物种水平

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物种水平

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全宏基因组测序

黄适+徐健+王师：2bRAD-M实现对低生物量或降解菌群进行种水平测序

中科院青岛能源所黄适和徐健与中国海洋大学王师作为共同通讯作者，近期在Genome Biology发表研究。为了克服传统宏基因组测序方法的瓶颈，作者开发了一种新的宏基因组学方法 (2bRAD-M)，该方法可以经济高效地为具有挑战性的低生物量、高宿主污染和降解的菌群样本生成准确、种水平的物种分类图谱。对模拟数据集、模拟菌群和实际菌群样本的测试表明2bRAD-M 通过仅对约 1% 的基因组进行测序，准确地为仅包含 1 pg 总 DNA、99% 宿主 DNA 污染或由高度降解的片段组成的仅 50 bp 长度的样本生成种水平的物种分类图谱 . 此外，它可以准确地为真实的粪便、皮肤、环境表面和福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE)样本重建细菌、古细菌和真菌的全面、物种水平的图谱，2bRAD-M 极大地扩展了我们在具有挑战性的环境中进行菌群研究的机会。

全宏基因组测序菌群样本物种水平微生物图谱高宿主污染

长读长测序

LoopSeq：合成长读长的超准确微生物扩增子测序

长读长测序提供了识别更广泛的物种和区分种内菌株的潜力，但在复杂的宏基因组中获得足够的准确性仍然具有挑战。本文展示了如何使用短读长测序仪生成长度和准确性相结合的微生物DNA读长的方法LoopSeq。作者描述并分析验证 LoopSeq，这是一种商用的合成长读长(SLR)测序技术，其利用了已经广泛可用的短读长测序仪，它可从标准短读长生成高度准确的长读长。使用标准短读长测序仪生成准确和菌群测序长读长的能力将加速高质量微生物序列数据库的构建，并消除精确微生物基因组学道路上的一个重大障碍。

长读长测序菌株物种水平精确微生物基因组学短读长测序仪