Liping Zhao

肠易激综合征是一种常见的功能性肠病，其特征是排便习惯改变和反复腹痛。肠易激综合征患者通常还伴随着更高的代谢综合征和发生率，但相关的病理机制尚不清楚。近日，香港浸会大学卞兆祥，贾伟和新泽西州立罗格斯大学赵立平及团队在Nature Communications上发表最新研究，通过宏基因组学，代谢组学以及临床试验，动物实验和分子生物学实验等，揭示出肠菌衍生的代谢物色胺和苯乙胺在肠易激综合征和糖尿病患者中胰岛素抵抗和代谢综合征发展中的因果性作用，值得关注。

微生物代谢物胰岛素敏感性研究论文基础研究活泼瘤胃球菌

糖尿病

袁慧娟/张晨虹/张发明/赵立平Cell子刊：靶向肠菌改善糖尿病周围神经病变

远端对称性多发性神经病变（DSPN）是糖尿病患者中常见的一种神经并发症，其致病机理尚未完全阐明，缺乏有效治疗手段。Cell Metabolism最新发表了河南省人民医院袁慧娟、上海交通大学张晨虹与赵立平、南京医科大学第二附属医院张发明作为共同通讯作者，河南省人民医院杨俊朋与杨雪丽、上海交通大学吴国军作为共同第一作者的研究论文，该研究通过“临床现象-机制研究-临床治疗”，揭示了肠道菌群对DSPN发病的因果贡献，为以肠道菌群为靶点治疗DSPN提供了临床证据。

糖尿病基础研究医学研究周围神经病变肠道菌群

糖尿病

张晨虹+赵立平等：特定致病共生菌可损伤胰腺引发糖尿病

胰岛素依赖性糖尿病（IDD）是与胰岛素生成不足有关的一种糖尿病，包括以β细胞破坏为特征的自身免疫性1型糖尿病。此前研究表明，IDD与肠道菌群紊乱相关。然而，诱导IDD的具体肠菌仍待鉴定和因果验证。Microbiome最新发表了来自上海交通大学张晨虹和赵立平团队的研究，发现低剂量（0.2%）的葡聚糖硫酸钠（DSS）虽不引起明显的肠道炎症或屏障损伤，但能使特定的致病共生菌在小鼠肠道中富集。这些细菌可转移至胰腺，导致胰腺炎症、β细胞破坏和IDD。这些发现支持IDD是一种菌群依赖性的疾病，提示需进一步在人类中鉴定可促进IDD的致病共生菌。

糖尿病胰岛素依赖性糖尿病 1型糖尿病自身免疫疾病肠-胰腺轴

新冠肺炎

赵立平+张晨虹+朱召芹：通过肠道菌群预测新冠严重程度和预后

上海交通大学的赵立平、张晨虹和上海市公共卫生临床中心的朱召芹与团队在mBio发表文章，对新冠患者入院时的粪便样本进行宏基因组学分析，鉴定出两个功能差异的细菌群，其在病情严重程度不同的患者中分布不同，同时根据这两个功能群的丰度差异可对患者的病情严重程度进行分群。这种分类方法适用的广谱性在不同国家的数据、以及四个独立数据集中得到验证。因此，这种分类方法可能有助于早期识别住院的新冠肺炎患者，这些患者在入院时有更严重结局的高风险。

新冠肺炎粪便菌群

肠-肺轴

孟广勋+赵立平+张晨虹Nature子刊：肠菌帮助抵抗呼吸道病毒感染的新机制

病毒感染是对人类健康的重大挑战，肠道菌群及其代谢物通过肠-肺轴与宿主对呼吸道病毒的免疫反应密切相关。宿主对甲型流感病毒（IAV）的防御涉及NLRP3炎症小体的激活，但NLRP3保护功能背后的机制尚不完全清楚。中国科学院上海巴斯德研究所孟广勋、上海交通大学赵立平和张晨虹与团队，在Nature Communications发表的最新研究发现，肠菌产生的代谢物乙酸，能通过增强NLRP3介导的I型干扰素生成，帮助小鼠抵抗流感病毒感染。这些发现为对抗呼吸道病毒感染提供了新的防治思路。

肠-肺轴抗病毒免疫肠道菌群乙酸菌群代谢产物

新冠后遗症

赵立平等：靶向肠道菌群的营养干预，可改善新冠患者的胃肠道后遗症

随着新冠病毒感染者的持续增加，新冠患者的长期后遗症问题也引起了人们越来越多的关注。mBio最新发表了来自赵立平团队与罗格斯新泽西医学院Weizheng Wang合作的病例报告，初步表明通过对肠道菌群进行营养干预来改善新冠后遗症患者的胃肠道症状具有可行性。

新冠后遗症营养干预肠道菌群膳食纤维病例报告

菌群-环境-健康

肠道菌群或是环境和健康之间的桥梁

在种族、性别认同和差异、社会经济地位低的弱势人群中，许多疾病的患病率更高。由环境带来的这种健康不平等现象值得探究。肠道菌群受宿主环境影响，并且具有个体/群体差异，或许是造成健康不平等的原因之一。在PNAS上发表的这篇文章，深入分析了环境-肠道菌群-健康三者之间的两两“依附"作用，并指出从生态角度调控肠道菌群改善健康不平等现象的可能性。该角度/观点值得相关人士参考。

菌群-环境-健康

生酮饮食

上海交大张晨虹：生酮饮食对糖脂代谢、肠道菌群及代谢产物的影响

生酮饮食能引起肠道菌群的改变，对癫痫和一些神经退行性疾病有治疗作用，然而其对糖脂代谢的影响还没有定论。上海交大的张晨虹团队在mBio上发表的一项最新研究，在小鼠中发现两种常用的生酮饮食配方——KDR与KDH分别可诱导小鼠的胰岛素抵抗、血糖稳态失调及脂质积累，并可改变肠道菌群组成及代谢产物。人体临床试验中的生酮饮食配方（含72%脂肪和8%碳水化合物）也会诱导小鼠胰岛素抵抗及脂肪积累。该研究结果提示，将生酮饮食用于减肥和其他疾病的治疗时，应考虑到潜在的糖脂代谢紊乱的风险，并且需要进一步评估饮食中脂肪的来源和比例。

生酮饮食研究论文基础研究啮齿动物（小鼠）葡萄糖耐受

肠道菌群

赵立平团队：“功能群”分析或是人类肠道菌群研究的突破口

肠道菌群研究为探索疾病机理打开了一扇新的大门，但目前这一领域的研究存在着难以找到真正的“致病”微生物等难题。罗格斯大学、上海交通大学的赵立平团队在Genome Medicine发表观点文章，讨论了目前常用的菌群分析方法中存在的缺陷，提出了更具有生态学意义的基于“功能群”的研究策略，并列举了两个实例，说明了如何将这种研究思路应用于宏基因组和16S测序的数据分析，值得专业人士关注。

肠道菌群功能群

益生元

赵立平团队：活跃期益生元改善小鼠脂肪肝

上海交通大学赵立平团队研究成果。研究利用益生元在活跃期或者全程干预高脂膳食小鼠。研究结果显示，益生元改善小鼠肠道菌群、改善其NAFLD症状，降低其血清胆固醇。结合鉴定出益生元促进的共丰度组（CAG），文章认为，活跃期的益生元干预通过影响肠道菌群及短链脂肪酸（SCFAs）改善高脂膳食小鼠肝脂肪变性。

益生元非酒精性脂肪性肝病

肠道菌群

赵立平等：菌群研究走向因果，回归培养必不可少（Nature Reviews年度回顾）

科赫法则是证明病原体引发疾病的金标准。其中关键的一环是，将分离出的病原体在培养基上养成纯培养，用其感染健康个体后能引发相同的疾病。在菌群研究走向因果和机制的当下，也需要用相同的思路来证实特定的肠道菌群成员与健康或疾病表型的因果关系。Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology最新发表了由美国罗格斯大学、上海交通大学的赵立平主笔的年度回顾文章，重点介绍了今年发表的3项研究（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1078683050）（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1091956818）（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1052230071），这些研究都使用了细菌纯培养来阐释特定肠道细菌对宿主的致病或保护性作用及其生物学机制；并指出，通过对宿主和细菌中的关键基因进行遗传操作以阐明细菌-宿主互作中的分子机制，是菌群因果性研究的重要思路。

肠道菌群细菌培养因果性研究

非酒精性脂肪性肝病

赵立平团队等：过度生长的产内毒素肠菌，可诱导脂肪肝

肠道菌群和非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）之间存在关联，比如无菌小鼠不会患NAFLD等代谢综合征；然而，具体什么微生物会诱发NAFLD，以及致病过程中这些微生物与宿主的分子互作机制仍不明晰。mBio最新发表的上海交通大学赵立平团队参与主导的研究，从肥胖脂肪肝患者肠道菌群中分离出了过度生长的内毒素产生菌，证实这些无毒性的致病共生菌可诱导小鼠的炎症和脂肪肝，并揭示出内毒素与宿主Toll样受体4的互作是其中的关键性分子事件。这些发现为NAFLD的诊断和治疗带来启示。

非酒精性脂肪性肝病肠-肝轴肠道菌群产内毒素细菌致病共生菌

进食时间

上海交大张晨虹团队：节食时间影响小鼠肠道菌群和代谢表型

不规律的进食时间在当今社会很普遍，很多人都习惯在夜间吃东西（比如，晚餐时间过晚和吃夜宵）。热量限制（节食）是改善代谢健康的有效方法，但节食期间的进食时间对肠道菌群、代谢和整体健康的影响仍需研究。上海交通大学张晨虹团队在mSystems发表的一项最新研究，分析了不同时间进食的节食小鼠的代谢表型和肠道菌群，表明将进食时间限制在活跃期（对于小鼠是夜间），或许可以产生更为健康的效果，为节食时间的选择提供了新的证据。

进食时间 calorie restriction shift of feeding time Gut microbiota anti-inflammation

生态学原理

赵立平：微生物组大数据分析中的生态学原理分析

上海交通⼤学微生物学特聘教授、美国罗格斯大学应用微⽣物学冠名讲席教授赵立平博⼠，发表题为《微生物组大数据分析中的生态学原理分析》。指出需要用⽣态理论指导菌群研究，重视不同细菌类群间的联系。

生态学原理菌群分析方法物种间互作菌株水平差异因果性研究

菌群-药物关联性

张晨虹+袁慧娟等：限制饮食或可缓解化疗药物副作用

河南省人民医院袁慧娟与上海交大张晨虹团队近期在《mBio》发表研究，发现限制小鼠的热量摄入可以缓解化疗药物环磷酰胺对胃肠道的副作用，该过程与肠道菌群结构变化有关。该研究为通过菌群调节改善癌症化疗预后提供了实验支持，值得参考。

菌群-药物关联性 cyclophosphamide Lactobacillus calorie-restricted Gut microbiota

绿茶多酚

赵立平团队：绿茶多酚改善糖尿病小鼠血糖

赵立平团队近期在《Molecular Nutrition and Food Research》上发表一项研究，发现绿茶多酚（而非茶黄素）可调节糖尿病小鼠模型的肠道菌群，并抑制β细胞损伤，从而改善血糖水平。

绿茶多酚 db/db mice Diabetes Intestinal Microbiota Metabolism

饮食与健康

赵立平等：如何解析肠道菌群在饮食与健康中的作用

来自赵立平和团队的评论文章在Genome Medicine发表，该文针对如何在饮食、肠道菌群和健康之间建立因果联系，提出了一个概念性框架，强调了功能群和关键菌株的重要性，并指出用饮食和营养来影响菌群以改善人体健康，将成为疾病防治的新核心。这些观点对菌群、营养和临床研究均有参考价值，值得关注。

饮食与健康肠道菌群功能群菌株宿主-微生物互作

肝脂肪变性

上海交大张晨虹：肥胖肠道菌群引发小鼠脂肪肝

肠道菌群失调与脂肪肝有密切关联，Frontiers in Microbiology近期发表来自上海交通大学张晨虹团队主导的研究，通过给无菌小鼠移植肥胖患者在减肥前后的不同肠道菌群，证实肥胖菌群确实能引起正常饲料喂养的小鼠发生脂肪肝，并分析了菌群移植导致的肝脏转录组变化，为菌群引发脂肪肝的因果性和潜在机制，提供有力证据。

肝脂肪变性肝脂肪变性无菌小鼠肠道菌群肝脂质代谢

中药复方

仝小林+赵立平等：中药复方富集有益肠道菌，改善2型糖尿病合并高血脂症

中医科学院广安门医院仝小林团队和上海交大赵立平团队共同主导的研究，在一项临床试验中分析一种中药复方对2型糖尿病合并高血脂症患者的治疗效果，并以二甲双胍作为阳性对照，发现这种中药复方可显著改善患者的糖脂稳态，甚至在某些指标上优于二甲双胍。进一步分析表明，两种药物可能通过改变患者肠道菌群、富集特定的功能群细菌来改善疾病。

中药复方 2型糖尿病高血脂症二甲双胍肠道菌群

鼠乳杆菌CR147

上海交大等：鼠乳杆菌CR147或介导能量限制的有益作用

继本月初在Science发表成果，上海交大张晨虹团队主导的最新研究本周在Microbiome上线。该研究在小鼠中发现，短期能量限制不仅改善代谢和系统性炎症，还能影响肠道菌群，使乳杆菌成为优势菌，而其中的鼠乳杆菌CR147菌株介导了能量限制相关的健康和抗炎作用。该菌株是否在人体中也具有同样的功效？期待未来的人体试验。

鼠乳杆菌CR147 能量限制抗炎作用 Lactobacillus murinus CR147

产短链脂肪酸细菌

Science：膳食纤维富集关键肠道菌治疗2型糖尿病

转载自《人心肠日报》：膳食纤维可经肠道菌群发酵生成短链脂肪酸（SCFA），对人体健康有重要作用。此前研究表明，SCFA生产不足与2型糖尿病等诸多疾病都有关系。今天Science上线了由上海交通大学赵立平、彭永德和张晨虹共同主导的重要研究，证实高膳食纤维营养干预辅助阿卡波糖治疗，可快速有效地改善2型糖尿病。还通过分析患者肠道菌群的变化，鉴定出一组与临床治疗效果显著相关的SCFA产生菌。以这些关键细菌为靶点，或可成为个性化营养干预防治2型糖尿病的新手段。

产短链脂肪酸细菌糖尿病膳食纤维 gut microbiota type 2 diabetes

2型糖尿病

赵立平+彭永德+张晨虹等：膳食纤维治疗2型糖尿病，多亏关键肠道菌

膳食纤维可经肠道菌群发酵生成短链脂肪酸（SCFA），对人体健康有重要作用。此前研究表明，SCFA生产不足与2型糖尿病等诸多疾病都有关系。今天Science上线了由上海交通大学赵立平、彭永德和张晨虹共同主导的重要研究，证实高膳食纤维营养干预辅助阿卡波糖治疗，可快速有效地改善2型糖尿病。通过分析患者肠道菌群的变化，还鉴定出一组与临床治疗效果显著相关的SCFA产生菌。以这些关键细菌为靶点，或可用于个性化营养方案来防治2型糖尿病。

2型糖尿病高膳食纤维产短链脂肪酸细菌 Gut microbiota type 2 diabetes

肠型

Nature子刊：利用“肠型”对肠道菌群进行分类

这是Nature Microbiology发表的重要文献，包括王俊、赵立平等两位中国科学家在内的29位菌群研究领域的重量级科学家，针对“肠型”这个概念进行了新的探讨，以求推动对这个重要概念的统一认识并将其推到实践。新方案是综合之前多种分型方案之长但充分考虑菌群功能、生态学及临床需求的在线方法。具体方法值得专业人士去深挖，我们仅简要介绍。特别推荐！

肠型 Trevor Beaudoin Charles M Deber

Cryopyrin相关周期性综合征

赵立平+孟广勋等：NLRP3炎性小体突变，菌群与Treg联合确保肠道稳态

这是中科院上海巴斯德研究所孟广勋教授和上海交通大学赵立平教授合作的关于NLRP3炎性小体、肠道菌群、调节性T细胞互作并维持肠道稳态的重要研究，值得特别关注。

Cryopyrin相关周期性综合征调节性T细胞 NLRP3炎性小体 Yongbo Kang Yongbo Kang

faser算法

NAR：性能更优的菌群数据分析新算法

这是Nucleic Acids Research[IF：10.162]发表的分析菌群数据的新算法，值得专业人士特别关注。

faser算法

母乳

FM：无菌小鼠喝母乳，会促进长出什么肠道菌？

这项研究用人的母乳喂养无菌小鼠，分析母乳中菌群和最终在小鼠肠道定殖的细菌，建立了母乳喂养动物模型，值得读一读，特别推荐。

母乳无菌小鼠肠道细菌 Breast milk

SR：不同类型的肠道菌群利用纤维的能力存在差异

短链脂肪酸

SR：不同类型的肠道菌群利用纤维的能力存在差异

短链脂肪酸纤维普氏菌属拟杆菌属

丁肖英+彭永德等：多囊卵巢综合征的肠道菌群失调

来自上海交大团队的研究，对多囊卵巢综合征的肠道菌群失调进行研究，推荐阅读。

生物钟

Nature子刊：请规律进食，和你的肠道节律保持一致

上海交大的赵立平和张晨虹两位老师对Cell之前发表的关于“菌群的昼夜节律驱动宿主转录组的振荡”的论文的简介，按老规矩，图就很值得看，又是赵立平老师参与写作，更值得必读必读。

生物钟昼夜节律肝脏解毒饮食干预 Can Song