空间结构

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文章数：5篇

SEER-FISH成像技术

戴磊等Nature子刊：新型成像技术助力解析微生物组空间结构

自然界中各种微生物独特的生存方式和相互作用关系构成了群落特定的空间结构。尽管现有的高通量测序技术能够描绘微生物群落的物种组成及丰度，但仍缺乏解析群落空间结构的有力工具。近日，中国科学院深圳先进技术研究院戴磊及团队在Nature Communications发表最新研究，开发了一种可容错编码的序贯荧光原位杂交技术，用于解析复杂微生物群落的空间结构。该方法可识别复杂群落中的不同微生物物种，在单细胞尺度上原位解析微生物物种间以及微生物-宿主间的互作。总之，该技术是研究微生物群落生态和功能的重要工具，值得关注。

SEER-FISH成像技术空间结构研究论文基础研究序贯荧光原位杂交

肠道菌群的定向高斯混合模型阐明微生物空间结构

作者开发了一类计算模型，以从 MaPS-seq 数据中恢复肠道菌群生物地理学的已知特征，其模型建立在经典的高斯混合模型（GMM）之上，该方法采用微生物空间数据并学习许多经过实验验证的空间因素。作者的研究结果表明，肠道菌群虽然异常庞大，但具有可预测的空间模式，可用于帮助了解其在健康和疾病中的作用。作者表明，其提出的模型恢复了胃肠道内菌群的已知生物学行为，同时还提供了对肠道菌群空间结构的新见解。

高斯过程 MaPS-seq 计算生物学机器学习数学建模

半野生威尔士山地矮种马

群居哺乳动物种群中的菌群特点

微生物组合与宿主的功能性状相关，比如代谢和免疫功能等。但群居哺乳动物种群中的菌群研究有限，本文研究了空间结构和社会互动对威尔士山区小马肠道微生物组成的影响。表明菌群构成具有多层次特征（即跨越个体和群体），并受到社交互动的影响。尽管这一点的功能意义需要进一步研究，但结果支持了多层次选择可以作用于微生物组的观点。

半野生威尔士山地矮种马 16S rRNA gene Amplicon sequencing Harem Horizontal transmission

Cell子刊：一文读懂在不同肠道部位的菌群分布和功能（综述）

重要综述，没看的人一定下载下来好好读一读。

肠道菌群空间结构肠道菌群宿位生物地理学成像技术

Cell子刊：利用单细胞成像“看到”肠道菌群的分布

① 提出一套成像与分析软件（BacSpace）结合系统，实现肠道菌群空间分布的高分辨率、高通量定量；② 应用该系统量化定植人肠道微生物的无菌鼠饮食改变对黏液层、肠道菌群、宿主表达影响；③ 饮食中缺乏微生物可接触的碳水化合物（MACs）导致黏液变薄，细菌更接近上皮细胞；④ MACs缺乏改变肠道菌群空间结构（聚类和混合度）、提高小肠炎症标志蛋白REG3β表达；⑤ 量化幽门螺杆菌侵入小鼠胃腺与宿主有丝分裂祖细胞相关性，说明该方法具有通用性。

空间结构定量成像