肠型

溃疡性结肠炎是一种影响结肠和直肠的慢性炎症性肠道疾病，其发病机制与遗传背景、环境因素和肠道微生物有关。近日，韩国湖西大学研究人员在Gut Microbes发表最新研究，通过机器学习联合共现网络分析，识别到溃疡性结肠炎的三种肠型（拟杆菌科、毛螺菌科和梭菌科），发现拟杆菌科肠型个体易患UC，其中活泼瘤胃球菌是潜在的危险因素，而内脏臭气杆菌、单形拟杆菌是保护菌，使患有UC的个体肠型转变为梭菌科型，值得关注。

肠型溃疡性结肠炎（UC）研究论文基础研究机器学习

微生物基因组目录

魏辅文+赵方庆等：构建大熊猫高质量肠道微生物组目录

肠道菌群在宿主适应和进化中发挥着重要作用，但在野生哺乳动物自然种群中研究不足。从宏基因组学的角度可进一步探究宿主的适应性进化和加强濒危哺乳动物的保护工作。近日，中科院动物所魏辅文、中科院北京生命科学研究院赵方庆及团队在Microbiome发表最新研究，基于439份大熊猫粪便样本长、短读长测序数据，构建大熊猫高质量肠道微生物组目录（PandaGut），共识别出820个MAGs和237万个独特基因，并构建划分出三种代表性肠型，值得关注。

微生物基因组目录大熊猫研究论文基础研究肠道菌群

肠道真菌

赵兴明+郑琰+陈卫华：人类的4种真菌“肠型”结构

尽管真菌群落仅占整个人类肠道菌群的不到1%，但已有相关研究证明他们参与了许多人类疾病的发病过程。复旦大学类脑智能科学与技术研究院赵兴明教授、人类表型组研究院郑琰研究员，以及华中科技大学的陈卫华教授在Microbiome上发表了题为Enterotypes of the human gut mycobiome的研究论文。此研究揭示了肠道真菌组成高度结构化的性质，并发现其与宿主表型之间的紧密相关性。

肠道真菌肠型有氧呼吸衰老多样性

血液恶性肿瘤

Cell子刊：循环T细胞谱与血液恶性肿瘤复发的肠型特征相关

异基因造血干细胞移植后使用阿奇霉素会增加血液系统恶性肿瘤的复发率。Cell Host and Microbe近期发表的文章，对异基因造血干细胞移植后接受阿奇霉素或安慰剂治疗的患者进行分析，鉴定出阿奇霉素和肿瘤复发相关的肠道细菌、代谢产物和噬菌体的特定网络。并且发现肠型和菌群分类群与血浆代谢组和循环免疫细胞的功能谱相关。

血液恶性肿瘤循环T细胞肠型

肠型

如何做好体重管理，需要先看菌群肠型？

肠道菌群可能影响宿主的能量平衡，并且肥胖相关的肠道微生物通过增加从饮食中获取能量的能力进而影响宿主的生理状况。近日，丹麦哥本哈根大学研究人员在Microbiome发表最新研究，通过85名超重成年人探究其肠菌能量提取（借助粪便能量密度反映）与肠道转运时间和菌群结构间的关联，发现肠道菌群能量获取因肠道转运时间和肠型变化在个体间呈现多样化，相比其他两个肠型，拟杆菌肠型粪便能量密度较低、肠道转运时间较短、并且菌群a多样性和体重明显较低。总之，该研究为未来开发个性化营养和改善减肥策略提供了新支撑。

肠型体重管理研究论文基础研究粪便能量密度

药物反应

国内团队：肠道菌群可预测类风湿关节炎患者对甲氨蝶呤的应答

山西医科大学第二医院的李小峰团队在Rheumatology上发表的一项队列研究结果，在类风湿关节炎患者中发现，以普氏菌属为主的肠型与患者对甲氨蝶呤治疗的临床应答相关。

药物反应菌群-药物互作研究论文队列研究甲氨蝶呤

粪菌移植

赵方庆+张发明：提高FMT疗效，如何选择供-受体配对？

粪菌移植 enterotype Fecal microbiota transplantation Gut microbiota washed microbiota transplantation

肠道菌群

粪便菌群与小肠和大肠的肠道运输时间有关

Gut上发表的一篇letter，报道了人体BMI和肠道生理情况（小肠和大肠的运输时间、小肠pH等）与粪便菌群组成的关联。

肠道菌群肠型

婴儿肠道菌群

王金锋+赵方庆：婴儿肠道菌群的肠型和演变模式

生命早期的肠道菌群伴随着婴儿的成长发育而不断演变和成熟，一般到3岁时趋于稳定变得类似成人。Genome Biology最新发表了中科院北京生命科学研究院王金锋、赵方庆与团队的研究成果，通过对全球近2000名婴儿的近1.4万个肠道菌群数据进行大规模的深入分析，揭示了婴儿的肠型划分及其转变的规律，对于研究生命早期的肠道菌群发育模式有重要参考价值。

婴儿肠道菌群肠型

饮食-菌群-宿主互作

饮食、肥胖和肠道菌群的互作，以及对猴子代谢健康的影响

肠道菌群受饮食和肥胖的影响，而肥胖本身又与饮食有关。Microbiome近期发表的一项研究在猴子中分析了菌群、饮食和肥胖之间的相互作用，表明饮食（而非肥胖状态）是肠道菌群多样性的主要决定因素，但饮食与肥胖的互作也会对一些种类的细菌造成影响。此外，Prevotella copri可能介导了西式饮食相关的代谢功能紊乱，提示特定肠道细菌（如P. copri）对宿主健康的影响，可能在一定程度上依赖于饮食背景。

饮食-菌群-宿主互作肥胖西式饮食肠型地中海饮食

饮食

Nature 子刊：饮食模式可影响非洲水牛的肠型

Nature Communications近期发表的研究中，探索了非洲水牛中微生物群落的稳定性和个体间的结构。本研究围绕三个假设进行:（1）饮食模式是野生非洲水牛微生物群结构的主要驱动因素。（2）微生物群对饮食结构的变化具有弹性。（3）共生微生物与病原体之间的关系取决于饮食模式。研究表明，饮食模式能驱动肠型变化，并且饮食、肠型和水牛疾病之间的存在潜在关联。

饮食肠型肠道菌群

多组学

不同肠型之间发生直接转变可能很难

包括肠道菌群在内的多组学分析，有助于精准医疗的发展。PNAS上发表的一项研究，对108名受试者进行了纵向多组学分析，鉴定出两种肠型及其与血液代谢物和临床标志物等的关系。该研究表明，个体的肠道菌群很难在两种肠型之间发生直接转变，提示二者之间可能存在相互拮抗，而靶向菌群的干预方法，需要设计可行的路径来跨越肠型之间的壁垒。

多组学肠型 Microbiome multiomic state transition

肠道菌群失调

Nature：他汀类药物或能帮助改善肥胖者的肠道菌群健康

此前研究表明，人的肠道菌群或能根据优势细菌的种类，划分为4种肠型。其中Bact2肠型以拟杆菌属占比高、粪杆菌属占比低、微生物密度较低为特征，与系统性炎症和便溏（稀便）存在关联，是潜在的菌群失调肠型。Nature发表的一项最新研究，对欧洲BMIS队列参与者进行了横断面相关性分析，发现Bact2肠型在肥胖人群中明显更加普遍，但在服用他汀类药物（降胆固醇药）的肥胖者中，这一比例从17.7%降到了5.9%。未来需开展随机对照试验，来检验他汀类药物对菌群的组成和健康是否具有调控作用。

肠道菌群失调 Clinical microbiology Metabolic syndrome metagenomics Microbiome

全谷物食品

不同全谷物饮食对代谢综合征患者心血管风险因素的影响

全谷物食品具有防治代谢综合征的潜能，不同的全谷物食品可能具有不同的健康效应。American Journal of Clinical Nutrition上发表的一项随机交叉试验结果，在40名代谢综合征男性患者中，对比了全谷物小麦及全谷物黑麦饮食对心血管风险因素指标的影响，发现相比于全谷物小麦饮食，全谷物黑麦饮食仅可短暂地降低总胆固醇及LDL胆固醇，而对糖代谢无显著影响。另外，受试者对全谷物饮食的应答受到肠型的影响。

全谷物食品 whole grain Rye wheat lignan

益生菌

肠型影响益生菌对肥胖相关指标的改善

EPMA Journal上发表的一项RCT研究结果，在50名超重/肥胖患者中，分别使用益生菌与安慰剂干预12周，发现益生菌可显著改善腰围、内脏脂肪等肥胖相关指标，且益生菌对相关指标的改善受肠型影响（对普氏菌属富集的肠型改善效果更为明显）。

益生菌 clinical trial Gut microbial enterotype Obesity Predictive preventive personalized medicine

肠型

宁康：对肠型的成见-旧观念与新想法

华中科技大学生命科学与技术学院的宁康教授发表题为《对肠型的成见：旧观念与新想法》的报告，介绍了一系列对人体肠道菌群的肠型的研究。

肠型 Ines Thiele Johannes Hertel

菌群紊乱

福建医科大：肠道菌群结构或可诊断睡眠低通气综合征

福建医科大学团队近期在《Clinical Science》发表文章，发现睡眠低通气综合征患者的肠道菌群结构与功能有别于正常人，菌群的改变与宿主体内特定炎症因子、代谢物质含量相关，肠道菌群结构有望用于诊断睡眠低通气综合征。

菌群紊乱 Enterotypes homocysteine Lactobacillus microbiota

菌群-免疫互作

肠型影响免疫细胞亚群及IgA反应性

《Frontiers in Immunology》上发表的一项研究，发现肠型影响了健康人Th细胞（特别是Th17及Th22细胞）亚群的组成，并影响了血浆IgA与特定肠道细菌的结合能力。

菌群-免疫互作菌群-免疫互作 Th17细胞 Th22细胞肠型

儿童肠道菌群

学龄儿童可能存在3种肠型特征

儿童肠道菌群 School-age children Gut microbiota enterotype Metabolic phenotypes

肠型

Nature子刊：利用“肠型”对肠道菌群进行分类

这是Nature Microbiology发表的重要文献，包括王俊、赵立平等两位中国科学家在内的29位菌群研究领域的重量级科学家，针对“肠型”这个概念进行了新的探讨，以求推动对这个重要概念的统一认识并将其推到实践。新方案是综合之前多种分型方案之长但充分考虑菌群功能、生态学及临床需求的在线方法。具体方法值得专业人士去深挖，我们仅简要介绍。特别推荐！

肠型 Trevor Beaudoin Charles M Deber

拟杆菌门

Microbiome：变形菌门解释肠道菌群可变性

不同肠道菌群之间为什么会有生理差异的特异性基因及分类群呢？菌群的可变性主要与哪些类型的细菌有关？看看这篇文章。

拟杆菌门肠型厚壁菌门功能冗余人体肠道微生物

物种-功能关系

Nature微生物学：菌群结构不同，生态学功能各异

关于菌群中物种与其功能间关系的Nature Microbiology杂志最新文章。

物种-功能关系生态学特性细菌生存策略代谢一致性厚壁菌

中国野生熊蜂

Current Biology：中国野生熊蜂的两种肠型

① 通过调查迄今为止最多的28个中国野生熊蜂物种肠道菌群的多样性情况，发现熊蜂肠道微生物存在两种保守的生态型；② 一种是由 Gilliamella 和 Snodgrassella 菌群组成（在蜜蜂中也存在）；③ 另一种生态型主要是由环境性菌群组成，而且含有一些条件致病菌如哈夫尼菌属（Hafnia）和沙雷氏菌属（Serratia）；④ 这是首次在传粉昆虫熊蜂上发现的，为今后深入研究传粉昆虫生物学提供了肠道微生物新视角。

中国野生熊蜂肠型 Angelica Dessì Vassilios Fanos

肠型

重新思考“肠型”

肠型这个概念的提出，提供了一个可靠的框架让人们更多理解健康和疾病人群的微生物多样性。但自从2011年第一次提出肠型后，不断有新的科学家尝试用新的数据方法来研究多样性，越来越多的方法认为，多样性不是只有三种，而是连续的。Rob Knight这篇文章系统性介绍了相关研究和方法。

肠型微生物多样性 Erin M Hill-Burns Haydeh Payami

肠型

Nature：人类肠道微生物组有三种肠型（2011）

经典回顾，2011年，MetaHIT团队通过数据比较分析，认为有三种肠型的存在，虽然后来有很多科学家（比如参与HMP的美国科学家）对此提出质疑，但肠型这个概念，在此后5年，直到今天，还是有其影响力。

肠型人类微生物组计划生物标记物 Wen Ren Zhe Xun