。在菌群研究走向因果和机制的当下，也需要用相同的思路来证实特定的肠道菌群成员与健康或疾病表型的因果关系。Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology最新发表了由美国罗格斯大学、上海交通大学的赵立平主笔的年度回顾文章，重点介绍了今年发表的3项研究（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1078683050）（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1091956818）（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1052230071），这些研究都使用了细菌纯培养来阐释特定肠道细菌对宿主的致病或保护性作用及其生物学机制；并指出，通过对宿主和细菌中的关键基因进行遗传操作以阐明细菌-宿主互作中的分子机制，是菌群因果性研究的重要思路。

肠道菌群细菌培养因果性研究

肠道细菌的通量化培养装置——微流控液滴培养MicDrop平台

肠道细菌的培养和筛选可以测试微生物的功能和治疗潜力，但人类肠道微生物群落的多样性阻碍对单个细菌类群的全面研究。mSystems发表的文章，研发了一种微流控液滴细菌培养平台MicDrop，可培养超过传统培养方法2.8倍的细菌类群，并对健康人肠道菌群对饮食多糖代谢能力进行研究。该装置或可改造，以适应更多的微生物分析需求。

细菌培养 Microbiome Microfluidics bacteria Gut

Nature子刊：通过基于反向基因组学的方法分离并培养细菌

大多数微生物是无法或难以培养的。Nature Biotechnology上发表的一项最新研究，开发了一种基于反向基因组学的方法，利用靶向细菌膜蛋白特定表位的抗体，可从菌群中分离出特定的细菌。利用该方法可培养出先前无法培养的细菌。

细菌培养无法培养的细菌反向基因组学 Hyunwoo Yuk Leigh G Griffiths

Milestones in human microbiota research

Nature人体菌群研究里程碑：培养厌氧菌

在1944年对牛瘤胃中降解纤维素的微生物的一项研究中，Robert. E. Hungate革命性的滚管方法使厌氧菌的成功培养成为可能。这种沿用至今的培养方法，使人们第一次分离出人类相关的厌氧菌。

Milestones in human microbiota research 细菌培养厌氧菌培养菌群研究 Mireia Valles-Colomer

调节基因丢失

TM：细菌为何难培养？这个解释很靠谱（必读）

刚刚Online的Trends in Microbiology，发出了一篇很重要的文献，看看标题，你会知道应该读一读。

调节基因丢失代谢交叉喂养细菌培养代谢平衡

尿液菌群2016：女性尿路感染和尿失禁的新希望（综述）

Nature Reviews Urology年度综述之《尿液菌群 2016》

尿失禁急迫性尿失禁细菌培养尿液微生物 2016年度综述

HMJ：如何从人肠道分离培养一个细菌新种？

这是新杂志Human Microbiome Journal的第一篇文献，新杂志，新气象，大家投文章可以有个新去处了。

培养组学芽孢杆菌细菌培养新菌株 Shubha R Shanbhag

TM：研究肠道微生物组，都有哪些新兴技术？（必读综述）

① 系统总结90年代以来肠道菌群研究的技术发展历程；② 下一代测序技术：彻底改变了确定微生物种类、它们在健康和疾病中角色的研究方法；③ 新培养技术：许多之前不能培养的微生物现在得以培养，得以洞察群落的动态和网络关系；④ 干细胞和组织工程技术：类器官构建成为现实，助力经济的、高通量的微生物组研究；⑤ 菌群干预技术：益生元、益生菌、噬菌体、粪菌移植等成为塑造微生物群落组成和功能、预治疾病的新工具。

方法学下一代测序细菌培养微生物培养干细胞

GM：丰度大于0.1%的粪菌，95%可培养出来！

关于粪便中哪些菌能被培养出来的话题，是最近火热的话题，Genome Medicine这篇文章，提供了一个新方法，推荐给大家。

culture-enriched molecular profiling 16s rRNA测序细菌培养 Lingli Zhang Wei-Yun Zhu

厌氧菌培养

Nature：很多肠道细菌可培养！会生成孢子！

今天的Nature，打破常识，正本清源！这篇Letter，会是下一波肠道菌群研究高潮——表型研究的开始么？

厌氧菌培养细菌培养表型分析孢子细菌遗传

新型抗生素

【耐药专题】Nature：teixobactin——一种尚未被检测到耐药性的新型抗生素

① 1960年代之前，抗生素多是从可培养的土壤细菌中筛选出来的；② 然而，环境中约占99%的不可培养细菌才是抗生素的重要潜在来源；③ 本文通过in situ培养法或添加特殊生长因子，开发出了一些培养“无法培养的细菌”的方法；④ 从这些被培养出的细菌中，筛选出了一种新型抗生素——teixobactin，可通过结合脂质II及脂质III，抑制细胞壁合成；⑤ 金黄色葡萄球菌及结核分枝杆菌的突变体均为对teixobactin产生耐药性。

新型抗生素细菌培养