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文章数：6篇

长读长测序

LoopSeq：合成长读长的超准确微生物扩增子测序

长读长测序提供了识别更广泛的物种和区分种内菌株的潜力，但在复杂的宏基因组中获得足够的准确性仍然具有挑战。本文展示了如何使用短读长测序仪生成长度和准确性相结合的微生物DNA读长的方法LoopSeq。作者描述并分析验证 LoopSeq，这是一种商用的合成长读长(SLR)测序技术，其利用了已经广泛可用的短读长测序仪，它可从标准短读长生成高度准确的长读长。使用标准短读长测序仪生成准确和菌群测序长读长的能力将加速高质量微生物序列数据库的构建，并消除精确微生物基因组学道路上的一个重大障碍。

长读长测序菌株物种水平精确微生物基因组学短读长测序仪

香港城市大学：宏基因组菌株分析的新算法

鸟枪法宏基因组测序使我们能够实际分析菌群中的菌株。然而，由于菌株之间的序列高度相似，目前的方法还不完善。作者发现可以通过基因型频率推测在同一单核苷酸变异（SNV）基因座处的菌株基因型，以及相同读长覆盖的不同基因座中的变异可以提供证据，证明它们存在于同一菌株上。基于此作者设计了PStrain算法，可以根据基因型频率和覆盖多个SNV基因座的读长从鸟枪法宏基因组测中迭代地推断菌株。

菌株鸟枪法宏基因组测序基因型频率大肠癌肠道菌群单核苷酸变异（SNV）

种内多样性

Nature Reviews：定义微生物组的种内多样性-菌株（综述）

传统意义上，研究种内变异仅限于可培养的细菌分离株和低分辨率微生物群落指纹图谱。宏基因组测序技术的进步使不依赖于培养的、高分辨率菌株和亚种的分析在高通量和复杂环境下成为可能。这具有巨大的科学前景，但也导致了描述亚种间变异的大量方法和术语。来自EMBL引用超20万的超级大牛Peer Bork撰写了本综述，旨在通过关注微生物学背景下细菌和古细菌物种内的多样性来阐明这些进展。本研究涵盖了与种群遗传学相关的基本微进化概念，并总结了如着重利用宏基因组学在微生物群落中直接研究和分类物种内的变异。文章还描述了如何使用宏基因组学数据实现种内变异的常见应用。本文为指导研究人员选择合适的术语和分析方法，以方便从日益增多可用的、高分辨率微生物组基因测序数据中获益提供便利。

种内多样性宏基因组种内变异菌株亚种

Cell：细菌“好朋友”帮助植物抵御真菌危害

细菌，真菌和卵菌分别产生于约 35，10 和 5 亿年前，并且在陆生植物出现 (约4.5亿年前) 之前就在土壤中共存和相互作用。Cell 上的一项研究中综合使用菌群网络分析（含3个地区中的土壤微生物群落）、菌群构建（含148种细菌、34种真菌和8种卵菌）和体外大规模互作实验（2862对互作）确定，根际细菌才是拟南芥的“好朋友”，帮助拟南芥应对真菌的危害。

种间互作根际菌群 bacteria Fungi microbe-microbe interactions

饮食与健康

赵立平等：如何解析肠道菌群在饮食与健康中的作用

来自赵立平和团队的评论文章在Genome Medicine发表，该文针对如何在饮食、肠道菌群和健康之间建立因果联系，提出了一个概念性框架，强调了功能群和关键菌株的重要性，并指出用饮食和营养来影响菌群以改善人体健康，将成为疾病防治的新核心。这些观点对菌群、营养和临床研究均有参考价值，值得关注。

饮食与健康肠道菌群功能群菌株宿主-微生物互作

菌株水平分析

TR：如何挖掘人类微生物组的更精确特征？（综述）

一篇重要的综述，对量化菌株组成和变化，检测和鉴定稀有微生物物种，链接特定基因到单个类群，并更精确鉴定微生物组功能和动力学的各种方法学进行详细介绍，必读！

菌株水平分析菌株高分辨率特征 Yuhui Li Yehao Liu