Fungi

菌群-免疫互作研究论文基础研究啮齿动物（小鼠）放疗

人体菌群培养 culture strategies Human microbiota bacteria Archaea

呼吸道细菌与慢性阻塞性肺病（COPD）患者的疾病严重程度、恶化及死亡相关，但真菌与COPD的关联尚未明确。European Respiratory Journal上发表的一项队列研究结果，对比分析了COPD患者（337名稳定期、66名恶化期）及健康对照（47名）的呼吸道真菌群的多样性及组成，发现呼吸道真菌群中的特定菌属与COPD的频繁恶化及高死亡率相关。而纵向研究结果显示，COPD恶化期间，较低的呼吸道真菌多样性与较高的2年死亡率相关。

慢性阻塞性肺病（COPD） COPD Mycobiome Fungi mortality

肠道屏障

Cell：巨噬细胞如何保护肠上皮免受真菌荼毒？

结肠中包含大量的肠道微生物，同时也是吸收液体的主要器官。肠道菌群中的真菌产生的一些有毒代谢物会损伤肠上皮功能，因此结肠对于液体的吸收必须受到严格的调控，来避免吸收有毒的真菌代谢物。Cell最新发表的一项研究，揭示了巨噬细胞在维护结肠上皮-菌群互作中的一种新作用。该研究表明，远端结肠中存在一群特殊的巨噬细胞，能向肠上皮伸出气球样的突出物，这些突出物能“检查”肠上皮吸收的液体，在检测到真菌毒素富集时，叫停肠上皮的液体吸收功能，从而保护肠上皮免受真菌毒素的荼毒。

肠道屏障 Macrophages Gut epithelium integrity Fungi

真菌群

一图读懂：真菌群在营养与代谢健康中的作用（综述）

发表在Annual Review of Nutrition上的综述性文章，从新生儿到整个生命历程的角度，探究了肠道真菌群随着生命进程的演变、在此过程中受到的调节以及对机体营养和代谢产生的影响。肠道真菌受膳食调节，可以与肠道细菌相互作用，参与机体免疫、生理的调控，而且一些膳食来源的真菌所产生的毒素，可以直接对机体造成危害。真菌参与代谢、疾病调节的相关机制和代谢标志物是未来研究的方向。

真菌群 Mycobiota early life Nutrition Metabolism

抗生素抗性组

中科院朱永官团队：家庭灰尘中的微生物组是不应被忽视的抗生素耐药基因来源

中国科学院城市环境研究所和生态环境研究中心朱永官院士及团队在Environment International 发表的文章，调查了北京82个家庭落尘样本中的细菌和真菌群组成及其抗生素抗性组，研究结果令人警醒。

抗生素抗性组环境微生物组 Microbial diversity Geographical distribution bacteria

菌群-免疫互作

Cell子刊：实验室小鼠“野生化”后的免疫应答变化与真菌定殖相关

自然环境中的野生小鼠与人工饲养的实验室小鼠表现出更高的免疫激活能力，部分可归因于微生物的暴露。Cell Host and Microbe上发表的一项最新研究，发现将实验室小鼠释放至自然环境中“野生化”后，可增强T细胞活化并增加循环粒细胞数量，而“野生化”后的真菌定殖增加可能导致了相关的免疫系统变化。

菌群-免疫互作 Granulocytes Mycobiota microbiota Fungi

分类

中科院微生物所联合70位学者共同修订真菌界担子菌门分类系统

中国科学院微生物研究所为第一单位，联合培养博士生贺茂强为第一作者，赵瑞琳研究员为唯一通讯作者，联合国内外70位作者，于2019年11月发表于Fungal Diversity的文章，其集结了近十年来担子菌门分类研究的新进展，在多基因及基因组层面对整个门的系统发育关系进行了梳理，并估算了担子菌门内亚门、纲、目、科的演化时间范围，还对担子菌门中的已知3198个属名进行梳理，通过3000余篇文献查阅结合本研究结果认定其中1261个异名或不合格发表名称，1928个为合法属名，并将这些合法属依次归入所属科、目、纲和亚门，并且整理提供了每个合法属的各类信息包括分类地位、物种数、模式种、生活类型、生境、分布地、DNA数据以及系统发育等，进一步完善分类系统的各类信息。

分类分子钟真菌系统分类学物种分类

Antibiotic

定制益生菌可代替抗生素调节家禽菌群

mBio最近的一项研究发现，精心挑选的针对宿主的定制益生菌混合补充剂，要比非定制益生菌混合补充剂能更有效的调节商业火鸡菌群，改善火鸡品质，并且这种作用类似于低剂量抗生素。暗示利用定制益生菌干预的方法或可替代低剂量抗生素，调节禽类宿主性能及菌群结构。

Antibiotic bacteria Fungi Host microbiota

哮喘

哮喘患者的呼吸道菌群

Journal of Allergy and Clinical Immunology上发表的一项最新研究，对比了哮喘患者与健康人的呼吸道菌群（包括真菌与细菌）的差异，并分析了呼吸道菌群组成及多样性与哮喘表型之间的关联。

哮喘 16S ribosomal RNA FEV1 Airway inflammation Asthma

土壤菌群

综述：捕食在调节土壤微生物组中的重要作用

土壤微生物组调节重要的生态系统功能，然而我们才刚刚开始了解调节土壤微生物组的因素。当前，捕食在推动土壤微生物组结构和功能方面的作用仍未得到足够重视。在这里，作者回顾对土壤中微生物捕食者如何影响和塑造土壤微生物组的群落结构和功能。最后，作者强调土壤微生物组的结构和功能取决于捕食、植物和土壤理化性质之间的相互作用。

土壤菌群 bacteria climate change food webs Fungi

酒精性肝病

靶向肠道菌群治疗酒精性肝病（综述）

Journal of Hepatology上发表的一篇综述文章，详细介绍了在酒精性肝病中，肠道菌群所起的重要作用，并讨论了以肠道菌群为靶点治疗酒精性肝病的潜在可能。

酒精性肝病 bacterial translocation Dysbiosis Fungi Innate immune system

微生物组多样性

微生物组跨域及与病毒的互作（综述）

尽管热心肠日报一般将Microbiome译为菌群，但是我们知道微生物组的成分不仅仅只有菌。它的主要成员是细菌，但同时还包括真菌、古菌、病毒和一些可能的真核生物。作为一个整体，它们共同影响宿主的健康和行为。因此，认识它们之间的相互作用具有重要意义。Microbiology and Molecular Biology Reviews 综述600篇参考文献，告诉你想知道的一切。总体上，人体微生物组(包括肠道、口腔、女性阴道和皮肤等)的量级估计为10^13-10^14个细菌，10^12-10^13个真菌，0-10^4蠕虫和10^14-10^15病毒。细菌主要是厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门、放线菌门和疣微菌门的微生物；真菌主要是子囊菌门和担子菌门；病毒主要是有尾噬菌体、微小噬菌体和一些宿主病毒；蠕虫则包括吸虫、线虫和绦虫等。

微生物组多样性人体微生物组种间互作 Archaea bacteria

肠-肺轴

Cell子刊：肠道真菌失调加剧过敏性气道疾病的肠-肺轴机制

肠道中的真菌能影响粘膜免疫，但是对于其它器官的影响仍待阐释。Cell Host and Microbe发表的最新研究表明，肠道常驻的CX3CR1+单核吞噬细胞可感知肠道真菌失调，加剧模型小鼠的过敏性气道疾病，为肠道真菌影响其它身体部位的免疫，提供了一种机制。

肠-肺轴 mycobiota dysbiosis Mycobiome Fungi gut-lung axis

种间互作

Cell：细菌“好朋友”帮助植物抵御真菌危害

细菌，真菌和卵菌分别产生于约 35，10 和 5 亿年前，并且在陆生植物出现 (约4.5亿年前) 之前就在土壤中共存和相互作用。Cell 上的一项研究中综合使用菌群网络分析（含3个地区中的土壤微生物群落）、菌群构建（含148种细菌、34种真菌和8种卵菌）和体外大规模互作实验（2862对互作）确定，根际细菌才是拟南芥的“好朋友”，帮助拟南芥应对真菌的危害。

种间互作根际菌群 bacteria Fungi microbe-microbe interactions

天然产物

综述：生物合成真菌天然产物的研究进展

真菌天然产物在制药和保健品行业具有重要应用价值。Trends in Biotechnology上的一篇综述总结了当前研究中的进展，值得专业人士参考。

天然产物真菌 biomolecular engineering Biotechnology combinatorial biosynthesis

建筑环境菌群

建筑环境微生物学对健康与设计的启示——NCSE研讨会报告

现代社会中，建筑环境中的菌群可对人体健康产生持续性的长期影响。Microbiome近期发表了美国国家科学与环境委员会（NCSE）2017年“建筑环境微生物学：对健康与设计的启示”研讨会的报告，主要涉及几方面的研究与政策转化问题：室内微生物与儿童哮喘、医院设计对新生儿的影响、建筑管道系统内的菌群、抗生素耐药性和定量微生物风险评估等，值得专业人士关注和参考。

建筑环境菌群 antibiotic resistance bacteria Design Exposure

肠杆菌科

肠杆菌科帮助真菌调节小鼠的结肠炎

C. albicans Colitis Enterobacteriaceae Fungi microbiota

食药用真菌

【安全观察】膳食补充剂中的真菌成分，安全性怎么看

① 膳食补充剂中常见的食药用真菌的安全性并没有得到充分论证；② 本文介绍5种关键评价手段：ITS区基因测序（ITS条码）；基于现有真菌代谢产物数据库，评估真菌原料提取物成分；通过仪器分析与市售菌类比对成分；综述毒理及化学文献；评估市场数据；③ 用上述方法评估七种真菌原料的食用安全性。④ 结果表明该方法可有效替代传统毒理学动物研究，为膳食补充剂的真菌原料提供安全性证据。

食药用真菌安全性膳食补充剂毒理信息学 Barcoding