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全宏基因组测序

黄适+徐健+王师：2bRAD-M实现对低生物量或降解菌群进行种水平测序

中科院青岛能源所黄适和徐健与中国海洋大学王师作为共同通讯作者，近期在Genome Biology发表研究。为了克服传统宏基因组测序方法的瓶颈，作者开发了一种新的宏基因组学方法 (2bRAD-M)，该方法可以经济高效地为具有挑战性的低生物量、高宿主污染和降解的菌群样本生成准确、种水平的物种分类图谱。对模拟数据集、模拟菌群和实际菌群样本的测试表明2bRAD-M 通过仅对约 1% 的基因组进行测序，准确地为仅包含 1 pg 总 DNA、99% 宿主 DNA 污染或由高度降解的片段组成的仅 50 bp 长度的样本生成种水平的物种分类图谱 . 此外，它可以准确地为真实的粪便、皮肤、环境表面和福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE)样本重建细菌、古细菌和真菌的全面、物种水平的图谱，2bRAD-M 极大地扩展了我们在具有挑战性的环境中进行菌群研究的机会。

全宏基因组测序菌群样本物种水平微生物图谱高宿主污染