Dysbiosis

口-肠轴 oral–gut axis Periodontitis Dysbiosis Inflammation

尽管长期以来肠道微生物一直被认为是了解宿主健康的基石，但肠道病毒组研究的领域是最近出现的。然而，肠道病毒体在人类中的功能作用在很大程度上尚不清楚。中山大学附属第六医院的左涛近期在Nature Reviews Microbiology发表评论文章，探讨了肠道病毒组里程碑意义的一些发现，这些具有里程碑意义的研究在机制上建立了肠道噬菌体和生物体水平上的哺乳动物免疫之间的直接功能关联。它为未来探索肠道噬菌体在真核哺乳动物宿主中的作用，特别是在疾病环境中奠定了研究的基础，并将为如何使用量身定制的噬菌体治疗慢性疾病提供理论基础。

肠道噬菌体宿主免疫尾病毒目噬菌体溃疡性结肠炎肠道病毒组

粪菌移植

赵方庆+张发明：提高FMT疗效，如何选择供-受体配对？

粪菌移植 enterotype Fecal microbiota transplantation Gut microbiota washed microbiota transplantation

药物递送系统

朱书+王育才Nature子刊：新型口服递送载体，防止抗生素“误伤”肠道菌群

抗生素是人们应对细菌感染的有效武器，然而，频繁使用口服抗生素可引起肠道菌群失调，菌群多样性丧失，从而增加多种疾病风险以及耐药细菌的出现。如何能够避免抗生素对正常肠道菌群的“误伤”，是亟需解决的重大课题。Nature Biomedical Engineering最新发表了来自中国科学技术大学生命科学与医学部朱书教授与王育才教授团队的研究成果，设计合成了一种新型口服递送载体，并在小鼠中证实这种载体能促进抗生素在小肠中高效吸收，增强药物疗效，有效防止抗生素进入大肠，大大降低对肠道菌群的破坏作用以及由此造成的疾病风险和抗生素耐药基因的积累。该成果具有很强的转化前景，期待早日实现临床应用。

药物递送系统 antibiotics Dysbiosis Nanoparticles 抗生素

菌群-免疫互作

江南大学孙嘉：调节肠道抗菌肽改善菌群，或能预防1型糖尿病

菌群-免疫互作研究论文基础研究啮齿动物（小鼠）抗菌肽

高血糖

Cell子刊：高血糖影响肠道菌群结构和功能

抗生素可以影响肠道菌群的结构和功能。但是，宿主和菌群代谢对抗生素的敏感性尚不可知。本文使用链脲佐剂诱导的高血糖模型，结合宏基因组、元转录组和代谢组学方法分析微生物代谢与抗生素易感性的相互作用。研究结果显示，链脲佐剂诱导的高血糖（HG）可以引起盲肠内代谢物的变化、影响肠道菌群的结构和功能。本文也初步启示，高血糖足以引起盲肠代谢物变化，加剧抗生素带来的微生态失调，降低定殖抗性。

高血糖 antibiotics Dysbiosis hyperglycemia metabolomics

上呼吸道菌群

国内团队：COVID-19感染导致儿童上呼吸道和肠道菌群持续失衡

与成人相比，儿童对新冠病毒（SARS-CoV-2）相对不易感，感染SARS-CoV-2是否以及如何影响儿童的菌群目前尚不清楚。2021年5月29日，JGG在线发表了JGG在线发表了复旦大学附属上海市公共卫生临床中心张驰宇教授、云南大学张志刚研究员和复旦大学附属儿科医院徐锦研究员的研究论文。该研究报道了COVID-19感染引起儿童上呼吸道和肠道菌群的持续扰动和失衡。该研究针对9个新冠感染儿童的上呼吸道和肠道菌群的动态演化进行了持续近2个月的观测和分析，包括急性、中间和恢复期。

上呼吸道菌群肠道菌群生态失调儿童 SARS-CoV-2/COVID-19

IBD

南京大学：IBD患者的口腔菌群失调

南京大学医学院汪芳裕团队在Genomics上发表文章，发现唾液菌群失调参与了IBD的发生，口腔菌群或可为IBD的无创性诊断提供一定的参考依据。

IBD 16S rRNA sequencing Oral microbiota Dysbiosis INFLAMMATORY BOWEL DISEASE

COVID-19

通过保持社交距离来控制新冠可能是一把双刃剑？

全球各国均采取了许多卫生措施来控制新冠肺炎流行。来自mSphere上发表的一篇Perspective提出了一种新的观点，认为保持社交距离等卫生措施虽然能够有效地控制新冠病毒的传播，并减少抗生素耐药细菌的传播，但可能破坏人与人之间的菌群共享，而与之相关的菌群失调可能影响各类疾病的易感性及新冠肺炎患者的预后。未来的研究中，需要同时考虑对新冠肺炎流行的控制以及人体菌群的多样性。

COVID-19 Microbiome social distancing person-to-person transmission Dysbiosis

人类肠道病毒组

Cell子刊：研究人肠道病毒组的重要新资源

目前关于人肠道病毒组的研究至少发表了32项，但不同研究之间存在不一致的结果。Cell Host and Microbe发表的一项新研究中，美国俄亥俄州立大学的研究者对这32项研究的数据进行了整合，构建了一个系统性的人肠道病毒组数据库，用其评估了这些研究的偏倚性和不同研究方法对病毒数据的影响，并分析了人一生中的病毒组演变规律。该研究为今后的肠道病毒组研究提供了重要资源。

人类肠道病毒组 gut microbiome Virome database Bacteriophage

黏蛋白

Muc2粘蛋白维持菌群平衡，调控宿主先天防御

肠道MUC2粘蛋白和微生物多样性的变化与重要的肠道病理学密切相关，但它们之间的相互影响及其对肠道病理的影响仍不清楚。CMGH Cellular and Molecular Gastroenterology and Hepatolog发表的文章，发现Muc2缺陷小鼠菌群发生变化，导致低级别结肠炎，且菌群移植可导致野生型小鼠结肠炎加剧。揭示出Muc2粘蛋白能够维持健康的肠道菌群，调控宿主先天免疫，促进肠道稳态。

黏蛋白 Muc2 microbiota Colitis Dysbiosis

IBD

中山大学：菌群在IBD中的作用（综述）

肠道菌群失调与炎症性肠病（IBD）的因果关联尚未被完全证实，但许多研究发现，至少部分菌群变化是IBD的起因或在IBD中起保护性作用。中山大学附属第六医院的牟相宇、兰平与团队在Protein & Cell上发表的一篇综述文章，详细介绍了在IBD中起到潜在保护性作用的细菌物种、细菌产物及相关通路，以及可能促进IBD发生发展的细菌物种、细菌产物及相关通路，同时总结了IBD相关的肠道真菌及病毒变化，最后讨论了通过调控菌群治疗IBD的潜在可能。

IBD INFLAMMATORY BOWEL DISEASE Pathogenesis Etiology Microbiome

酒精性肝病

人群研究揭示肠-肝脏轴在酒精性肝病进展中的作用

Gut Microbes近期发表的文章，在人群中发现进展性酒精性肝病的疾病早期阶段就与十二指肠粘膜菌群失调和微生物易位升高具有相关性。部分AUD患者的肠通透性增加，但肠道通透性增加与十二指肠粘膜菌群失调和微生物易位升高无关，与粪便微生物失调有关。

酒精性肝病 Alcohol liver disease Dysbiosis microbiota

肠道炎症

肠杆菌科抑制皮质酮产生以促进炎症应答

肠道炎症 Escherichia Coli 5-FU mucositis Corticosterone

炎症性肠病

Cell：牙周炎“坏细菌”加剧肠道炎症的双重机制

越来越多的研究显示，口腔中的致病共生菌可能是一些疾病（特别是肠道疾病）的重要诱因和帮凶。《Cell》最新发表的一项研究发现，牙周炎导致的口腔致病共生菌增多，能加剧结肠炎。一方面，这些“坏细菌”在口腔炎症时大量积累，可移位到发炎的肠道中定植下来，直接增加肠道的炎症反应；另一方面，牙周炎发生时，这些菌还能通过诱导能迁移至肠道的致病性Th17细胞，来间接加剧肠道炎症。这些发现说明，口腔和肠道在菌群和免疫两个层面上都是紧密相连的，保护肠道健康一定不能忽视口腔健康。

炎症性肠病口腔菌群 INFLAMMATORY BOWEL DISEASE Periodontitis microbiota

粪便病毒组移植

粪便病毒组移植的前景与局限（综述）

噬菌体是粪便病毒组的主要成员，能感染细菌，进而操纵肠道菌群，影响人体健康。FEMS Microbiology Reviews近期发表的一篇综述，讨论了用无菌过滤的供体粪便(含病毒、代谢物和细胞碎片，但不含完整的细菌细胞)替代FMT进行干预，对治疗IBD（炎症性肠病）、肥胖症和2型糖尿病等疾病的可能性，并阐述了噬菌体是如何通过FVT在肠道微生物组中发挥关键作用的。最后，文章还指出了未来使用FVT干预时应考虑的因素及安全隐患。值得一读！

粪便病毒组移植 gut microbiome Bacteriophages phage therapy fecal virome transplantation

COVID-19

浙江大学李兰娟团队：绘制COVID-19和H1N1流感病毒患者的肠道菌群变化图谱

浙江大学李兰娟院士团队在Clinical Infectious Diseases发表文章，在中国人群中鉴定出COVID-19、H1N1流感病毒患者和健康对照的特异性粪便菌群特征，为肠道菌群干预提供理论基础。

COVID-19 H1N1 COVID-19 H1N1 Intestinal Microbiota

微生物组药物

菌群药物SER-109的2期临床结果

Seres Therapeutics公司开发的菌群药物SER-109，是从健康人类供体中纯化的细菌孢子制剂，已进入治疗复发性艰难梭菌感染的临床研究阶段，在1期临床的开放性研究中可降低艰难梭菌感染的复发率。然而，《Clinical Infectious Diseases》上报道的2期双盲临床试验结果表明，该药物在并未能够显著降低患者的复发率，虽然在特定人群中（65岁以上），该药物表现出了显著的疗效。进一步分析发现，2期临床结果不理想的原因可能是剂量并未达到最优，在未来的3期临床试验中可能需要更高的剂量。

微生物组药物 Clostridioides difficile infection Microbiome Dysbiosis Fecal microbiota transplantation

克罗恩病

Nature Reviews：一文读懂克罗恩病（综述）

克罗恩病（CD）是一种以胃肠道慢性炎症为特征的IBD，近年来全球范围内的CD发病率不断提升。Nature Reviews Disease Primers上发表的一篇综述文章，详细阐述了CD的风险因素、发病机制及临床表现，并对CD的诊断、治疗、预后监测及管理进行了介绍，同时展望了未来应如何综合各种预后因素及监测方式对CD患者进行个性化管理。

克罗恩病 CROHN'S DISEASE Dysbiosis gastrointestinal diseases 克罗恩病

结肠憩室病

Nature Reviews：一文读懂结肠憩室病

Nature Reviews Disease Primers上发表的一篇综述文章，详细介绍了结肠憩室病的流行病学数据、风险因素、发病机制、诊断/筛查/预防方法、现有及潜在的治疗手段。

结肠憩室病 colon Colonic diseases Dysbiosis gastrointestinal diseases

动脉粥样硬化

抗生素改变肠道菌群代谢功能并促进动脉粥样硬化

肠道菌群代谢产物在心血管代谢疾病的发病中发挥重要作用，长期使用抗生素是动脉粥样硬化的风险因素之一。Molecular Metabolism上发表的一项最新研究，在载脂蛋白E敲除小鼠中发现，抗生素处理可促进动脉粥样硬化的发展，这与抗生素诱导的肠道菌群组成及代谢功能变化相关，而动脉粥样硬化患者与抗生素诱导的动脉粥样硬化小鼠模型有着相似的代谢组及肠道菌群特征。

动脉粥样硬化 atherosclerosis antibiotics Gut microbiota Dysbiosis

Toll样受体

Nature Reviews：上皮TLR信号通路调控肠道稳态（综述）

肠道上皮细胞在宿主及肠道菌群之间提供了一层物理及免疫屏障，肠道上皮细胞中表达的Toll样受体（TLR）可识别菌群并参与肠道稳态的调控。Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology上发表的一篇综述文章，详细介绍了不同肠道上皮细胞谱系的TLR的表达、调节及功能，以及TLR信号通路在调控肠道干细胞的增殖与凋亡、肠道屏障功能完整性、针对共生菌群的免疫耐受及肠道上皮损伤修复中发挥的重要作用，最后讨论了TLR活化失调可能引起菌群失调，从而导致结肠炎及肿瘤发生的易感性增加的机制。

Toll样受体 Dysbiosis microbiota Toll-like receptors Toll样受体

非酒精性脂肪肝病（NAFLD）

NAFLD驱动慢性肾脏疾病（综述）

发表在《Journal of Hepatology》上的综述性文章。其通过分析现有研究证据表明，NAFLD和CKD具有相关性；进一步分析，NAFLD主要通过加速动脉血栓形成带来肾脏疾病；最后指出多用来预测NAFLD的PNPLA3基因多态性，或可以用于CKD的检测。文章也指出一些研究存在的弊端：比如并不能确定NAFLD的恶化是否加剧CKD？NAFLD具体与哪种CKD相关？这里的肾脏疾病并没有通过活体检验等等。更合理的前瞻性和干预性人群研究被需要。

非酒精性脂肪肝病（NAFLD）慢性肾脏病 adipose tissue CKD Dysbiosis

肝癌

肠道微生物在肝癌中的作用（综述）

肝细胞癌（HCC）是全球癌症死亡的第三大原因，最新发表在Journal of Hepatology的综述文章回顾了肠道微生物在HCC中的作用。讨论了肠-肝轴在小鼠模型和患者中促进HCC发展的机制，包括生态失调、肠道渗漏和细菌代谢物，并特别关注非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）作为HCC发展最快的诱因。此外，还回顾了近年来利用肠道菌群作为肝癌患者潜在的诊断工具和新的治疗靶点的研究进展，特别是在免疫治疗方面。

肝癌 liver cancer Dysbiosis checkpoint inhibitor antibiotics

肠道菌群与疾病

Cell：肠道菌群与人类疾病间的因果关系被夸大（观点）

人源菌群鼠模型（HMA）是体内植入人体肠道/粪便菌群的无菌鼠类模型，为目前研究肠道菌群和疾病之间因果关系的主流手段。现有大量使用HMA证明多种诸如炎症、过敏、肿瘤等与肠道菌群成因果关系，但已知在人体中能确定具有因果关系的只有两种：幽门螺旋杆菌导致人患胃癌和艰难梭菌感染导致人腹泻。作者认为啮齿动物无法还原人体，自身生理结构、处所和饮食等都会造成不同结果，因此对该领域的研究结论需谨慎说明。在这里补充原文作者提出的相关建议：1）探索HMA中与疾病相关的菌群变化；2）使用考虑了生物差异性的供体样本量量；3）要将供体的重复组数量考虑进实验设计中；4）不混合供体样本以确保个体间差异；5）确保菌群移植成功，如特定的“失衡”菌群特征是否在受体内出现；6）诚实探讨动物实验不足；7）相关性分析HMA多组学数据和可能的菌群特征后进行功能性实验；

肠道菌群与疾病 causality Chronic disease Dysbiosis Fecal transplant

干燥综合征

干燥综合征中的肠-眼-泪腺-菌群轴（综述）

Ocular Surface上发表的一篇综述文章，详细介绍了干眼症及干燥综合征患者的肠道菌群、口腔菌群及眼表菌群的变化，以及通过动物实验发现的潜在的肠-眼-泪腺-菌群轴，并讨论了通过干预菌群治疗干燥综合征的可能。

干燥综合征 Microbiome Sjögren Syndrome Dysbiosis dry eye

克罗恩病

阿达木单抗改善克罗恩病患者的肠道菌群失调

Journal of Clinical Medicine上发表的一项前瞻性队列研究结果，对20名接受阿达木单抗治疗的克罗恩病患者进行了6个月的跟踪随访，发现对治疗产生应答的患者及炎症水平显著降低的患者，肠道菌群中的特定分类群发生变化，肠道菌群失调有所恢复。

克罗恩病 Bacteroides ovatus Bifidobacterium adolescentis Dysbiosis Faecalibacterium prausnitzii

结直肠癌

肠道菌群与结直肠癌风险的因果分析（综述）

之前的研究已经发现了肠道微生物组元素（包括特异性微生物、信号通路和微生物相关代谢物）与结直肠癌（CRC）风险之间的联系。但目前尚不清楚肠道菌群的改变与CRC发生的因果关系。肠道菌群的改变可以调节或改变环境因素对CRC风险的影响。影响CRC风险的因素也影响肠道菌群，包括超重和肥胖、体育活动、膳食纤维、全谷物、红肉和加工肉类的摄入量等。最近发表在Gastroenterology的综述回顾了微生物组、饮食和环境因素对CRC发生发展的影响的流行病学和实验室证据。基于这些数据，肠道菌群的特征可能被用于CRC的筛查、化学预防和治疗。

结直肠癌 Dysbiosis Colitis fecal microbiota transplant infection

抗生素

Cell子刊：饮食可调节肠道菌群对抗生素的易感性

抗生素对肠道菌群的扰动程度，在不同个体间存在差异。Cell Metabolism发表的一项最新研究表明，抗生素可改变肠道内的代谢环境和菌群的转录应答，代谢环境的改变反过来又影响细菌对抗生素的易感性，因而通过饮食干预来调控肠道代谢，或能用来减少抗生素治疗造成的肠道菌群紊乱。

抗生素 metatranscriptomics metagenomics antibiotics Microbiome

疫苗

用疫苗免疫共生致病菌，防感染、抗肥胖

疫苗 B cell Dysbiosis Microbiome mucosal vaccine