单细胞技术

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单细胞技术

文章数：6篇

单细胞技术

郑浩+张翀：用微流控单细胞技术，解析肠道菌群的菌株多样性

菌群分析的单细胞技术能在菌株层面拓展我们对于肠菌的认知。蜜蜂肠道菌群中包含的细菌种类有限，某些菌株拥有独特的基因组潜力和功能，这为菌株水平分析提供了一个很好的模型。中国农业大学郑浩团队与清华大学张翀团队合作在Microbiome发表的最新研究中，建立了一个基于微液滴的微流控平台，将蜜蜂的单个肠菌用微液滴包裹住并进行培养，这样能排除肠菌间的竞争，在培养后富集一些稀有菌株。而后通过宏基因组测序和组装得到细菌基因组，对这些基因组的分析揭示出了蜜蜂肠道菌群中潜在的新菌种，也为肠菌适应宿主的机制提供了新见解。该方法未来有望拓展为高通量培养组学技术，以及分析其他复杂菌群的多样性和功能，值得专业人士参考。

单细胞技术肠道菌群蜜蜂微液滴封装微流体

艰难梭菌感染

利用单细胞阻抗计数法评估宿主的艰难梭菌感染易感性

孢子萌发对于细菌定殖是必要的第一步，孢子在结肠中的萌发速率依赖于宿主菌群的组成，宿主菌群可调控初级及次级胆盐水平以控制艰难梭菌的孢子萌发。Biosensors and Bioelectronics上发表的一项最新研究，基于萌发的孢子有着更高的净电导率这一特征，开发了一种基于阻抗检测的高通量单细胞计数法，仅需4小时（传统方法需24小时）即可评估艰难梭菌的孢子萌发情况，并可用于评估宿主菌群对艰难梭菌感染的易感性。

艰难梭菌感染 microbiota Impedance cytometry Electrophysiology Microfluidics

二代生理学

Nature Reviews：二代生理学方法-单细胞技术在微生态研究中显身手（综述）

生理学研究某一细胞在特定时间、生理化学条件下的功能，不能剥离环境单纯用基因组数据或代谢重建去描述。在微生物组的研究中，传统的生理学方法多取决于目标细菌是否能分离培养。Nature Reviews Microbiology发表综述，提出了二代生理学方法的概念并讨论了单细胞技术在微生物组研究中的应用以及与下游分析的结合。二代生理学方法具有采样非侵入性、观察非破坏性、以表型分析为基础、功能研究为目标的特点。作者提出如能大力推广二代生理学方法、进行广泛应用，则可使微生物组研究从相关性步入更为深入的因果、功能机理性研究。

二代生理学单细胞技术微生物组功能 Bacterial techniques and applications Cellular microbiology

单细胞技术

杜文斌：微生物高通量单细胞培养、分选和测序

中国科学院微生物研究所杜文斌研究员发表题为《微生物高通量单细胞培养、分选和测序》的报告，介绍了微流控技术实现高通量的单细胞培养分选和测序的技术。

单细胞技术单细胞培养单细胞分选单细胞测序 Ashley J Vargas

Nature子刊：拉曼+稳定同位素实现活细胞按功能分选

稳定同位素被广泛的应用于环境中的功能微生物研究，但是对这些功能微生物缺乏有效的分选方法。《Nature Microbiology》近期发表的研究整合了微流控、光镊和拉曼等技术，通过加入稳定同位素对特定群落中某些有活性的微生物进行标记，实现了功能微生物的高通量、高准确度分选，在单细胞基因组学、微观宏基因组学和细胞培养等领域具有广泛应用前景。

细胞分选微流控技术光镊拉曼光谱单细胞技术

微生物生态学

ISME：原位捕捉生态环境中的活性微生物（综述）

① 核酸测序可补足微生物生态学研究的数据容量，以捕获微生物多样性和大环境的动态变化；② 区别活性、无活性和死亡的微生物细胞非常重要，实验设计应能敏感地捕捉群落的复杂性和活性的变化，以及加工速度的时空规模；③ 原位微生物活性的新发现，依赖于特异性地捕获环境中的活性微生物的技术；④ 本综述介绍了目前使用的活性为基础的方法，包括可与核酸测序联用的单细胞技术，评估其在生态学研究中的优势，讨论将来的方向。

微生物生态学核酸测序单细胞技术