生物地理学

生物地理学是宏观角度探究不同地域生物种群分布和进化的研究。随着近年来对肠道菌群研究的不断深入，以及转录组和单细胞技术的应用，使得人们已经可以在肠道这个微管环境中进一步明确不同种群在肠道中的分布，因此生物地理学的手段已经在肠道菌群的研究中开展应用。近期一篇发表在Nature Reviews Microbiology上的综述对近年来的肠道生物地理学研究进行了详细的回顾和总结，对于基于肠道生物地理学的肠道菌群与疾病的研究进行了展望。

肠道菌群生物地理学综述基础研究

食草动物

Nature子刊：全球草食性真菌生物群落的模式和决定因素

厌氧肠道真菌（AGF）在宿主营养中发挥着重要作用，但目前对食草动物肠道微生物组AGF特征的了解仍然很少。近日，美国俄克拉荷马州立大学研究人员在Nature Communications发表最新研究，为研究AGF多样性的全球模式和决定因素，分析了来自6大洲的34种哺乳动物的661个粪便样本的扩增子数据集，共识别到56个新属，极大地扩展了厌氧肠道真菌的多样性，并提供了一个基于生态学和进化的模型来解释在现存动物宿主中观察到的AGF多样性模式，值得关注。

食草动物肠道真菌研究论文基础研究系统发育

生物地理学

Cell子刊：肠内不同来源的硝酸盐细分肠道微生物的营养生态位

这是刚刚发表在Cell host & microbes上的一份工作，作者通过结肠内荧光定位确定了共生大肠杆菌、致病性鼠伤寒沙门氏菌以及非致病性鼠伤寒沙门氏菌的空间定位。他们发现共生大肠杆菌利用上皮来源的硝酸盐，而致病性鼠伤寒沙门氏菌获取的硝酸盐来自吞噬细胞，无毒的鼠伤寒沙门氏菌无法竞争过共生大肠杆菌获得上皮来源的硝酸盐，同时无法诱导获得吞噬细胞来源的硝酸盐，在共定植条件下，共生大肠杆菌会侵入致病性鼠伤寒沙门氏菌的生态位，竞争吞噬细胞来源的硝酸盐来提供定植抗性。本文详细阐述了营养生态位、趋化等对于共生菌和致病菌肠内定植的重要性。

生物地理学

家庭饮用水

香港大学：全面解析中国家庭饮用水的细菌群落

香港大学的张彤团队在Water Research发表文章，对中国29 个省/地区的 38 个城市的 110 个家庭饮用水样本进行分析，绘制出全国家庭饮用水的细菌多样性和生物地理学，对安全饮用水管理和公共卫生保护具有一定的指导意义。

家庭饮用水细菌多样性生物地理学

干旱生态系统

iMeta：西农韦革宏团队揭示土壤真菌驱动细菌群落的构建

阐明生物因素在驱动群落构建中的作用，对于理解多样性和生态系统功能至关重要，是微生物生态学中一个基本课题。本研究将跨生物群落的观测研究与微宇宙实验相结合，研究西北旱区复杂陆地生态系统中生物因素(如土壤真菌和跨界物种的相关关系)对土壤细菌生物地理和群落构建的影响，研究结果揭示了生物因素和干旱在塑造复杂陆地生态系统细菌地理分布和调节群落构建中的重要作用。该研究为将土壤真菌与干旱陆地生态系统的生物地理格局和土壤细菌群落构建机制联系起来迈出了重要的一步。第一作者是西北农林科技大学生命学院优青获得者焦硕教授，通讯作者为杰青、长江获得者韦革宏教授，共同通讯为陈卫民教授。

干旱生态系统细菌生物地理学生物因子群落组装

牙菌斑

导致龋齿的牙菌斑长啥样？

龋齿是广泛存在的健康问题，其形成与变异链球菌有密切关系，PNAS近期发表的一项研究通过显微技术，发现这种致病菌能勾结其它细菌形成一种结构分明的圆冠状牙菌斑生物膜，不仅能引起龋齿，还是帮助变异链球菌抵抗抗菌剂的保护伞。

牙菌斑龋齿生物膜变异链球菌生物地理学

土壤微生物

南京土壤所褚海燕组受邀发表微生物生物地理学综述（官方配视频简介）

土壤微生物生物地理学旨在研究土壤中微生物的空间分布格局及其时间动态，其研究有助于深入挖掘土壤微生物资源，深刻理解微生物多样性的产生和维持机制，并预测生态系统功能的演变方向。微生物组学及生物信息技术的进步不断提高了我们对于微生物群落的时空分布及其驱动机制的认识，然而，土壤微生物生物地理学研究目前仍面临诸多难题与挑战。应美国微生物学会《mSystems》主编的邀请，南京土壤所褚海燕课题组以“Soil Microbial Biogeography in a Changing World: Recent Advances and Future Perspectives”为题撰写了综述论文。该综述首先通过数据库检索，简要回顾了微生物生物地理学研究在土壤、海洋、陆地水体等不同生态系统中的发展历程，并重点阐述了土壤微生物生物地理学研究的前沿方向及发展态势,这些知识对于在瞬息万变的世界中更好地预测生态系统功能至关重要。

土壤微生物生物地理学 Wan-Ying Deng Wen-Jia Chen Xingxiang He

生物地理学

城环所杨军组揭示随机过程主导亚热带河流微型真核浮游生物群落构建

该研究系统深入地解析了不同水文条件下亚热带河流微型真核浮游生物的时空变化、地理分布格局及群落构建机制。其揭示了不同水文条件下随机过程在河流微型真核浮游生物群落构建中的重要作用，为深入理解随机过程和确定性过程对水生生物群落构建的相对重要性提供了新思路；提高了我们对浮游生物稀有种群落构建和生态学机制的认知水平，为解析水生态系统结构和功能稳定性等问题提供了新视角。

生物地理学浮游生物微型真核浮游生物群落亚热带河流环境因子

共生演化

肠道菌群中的共生演化

ISME Journal近期发表研究，在不同地区啮齿动物肠道菌群中鉴定出可形成生物膜的共存菌种组合，但用来自不同地区的菌株进行组合培养时却不利于生物膜形成，说明菌种间的共栖和促生关系是同一地区内长期演化的结果。

共生演化生物膜种系发生学生物地理学 Hermann Brenner

生物地理学

北大倪晋仁院士等：长江流域的浮游及沉积菌群

这是北大环境科学与工程学院倪晋仁院士与香港大学张彤教授团队合作在Microbiome[IF：8.496]近期发表的对长江流域菌群的研究，首次分析了4300公里长江流域内浮游和沉积菌群的时空分布，值得关注。

生物地理学长江沉积物浮游生物 Bacterial communities

哺乳动物

PNAS：地域分布促进哺乳动物肠道菌群的多样化

这是PNAS[IF：9.661]在近期发表的野生动物菌群研究，通过研究发现，对比宿主亲缘关系及饮食的影响，地域分布对菌群的塑造作用很显著，包括在捕食者和猎物之间存在相似度高的肠道菌群。这是很值得关注的研究，特别推荐。

哺乳动物生物地理学 Janelle A Skinner Tracy L Burrows

景观生态学

Cell子刊：鼻腔、口腔及咽喉菌群的景观生态学（综述）

① 人体不同部位，如口腔、鼻腔、咽喉，由于其解剖结构和相关的生物化学环境不同，定植的菌群群落不同；② 本综述介绍了景观生态学（landscape ecology）的发展历史和概念、上呼吸道和口腔的景观生态的不同之处、免疫系统对景观生态的影响等内容；③ 提出了一些将景观生态学应用于微生物研究的方法；④ 如进行充分有力的观察性实验、加强群落功能的研究等，能够更好地帮助我们认识微生物群落与人体健康和疾病的关系。

景观生态学生物地理学空间生态学鼻腔菌群口腔菌群

肠道菌群

Cell子刊：一文读懂在不同肠道部位的菌群分布和功能（综述）

重要综述，没看的人一定下载下来好好读一读。

肠道菌群空间结构肠道菌群宿位生物地理学成像技术

生物地理学

西北农林科技大学团队：石油污染土壤微生物群落构建与生物多样性研究

此文文章思路清楚、图表美观，发表不到两年引用24次(超杂志平均引用2倍)，更被众多同行选为经典学习材料示范和解读。在本研究中，作者利用高通量测序技术探索石油污染土壤中微生物群落结构，分析环境因子和地理距离对微生物分布的影响。通过研究石油污染地区的微生物群落组成、土壤环境因子与微生物群落之间的关系、地理距离对微生物群落的影响、响应石油污染物的微生物的共发生模式等内容，揭示长期石油污染地区，土壤微生物的生物地理分布模式和生物多样性，为生态系统修复和环境治理提供有价值的线索。

生物地理学石油污染共现模式生物多样性 Anuja Sathe

生物地理学

Nature Reviews：肠道不同位置，细菌分布有何特点？（综述）

经典回顾，去年Nature Reviews Microbiology上关于细菌菌群在肠腔、肠道粘液层、结肠隐窝等不同位置的特异性分布，以及这些分布对宿主的不同影响，很值得一看的经典综述，强烈推荐给大家。

生物地理学空间异质性 Supinda Bunyavanich Jose C Clemente

生物地理学

分子生态学：最影响小鼠肠道菌群多样性的因素是什么？

对老鼠来说，除了饮食，什么对它们肠道菌群的影响最大呢？这篇研究认为是地理因素，大家可以看一看。

生物地理学肠道菌群多样性 Timothy W Hand Timothy W Hand