下一代测序

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下一代测序

文章数：9篇

生物信息学

Nature子刊：主流高通量测序仪在人/细菌/宏基因组测序评测结果发布，华大智造表现优异

近日，由生物分子资源设施协会（Association of Biomolecular Resource Facilities, ARBF）主导的ABRF NGS II期研究成果发表于Nature Biotechnology，文章题为“Performance assessment of DNA sequencing platforms in the ABRF Next-Generation Sequencing Study”。研究团队基于来自Illumina、Pacific Biosciences、Thermo Fisher Scientific、BGI、Oxford Nanopore Technologies和Genapsys的多款测序平台，在多个实验室对同一人类基因组家族、三个单独菌株和十种细菌的宏基因组混合物进行测序，并将各平台数据进行全方位、系统性比较，分析各个测序平台的性能差异和测序质量，以提供真实全面的参考证据。

生物信息学 DNA测序基因组学下一代测序

中科院微生物所：gcType——全球模式微生物基因组数据库

2020年10月29日，Nucleic Acids Research在线发表了国家微生物科学数据中心（中国科学院微生物研究所微生物资源与大数据中心、世界微生物数据中心）团队关于全球模式微生物基因组数据库gcType的文章，马俊才研究员与吴林寰研究员为共同通讯作者。gcType是由我国牵头的全球模式微生物基因组测序计划的重要成果。

数据库全球微生物菌种目录（GCM）全球模式微生物基因组数据库(gcType) 基因组组装下一代测序

微生物组样本比较的方法与计算挑战（综述）

微生物群落的研究在很大程度上依赖于宏基因组学下一代测序数据集的比较，近年来已针对该数据集设计了多种方法。本文回顾了比较此类数据集的三个主要挑战：物种识别和定量，宏基因组样本之间距离的有效计算以及与表型（如疾病状态）相关的宏基因组特征的识别，考虑到依赖于参考基因组数据库的基于有参的方法和直接基于样品中所有测序读长的无参方法，作者提出了应对此类挑战的当前解决方案。

微生物组宏基因组 Microbiome metagenomics next-generation sequencing

粘土矿物质

ACS：做韩式泡菜时加点膨润土，菌群构成有变化

这是Applied Clay Science[IF：3.101]发表的韩国研究者所做的“接地气”研究，发现在制作泡菜斯密达的时候，加进去来自韩国不同地区的膨润土，泡菜成品中的不同乳酸菌丰度显著不同，泡菜的风味也有区别。一方水土养一方人，一方水土发酵一方泡菜斯密达~

粘土矿物质泡菜发酵菌群丰度下一代测序

下一代测序

FEMS ML：如何将微生物组和NGS知识带入高中和本科生课堂？

现在关注微生物组和下一代测序（NGS）的人主要集中在科研院所，其实很有必要在高中、本科开设相关课程，对相关知识进行普及，这篇文章对此进行了探讨，感兴趣的人可以看看。

下一代测序课堂教育 Christian Carlucci Emma Allen-Vercoe

细菌性阴道炎

JWHC：测序技术如何帮助诊疗细菌性阴道炎？

下一代测序（NGS）在细菌性阴道炎的诊疗中具有很高的潜在应用价值，在三种情况下发挥重要作用，是哪三种，请看本文。

细菌性阴道炎下一代测序 Paul Zimmet Peter H Bennett

TM：研究肠道微生物组，都有哪些新兴技术？（必读综述）

① 系统总结90年代以来肠道菌群研究的技术发展历程；② 下一代测序技术：彻底改变了确定微生物种类、它们在健康和疾病中角色的研究方法；③ 新培养技术：许多之前不能培养的微生物现在得以培养，得以洞察群落的动态和网络关系；④ 干细胞和组织工程技术：类器官构建成为现实，助力经济的、高通量的微生物组研究；⑤ 菌群干预技术：益生元、益生菌、噬菌体、粪菌移植等成为塑造微生物群落组成和功能、预治疾病的新工具。

方法学下一代测序细菌培养微生物培养干细胞

ALM：用测序帮助诊断阴道炎，靠谱！

韩国人的研究，关注阴道菌群的人可以看一看。

阴道菌群阴道炎下一代测序 Eoin O'Brien Eoin O'Brien

下一代测序

STM：下一代测序的研究路线图

路线图，推荐Microbes必读。

下一代测序诊断 Na Fei Liping Zhao