多样性

洛哌丁胺是一种阿片受体激动剂，广泛用于治疗人类急性腹泻。洛哌丁胺也被用作研究动物模型肠功能障碍诱导便秘影响的工具，但其对宿主相关微生物群的影响尚不清楚。近日，巴斯德研究所研究人员在Microbiome发表最新研究，基于体外细菌对洛哌丁胺的敏感性，使用常规和无菌幼年斑马鱼来评估洛哌丁胺对宿主肠道菌群的影响，发现洛哌丁胺会通过细菌抑制诱导斑马鱼出现微生物群失调，值得关注。

洛哌丁胺肠道菌群研究论文基础研究抗菌活性

绿地暴露

中山大学：绿地暴露对人体微生物群落有何影响？

绿地通常指自然植被覆盖的区域，如城市公园、森林、道路绿化带等。最近研究发现城市绿地是城市居民接触环境微生物多样性的重要来源，与人体健康息息相关。然而，目前有关绿地暴露与人体微生物组间关系的证据仍相对有限，绿地暴露对人体微生物组的影响尚未明确。近日，中山大学杨博逸、董光辉及团队在Environmental Health Perspectives发表最新研究，通过多国家大规模人群微生物组分析，揭示了绿地暴露与人类微生物组的关系，值得关注。

绿地暴露人体微生物组研究论文基础研究多样性

肠道真菌

赵兴明+郑琰+陈卫华：人类的4种真菌“肠型”结构

尽管真菌群落仅占整个人类肠道菌群的不到1%，但已有相关研究证明他们参与了许多人类疾病的发病过程。复旦大学类脑智能科学与技术研究院赵兴明教授、人类表型组研究院郑琰研究员，以及华中科技大学的陈卫华教授在Microbiome上发表了题为Enterotypes of the human gut mycobiome的研究论文。此研究揭示了肠道真菌组成高度结构化的性质，并发现其与宿主表型之间的紧密相关性。

肠道真菌肠型有氧呼吸衰老多样性

地下水

北大团队：地下水中存在微生物生态基线吗？

微生物几乎构成了地下水的整个生物群落，在生态演化和全球生物地球化学循环中发挥着重要作用。生态基线作为人类干扰较少的基本参考已在土壤、河流和海洋等地表生态系统中进行了研究，但地下水微生物生态基线的存在仍然是一个悬而未决的问题。近日，北京大学倪晋仁及团队在Microbiome发表最新研究，基于全国733口新建井监测的高通量测序数据，证实了浅层地下水微生物群落的存在，并提出了地下水微生物群落指数来评价人类活动对地下水的影响，值得关注。

地下水微生物群研究论文基础研究高通量测序

机器学习

基于肠菌和尿代的机器学习模型或可判断健康人年龄

机器学习可以分析大规模数据，并将其结合到疾病风险、诊断、预后和适当治疗的预测中。近日，韩国研究人员在Gut Microbes发表最新研究，基于568名健康个体的肠菌和尿液代谢物特征构建机器学习模型产生了最佳的年龄预测器，用于预测健康个体的年龄，准确性较好，值得关注。

机器学习年龄预测研究论文基础研究肠道菌群

塑料际

iMeta：国内团队“塑料际”微生物最新综述

充分了解“塑料际”生态过程及其环境影响对管理和预测塑料污染风险至关重要。本综述系统地总结了“塑料际”的研究方法、群落组成、构建过程以及生态功能，并指出测序方法和生物信息分析所导致的短序列错配和基因组组装错误不可避免，因此提出未来研究还应通过基于培养的方法为“塑料际”内发生的功能过程提供确凿证据。如：生物降解和致病性。

塑料际群落组成生态机制功能特征鸟枪法宏基因组测序

宏基因组学

Nature子刊：刘洋彧、Rob Knight等评测不同宏基因组物种定量方法及其对结果的影响

本文通过严谨的论证分析，量化了宏基因组学物种分类工具所产生的两种相对丰度类型的差别，对于混淆两种丰度所产生的影响进行了全面系统地研究。作者通过数据模拟，对宏基因组物种分类工具的输出结果进行了深度解读，提出了基于不同丰度类型的双层评价标准，为解决微生物组研究中如何选择宏基因组学物种分类工具的问题提供了重要依据，也对微生物组标准化研究提出了一系列建设性的意见。作者呼吁整个菌群研究界应更多地关注由于忽视序列丰度和物种丰度之间的区别而引起的潜在误导性生物学结论。本文第一作者是哈佛大学医学院的孙政博士和加州大学圣地亚哥分校的黄适博士，Rob Knight教授和刘洋彧教授为本文的通讯作者。

宏基因组学序列丰度物种丰度物种分类工具 DNA-to-DNA

共现网络

R包microeco：微生物组扩增子数据统计和可视化

基于高通量测序的群落数据分析分为前期的生物信息学分析和后续的统计分析，后续的分析则更注重于统计方法的使用和结果展示的快速性和灵活性。目前来看，依然缺少全面、简洁、快速的后续分析软件包。本文中提到的R语言包microeco 基于R6 class开发，整合了多种微生物群落生态学中常用的分析方法，归类成每个模块，以方便学习和使用，并研发了多种分析方法，同时提供了详细的教程，软件包已上传至CRAN，建议安装Github的更新版本。安装方法和使用教程等详见Github链接：https://github.com/ChiLiubio/microeco

共现网络差异丰度检验多样性环境因子功能分析

自体造血干细胞移植

肠道菌群多样性或影响自体造血干细胞移植的临床结果

异基因造血干细胞移植（allo-HCT）治疗导致患者粪便微生物多样性减少。而接受大剂量化疗和自体造血干细胞移植（auto-HCT）的患者也出现同样的抗生素治疗和营养改变，其肠道菌群是否发生变化？Blood近期发表的一项临床试验结果表明，病人在接受auto-HCT移植前其粪便菌群多样性就低于健康对照，且移植后进一步减少。同时，移植期粪便菌群多样性低与较差的整体生存期或无疾病进展期有关。

自体造血干细胞移植粪便菌群多样性

细菌和古菌

山东农大高峥组揭示不同植被土壤中细菌和古菌的群落分布模式

细菌和古菌在土壤生物地球化学循环中扮演着重要角色。然而，在同一土壤生境下细菌和古菌的生态分布模式有何异同仍有待研究。本研究系统揭示了不同植被覆盖的土壤中细菌和古菌的群落分布模式及其与土壤因子的关系，扩展了我们对土壤生态系统中原核微生物生态模式的认识。本研究发现细菌和古菌在土壤生态系统中均起着至关重要的作用，它们不同的生态模式有利于土壤生态系统中元素循环和生态平衡的功能互补。

细菌和古菌生态模式丰度多样性盐度

抗生素耐药

EST：如何有效监测、评估和减少抗生素耐药性传播？

这是Environmental Science & Technology[IF：6.198]关于有效缓解抗生素耐药性传播的观点文章，很有深度，值得好好读一读。

抗生素耐药丰度多样性可移动遗传因子水平基因转移

益生菌

Nature Reviews：肠道细菌如何在人与人之间传播？（综述）

住在一起的人，肠道菌群为什么越来越像？人与人之间的肠道细菌能互相传播（“传染”）么？好好看看这篇综述，必有收获！

益生菌共生菌多样性菌群传播致病菌

DNA提取

FEMS ME：不同DNA提取方法，得到的菌群信息不一样

方法学必读文献，不要问小秘书为什么，看标题自然就应该必读的。

DNA提取多样性 Frank R M Stassen Paul H M Savelkoul

酿酒酵母

FM：不同葡萄酒产区，有什么不同酿酒酵母？

又是关于酿酒微生物的文章，这次介绍酿葡萄酒的酵母，转需。

酿酒酵母葡萄酒多样性

肠道菌群

最新视角：恢复菌群多样性，未来治疗疾病的方法？

① 西方人的生活方式引起的许多疾病可能与肠道菌群的失调与多样性减少相关； ② 这与人类活动对宏观生态环境的影响相似：减少的生态位、捕食者种群减少，最后导致生态多样性降低； ③ 恢复宿主体内的菌群多样性是未来的治疗手段之一。

肠道菌群多样性疾病

肠道细菌

Nature：饮食不健康，子子孙孙的肠道越来越差？

① 膳食纤维中微生物可利用的碳水化合物（MAC）对肠道菌群生态很重要；② 西方饮食（高脂肪、低纤维）造成小鼠肠道菌群多样性降低，在一代内是可逆的，补充高MAC饮食可以恢复多样性；③ 经过几代后，低MAC饮食导致肠道菌群多样性逐渐丧失，且重新引入MAC饮食也不可逆转；④ 将粪菌移植与高MAC饮食结合可恢复后代肠道菌群多样性；⑤ 当膳食中缺乏MAC时，低丰度的细菌类群被低效率地转移到下一代，并且增加其在一个孤立的群体中灭绝的风险。

肠道细菌多样性膳食纤维

肠道菌群

Blood：肠道菌群多样性与造血干细胞移植患者死亡率显著相关

Blood是国际知名的血液学杂志，在它上面发表了一些关于造血干细胞移植与肠道菌群关系的文献，我们找到了其中7篇的全文，前几天做了日报，今天再次特别分享给大家。

肠道菌群多样性同种异体造血干细胞移植死亡率 Shiho Fujisaka

生物地理学

分子生态学：最影响小鼠肠道菌群多样性的因素是什么？

对老鼠来说，除了饮食，什么对它们肠道菌群的影响最大呢？这篇研究认为是地理因素，大家可以看一看。

生物地理学肠道菌群多样性 Timothy W Hand Timothy W Hand

多样性

Nature：人类肠道菌群的多样性、稳定性和恢复力（综述）

经典综述推送，这篇2012年发表在Science上的综述，作者：Catherine Lozupone,Jesse I Stombaugh,Jeffrey I Gordon,Janet K Jansson,Rob Knight，大家都认得么？

多样性稳定性恢复力生态系统 Lalit Beura