宿主-微生物互作

益生菌已经被广泛应用于人类健康、农业和水产养殖等领域，但在野生动物领域的应用仍处于起步阶段。最近在Trends in Microbiology上发表的一篇综述回顾了该领域最新的研究成果和挑战。该综述提供了全面的实验评估建议，并探讨了益生菌的作用机制和替代微生物治疗策略的发展。这将有助于加快这一新兴研究领域的发展，并为保护濒危野生动物提供有效的干预手段。

益生菌野生动物宿主-微生物互作

细菌基因组编辑

马延磊+晁彦杰等：详解肠道细菌的遗传操作工具（综述）

细菌基因组编辑肠道菌群工程菌遗传操作工具宿主-微生物互作

粪菌移植

Cell子刊：粪菌移植用于复发性艰难梭菌感染（综述）

粪菌移植（FMT）对预防复发性艰难梭菌感染非常有效。Cell Host and Microbe发表的这篇综述，从生态学、微生物介导的代谢、免疫学和表观遗传学的角度，讨论了FMT的潜在作用机制，探讨了其局限性和未来研究方向。

粪菌移植肠道菌群宿主-微生物互作复发性艰难梭菌感染

动物模型

王关红团队：宿主-菌群互作研究中的无菌和限菌技术（综述）

昆虫体内的共生微生物已被证实与其宿主的代谢、免疫和行为等多方面紧密相关，这些共生互作也有助于宿主昆虫更好地适应环境。近日，中国科学院动物研究所王关红及团队在Trends in Microbiology发表最新研究，回顾了无菌和限菌饲养系统的历史发展，并从灭菌方式、无菌食物制作及限菌系统改良方法等方面批判性地评价了近年来发展的饲养技术，论述了使用无菌和限菌方法研究昆虫-微生物互作的最新进展，还阐明了共生菌群如何影响宿主的多种性状，同时也指出了针对无菌和限菌技术的缺陷，值得关注。

动物模型宿主-微生物互作基础研究综述共生菌群

金小蜂

王关红等：金小蜂-微生物组间互作机制进展（综述）

近年来，随着微生物研究技术的发展，菌群研究得到了广泛关注，金小蜂（Nasonia）是研究昆虫行为、发育、进化遗传学、物种形成和共生关系的良好模式生物。近日，中国科学院动物研究所王关红及团队在Trends in Parasitology发表最新综述，系统的阐述了金小蜂作为微生物组研究模式生物的优势，以及研究方法，强调了宿主进化关系在微生物群组成中的重要性，并详细总结了金小蜂微生物组与宿主间的复杂互作进展。总之，该研究有助于更好地理解微生物在生命科学领域所发挥的关键作用，为进一步充分利用金小蜂研究模型提供重要借鉴意义。

金小蜂宿主-微生物互作 wasp holobiont phylosymbiosis

肠道黏液层

黏液-细菌相互作用对ETEC致病性的影响及其与人体肠道菌群的相互作用

肠道粘液层在人类健康中具有双重作用，即可维持肠道菌群稳定，也可做为抵抗肠道病原体的物理屏障，然而目前肠道病原体和粘液层间的关系尚未得到充分认识，尤其是对产肠毒素大肠杆菌(ETEC)致病性的影响。近日，发表在NPJ Biofilms and Microbiomes上的这篇文章，通过体外模拟人类消化环境，研究粘液微环境在ETEC菌株H10407病理生理学各个方面的影响，包括其存活、粘附、毒力基因表达、白细胞介素8的诱导以及与人类粪便菌群的相互作用。总之，本研究使用多靶点体外方法，支持粘液在ETEC病理生理学中发挥的主要作用，为新治疗策略的设计开辟了道路。

肠道黏液层致病菌宿主-微生物互作产肠毒素大肠杆菌

宿主-微生物互作

Nature Reviews：用RNA测序研究宿主-微生物互作（综述）

微生物及其宿主之间的互作，具有高度的情境依赖性，参与正常的组织功能和传染病病理。Nature Reviews Genetics发表的这篇综述，描述了RNA测序（RNA-seq）技术在宿主-微生物互作研究中的应用，包括跨物种和单细胞转录组学方面的进展。推荐专业人士参考学习。

宿主-微生物互作 RNA测序宏转录组学转录组学

迷你肠道

Nature：“迷你肠道”——下一代类器官助力肠道研究

类器官是研究组织器官生理和功能的前沿模型，但是目前的类器官基本都是封闭的囊性结构，且存活期较短，限制了其研究应用。Nature发表的一项新研究报道了一种新的类器官培养方法，通过支架微芯片引导肠道干细胞形成类似肠道的管形类器官。这种“迷你肠道”可以长期保持稳定，并拥有与真实肠道相似的细胞类型多样性、结构和功能，也可以支持微生物的定植，或是研究宿主-微生物互作等许多肠道相关问题的好模型，其中用到的培养技术对于其它的类器官研究也有借鉴价值。

迷你肠道 Biomedical engineering intestinal stem cells Morphogenesis Organogenesis

双歧杆菌

亲和人体双歧杆菌（HRB）的特征与生理（综述）

双歧杆菌是人类肠道菌群中主要的有益菌种之一。一般来说,双歧杆菌可根据不同寄宿环境分为两大类：寄宿于人类的菌种为亲和人体双歧杆菌（Human-Residential Bifidobacteria，HRB），而寄宿于动物或其他环境的为非亲和人体双歧杆菌（Non-Human-Residential Bifidobacteria，非HRB）。众多的研究表明，HRB菌株将会是更理想的人类益生菌，特别是用于婴幼儿，且对宿主会有更多的功效和更高的安全性。发表在FEMS Microbiology Reviews上的一篇综述文章叙述了不同寄宿起源的双歧杆菌之间的基因型及生理特征的差异，以及有关双歧杆菌的保健功能的最新研究结果。综合HRB菌株可合成叶酸和代谢人类肠道中各种聚糖的能力，以及它们在人类母乳中的亲和性，HRB菌株尤其是婴儿型HRB菌株可能更为适合用于婴幼儿。

双歧杆菌宿主-微生物互作人类健康生理特性环境适应性

芳香族氨基酸

芳香族氨基酸传导宿主-微生物互作信号

芳香族氨基酸（AAA）包括色氨酸（Trp）、苯丙氨酸（Phe）和酪氨酸（Tyr），其中Phe和Trp为必需氨基酸，需从食物中获得，而Tyr由Phe水解而成。Trends in Endocrinology and Metabolism的这篇综述重点介绍了菌群的AAA代谢物与宿主健康和疾病的关联性，证明了AAA靶向疗法的潜力，并列举了证明因果关系和疗效的研究手段，值得相关人士参考。

芳香族氨基酸宿主-微生物互作 Aromatic amino acids host–microbe interaction Microbial metabolism

空间代谢组学

Nature子刊：微米尺度下的宿主-微生物原位互作空间代谢组学

为共同维护代谢物交换的空间秩序，宿主和微生物会生产相应的代谢物，如细胞膜、抗菌物质或识别分子，因而，视化代谢物的分布对了解微生物与外界生物间的作用十分重要。很多代谢组学的检测技术只关注了代谢物种类和量而忽略了代谢物的空间分布。本文结合使用大气压基质辅助激光解吸电离质谱成像（AP-MALDI-MSI）和荧光原位杂交显微术（FISH），建立空间代谢物成像法（metaFISH），在3微米像素点的水平上分析单个真核细胞和细菌群落的空间代谢组。作者将metaFISH技术用于一种无法人工培养的深海贻贝及其共生菌，证明metaFISH可清晰区分不同代谢物的空间分布。该技术可用于宿主-病原体反应，同时视化病原菌表型和宿主的代谢免疫反应，帮助解开微生物的化学密码。

空间代谢组学宿主-微生物互作 Marco Fabbrini Riccardo Masetti

拓展显微镜

Nature Reviews：宿主-微生物成像的最新方法综述

拓展显微镜 PACT 宿主-微生物互作沙眼衣原体幽门螺杆菌

宿主-微生物互作

肠道共生细菌在治疗宿主疾病方面的巨大潜力（综述）

宿主-微生物互作大肠杆菌Nissle 肠道菌群与疾病格氏乳杆菌肿瘤

细菌胞外多糖

特定有益菌的胞外多糖在肠道环境中的作用（综述）

胞外多糖（EPS）是存在于大多数细菌表面的碳水化合物聚合物，可充当细菌的保护层，同时与周围环境发生互作。这篇来自Frontiers in Microbiology的综述，重点介绍了双歧杆菌和乳酸菌EPS的相关研究进展。

细菌胞外多糖双歧杆菌乳酸菌肠道菌群宿主-微生物互作

抗癌药物

寻找抗癌物，别忽略了共生菌这座宝库

植物天然产物要抗癌药物的重要来源。但是越来越多证据表明，源于植物/海洋生物的抗癌物质，其直接生产者是共生微生物，而且物质生产过程涉及复杂的宿主-菌群互作。本文回顾了大量相关领域研究，对于抗癌药物的开发、生产具有参考价值。

抗癌药物宿主-微生物互作天然产物

饮食与健康

赵立平等：如何解析肠道菌群在饮食与健康中的作用

来自赵立平和团队的评论文章在Genome Medicine发表，该文针对如何在饮食、肠道菌群和健康之间建立因果联系，提出了一个概念性框架，强调了功能群和关键菌株的重要性，并指出用饮食和营养来影响菌群以改善人体健康，将成为疾病防治的新核心。这些观点对菌群、营养和临床研究均有参考价值，值得关注。

饮食与健康肠道菌群功能群菌株宿主-微生物互作

菌群互作

PNAS：细菌操纵宿主生理功能获得竞争优势

本文利用斑马鱼模型，阐述了入侵细菌获得竞争优势的新模式——通过操纵宿主肠道蠕动这一生理功能达到清除原住细菌的目的，该结果展示了菌群互作、细菌-宿主互作的新模式，值得专业人士关注。

菌群互作宿主-微生物互作霍乱弧菌斑马鱼 VI型分泌系统（T6SS）

宿主-微生物互作

Future Microbiol：世世代代离不开微生物的高等生物！

这是一篇只有4页的小文章，却写得很深入也很生动，对人类认识微生物与宿主重要关系的历史做了清晰描述，对微生物对宿主的重要基础性作用做了深入阐述，很值得一读。特别推荐。

宿主-微生物互作 host-pathogen human health Microbial communities Microbiome

宿主-微生物互作

Eran Elinav：疾病与健康中的宿主-微生物组互作

以色列魏茨曼科学研究所教授Eran Elinav发表题为《Host-microbiome interactions in health and disease》的报告，通过加深对菌群-宿主互作机制的理解，揭示了以个性化营养、菌群移植、代谢物干预、靶向清除特定细菌及对宿主的干预等构成的菌群干预治疗新思路。

宿主-微生物互作个性化营养