全宏基因组测序

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全宏基因组测序

黄适+徐健+王师：2bRAD-M实现对低生物量或降解菌群进行种水平测序

中科院青岛能源所黄适和徐健与中国海洋大学王师作为共同通讯作者，近期在Genome Biology发表研究。为了克服传统宏基因组测序方法的瓶颈，作者开发了一种新的宏基因组学方法 (2bRAD-M)，该方法可以经济高效地为具有挑战性的低生物量、高宿主污染和降解的菌群样本生成准确、种水平的物种分类图谱。对模拟数据集、模拟菌群和实际菌群样本的测试表明2bRAD-M 通过仅对约 1% 的基因组进行测序，准确地为仅包含 1 pg 总 DNA、99% 宿主 DNA 污染或由高度降解的片段组成的仅 50 bp 长度的样本生成种水平的物种分类图谱 . 此外，它可以准确地为真实的粪便、皮肤、环境表面和福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE)样本重建细菌、古细菌和真菌的全面、物种水平的图谱，2bRAD-M 极大地扩展了我们在具有挑战性的环境中进行菌群研究的机会。

全宏基因组测序菌群样本物种水平微生物图谱高宿主污染

EukDetect：基于宏基因组测序准确灵敏地检测真核微生物

在包括宿主相关菌群在内的自然微生物系统中，真核微生物会随着细菌和古细菌一起被发现。尽管真核微生物对这些群落至关重要，但使用鸟枪法测序技术研究它们仍具有挑战性，因此经常被排除在外。本文介绍了EukDetect，一种生物信息学方法，可在鸟枪法宏基因组测序数据中识别真核生物。EukDetect具有广泛的真核微生物分类学范围，在低丰度和近缘种上表现良好，并且对真核生物基因组中的细菌污染具有抵抗力。EukDetect提供了一种自动可靠的方法来表征来自各种菌群的鸟枪测序数据集中的真核生物。作者证明了它使使用标准鸟枪测序分析时会被假阳性所遗漏或掩盖的发现成为可能。EukDetect将极大地促进我们对真核微生物如何贡献于菌群的理解。

真菌原生生物藻类线虫节肢动物