转录组学

蜜蜂是重要的授粉昆虫，会受到致病细菌、真菌和寄生虫的威胁。研究表明，蜜蜂肠道菌群对东方蜜蜂微孢子虫（Nosema ceranae）感染具有重要的保护作用，并通过基因工程肠道共生菌的应用成功降低了病原体的寄生。近日，中国农业大学郑浩及团队在Nature Communications发表最新研究，利用无菌蜜蜂模型，发现肠道细菌Snodgrassella会调节蜜蜂氧化途径免疫反应，抑制中蜂微孢子虫的寄生。总之，该研究不仅揭示了Nosema的感染机制，还展示了利用工程化肠道细菌保护蜜蜂免受该病原体侵害的潜力，为改善蜜蜂健康提供了新的思路，值得关注。

蜜蜂中蜂微孢子虫研究论文基础研究肠道菌群

脓毒症

瑞金医院：肠道菌群和代谢特征的改变与脓毒症进展相关？

肠道微生物组在败血症的进展中起着关键作用。然而，肠道菌群及其代谢产物参与脓毒症过程的具体机制尚不明确，这限制了其转化应用。近日，瑞金医院毛恩强、彭奕冰、赵冰及团队在Critical Care发表最新研究，通过人群对照试验和动物模型验证，发现肠道菌群和代谢特征的改变与脓毒症进展密切相关，值得关注。

脓毒症肠道菌群研究论文基础研究代谢特征

小檗碱

国内团队：小檗碱通过调节基质细胞中Wnt基因可促进肠上皮修复

炎性肠病是一种特殊的慢性肠道炎症性疾病，沿着下消化道会出现持续的炎症或溃疡，并伴有结直肠癌或其他器官并发症。主要包括药物治疗、内镜治疗和手术治疗，以达到促进肠道黏膜愈合的效果，但目前的成功率仍不高。近日，上海交通大学的李保界、刘慧娟、成都中医药大学刘文平及团队在BMC Biology上发表最新研究，发现小檗碱（BBR）对小鼠结肠炎疗效优于柳氮磺胺吡啶（SASP），BBR可以通过昼夜节律上调肠干细胞的基质细胞，调节Wnt分子表达，从而促进结肠上皮修复。总之，该研究为未来利用中药成分干预炎症性肠病提供了新见解，值得关注。

小檗碱基质细胞研究论文基础研究转录组学

麻风分枝杆菌

Cell子刊：特定致病菌或可促进肝脏生长

麻风病作为一种古老且顽固的慢性传染病，已经困扰人类数千年，其根源来自麻风分枝杆菌（ML）极强的破坏力。近日，英国爱丁堡大学研究人员在Cell Reports Medicine发表最新研究，发现在部分受到感染犰狳体内，麻风分枝杆菌能够对肝细胞进行重新编程，形成新的肝细胞和肝组织，显著增加总肝脏/体重比，同时不会造成损伤、疤痕或肿瘤。总之，该研究提出了一种非常反常的机制，麻风病细菌或可促进犰狳肝脏的无创生长，值得关注。

麻风分枝杆菌肝脏再生研究论文基础研究转录组学

新冠病毒

国内团队：新冠肺炎女性阴道菌群也有变化

中国医学科学院Lan Zhu以及北京大学Chengqi Yi的研究团队合作发现严重新冠肺炎女性阴道样本中转录组学变化显著，且阴道菌群结构也有相应的变化。既往很少有研究关注阴道粘膜在COVID-19中发挥的作用，本研究具有较大的创新，为进一步开发针对新冠病毒的防控策略提供重要的思路。

新冠病毒研究论文女性阴道菌群转录组学

孕期肥胖

揭秘孕期肥胖如何影响子代心血管健康

在孕期控制增重，避免肥胖具有诸多好处。本研究通过动物实验，证实孕期母亲肥胖可能影响子代脂代谢和脂质组，进而影响心脏健康。因此，孕期控制饮食尤为重要。

孕期肥胖研究论文小鼠脂质代谢心血管健康

宿主-微生物互作

Nature Reviews：用RNA测序研究宿主-微生物互作（综述）

微生物及其宿主之间的互作，具有高度的情境依赖性，参与正常的组织功能和传染病病理。Nature Reviews Genetics发表的这篇综述，描述了RNA测序（RNA-seq）技术在宿主-微生物互作研究中的应用，包括跨物种和单细胞转录组学方面的进展。推荐专业人士参考学习。

宿主-微生物互作 RNA测序宏转录组学转录组学

结直肠癌

中山大学团队：可预测大肠癌患者预后的生物标志物（综述）

II/III期结直肠癌（CRC）患者术后治疗策略仍有争议，目前主要根据组织病理特点和临床危险因素判断是否进行辅助化疗，然而，也只有小部分患者能从辅助化疗中受益。因此，迫切需要更严格的分层生物标志物来帮助进一步区分这些患者群体。来自中山大学的徐瑞华及研究团队最新发表在Molecular Therapy的综述，讨论了发现生物标志物的策略，总结了之前发表的生物标志物在CRC中的地位并评估其效用。

结直肠癌预后预测基因组转录组学

锰氧化

Nature：首次发现锰氧化细菌及其化能自养生长过程

关于化能锰氧化微生物是否存在，在过去的一个世纪中一直争论不止，本研究富集了一个锰氧化的环境，发现其中存在共培养的两株细菌并且共培养环境依靠碳酸锰(MnCO3)的氧化进行增殖。本研究证实了锰氧化微生物的存在，并且从细胞、系统发育、转录组以及同位素示踪等不同的角度对其进行了详细的描述，过去一个世纪的争论终于尘埃落定。这些发现扩展了已知的供给生命的无机代谢多样性，并完成了锰的生物地球化学能循环途径，该循环可能与其他主要的全球元素循环有关。

锰氧化化能自养 MnCO3 同位素探针转录组学

结直肠癌

结肠粘膜生物膜、宿主和大肠癌的相互作用

宿主和肠道细菌之间的相互作用被破坏与结直肠癌（CRC）的发生有关。然而，这些细菌的活性及其与宿主之间的相互作用尚不清楚。此外，细菌如何组织/定位，以及它们所表达的基因，都可能对CRC发病机制具有同样重要的影响。近来，在约52%CRC患者和约13%健康人的上皮表面发现长达200微米的细菌生物被膜（BF）。此前已发现，在多个临床前小鼠模型中，来自CRC患者或健康人的BF形成细菌在CRC发展中起到功能性的角色，突出了细菌的组织形式对CRC产生的影响。最新发表在mSystems的研究发现在BF阳性菌群中，细菌毒力基因数量增加，并鉴定了一个保守的、可传播的BF阳性相关细菌核心组。此外，还证明了BF状态和CRC的发展改变了miRNA的表达，特异性miRNA与BF阳性相关类群相关。破译这种复杂的相互作用可能会发现CRC新的调节途径和具有潜在治疗意义的分子。

结直肠癌 biofilm colorectal cancer germfree microRNAs

早产儿

多组学技术助力早产儿支气管肺发育异常疾病研究

本研究关注早产儿是否发生支气管肺发育异常者其肠道菌群结构以及血转录组学改变，结果提示早产儿的肠道菌群或可通过影响免疫调控从而改变早产儿疾病风险。该研究结合了微生物组学及代谢组学研究结果，为早产儿疾病风险机制研究提供了新的思路和方法。

早产儿 BPD RNA-seq VLBW fecal organisms

结直肠癌

何为锯齿状结直肠癌？（综述）

通过传统的腺瘤-癌顺序研究结直肠癌（CRC）起源，对研究控制其发生、发展的分子机制提供了思路。而目前对另一种与之相关的“锯齿状”途径知之甚少，该途径与BRAF突变和微卫星不稳定性相关。最近用来分类人CRC的转录组学方法表明，间充质和/或结缔组织特征与免疫抑制微环境相结合很大程度上决定了CRC的最坏预后。重要的是，这些侵袭性的CRCs具有锯齿状肿瘤的特征，表明通过这一替代途径的肿瘤起源决定了CRC的侵袭性。最新发表于Trends in Cancer的综述回顾了最近关于锯齿状癌变如何导致最差预后的CRC亚型的证据。

结直肠癌 Serrated colorectal cancer mesenchymal atypical PKC

肝癌

国内团队Cell发文：乙肝相关肝细胞癌患者的蛋白基因组学特征

来自复旦大学中山医院的樊嘉院士团队、中国科学院上海药物研究所的周虎团队及上海生物化学与细胞生物学研究所的高大明团队Cell上发表的一项最新研究，对乙肝相关肝细胞癌患者的基因组学、转录组学、蛋白组学、蛋白磷酸化组学数据进行整合分析，发现基于多组学数据，可将肝癌患者分为3个亚群，不同亚群的患者具有不同的预后情况及潜在治疗靶点。这一研究有望在将来为肝癌的预后判断、分子分型和个性化治疗提供精准指导。

肝癌 AA signature ALDOA CTNNB1 hepaotcellular carcinoma

生物钟

Cell子刊：一天之中运动能力如何变化

运动表现受一系列因素的协同影响，其中很多因素受生物钟调控。《Cell Metabolism》近期发表的一项研究，分析了小鼠和人在一天内的运动能力变化，表明这种变化依赖于生物钟，且不同时间运动引起的肌肉代谢应答也不同。这些发现或许有助于针对特定代谢问题（比如减肥、改善胰岛素抵抗）设计最有效的运动干预方法。

生物钟运动 AICAR ZMP circadian rhythm

小鼠模型

Cell子刊：研究菌群-饮食-宿主互作的人源化小鼠模型

肠道菌群通过与饮食成分互作，影响宿主代谢，但由于饮食和菌群的复杂性，研究菌群-饮食-宿主互作存在比较大的挑战。《Cell Reports》发表的一项最新研究，建立了一种简化的人肠道菌群小鼠模型，并用该模型分析了膳食纤维、饱和脂肪和蔗糖对肠道菌群的影响，以及菌群-饮食互作对血液代谢物和宿主代谢的具体影响，对于研究菌群内互作和菌群-饮食-宿主代谢互作都很有参考价值。

小鼠模型饮食-菌群-宿主互作 microbiota Diet Transcriptome

β-甘露聚糖

Nature子刊：β-甘露聚糖的主力分解者Roseburia intestinalis

β-甘露聚糖广泛分布于植物性食物中。《Nature Communications》近期发表研究，应用多组学和酶学发现了并证实了罗氏弧菌Roseburia intestinalis在分解β-甘露聚糖中的主导作用，提示β-甘露聚糖有望用于靶向性促进有益细菌的生长，对开发膳食干预手段、益生菌和益生元产品均有参考价值。

β-甘露聚糖蛋白组学转录组学 Roseburia intestinalis β-甘露聚糖

胰腺癌

Nature Reviews：胰腺癌的分子亚型（综述）

胰腺癌（主要指胰腺导管腺癌）是死亡率最高的癌症之一。越来越多的证据显示，基于遗传和基因表达等分子特征的分类方法，可更为准确的揭示不同胰腺癌亚型背后的生物学机制、指导制定治疗策略。《Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology》近期发表的综述对相关研究进展进行了详细回顾，值得专业人士参考。

胰腺癌分子亚型分子标志物肿瘤遗传学转录组学

转录组学

CML干细胞的分子特征：单细胞转录组

① 开发对相同的单一细胞进行联合高敏感性突变检测和全转录组的分析方法；② 对来自慢性粒细胞白血病（CML）患者疾病全程样本，分析超过2,000 SCs，揭示CML-SCs的异质性，包括鉴定出在长期治疗过程中选择性持续存在的具有不同分子特征的CML-SCs亚群；③ 鉴定出白血病急性发作特异性SC群，在患者慢性期存在的CML-SCs亚克隆，这些患者最终发展为白血病急性发作；④ 该方法，可应用于任何的恶性肿瘤，阐明单细胞分析如何鉴定治疗耐药SC的亚群。

转录组学肿瘤内异质性肿瘤干细胞(SC) 白血病急性发作