Jose C Clemente

粪菌移植（FMT）已成功应用于治疗复发性艰难梭菌感染，但缺乏一种精确的方法来测量哪些细菌菌株能稳定地植入到受者体内，并评估它们与临床结果的关系。Nature Microbiology发表的一项研究，开发了Strainer算法，可以对FMT后的肠道细菌菌株进行定量分析，描述菌株在受体中长期稳定的植入情况，从而解释患者的预后。

粪菌移植菌株定殖宏基因组学肠道菌群

转录组测序

宏转录组捕捉呼吸道菌群代谢情况

微生物产物，如短链脂肪酸（SCFAs），在下呼吸道对宿主的免疫调节有显著影响。因此，对微生物组分析的功能性方法是必要的。European Respiratory Journal近期发表的文章，使用全基因组鸟枪测序（WGS）和RNA宏转录组方法，来揭示免疫相关代谢物（如SCFAs）的微生物代谢，结果表明，宏转录组能最有效地捕捉瞬时的微生物代谢。

转录组测序呼吸道菌群微生物代谢短链脂肪酸

粪菌移植

Cell子刊：肠道真菌或可预测FMT对溃疡性结肠炎的疗效

粪菌移植（FMT）可成功用于治疗溃疡性结肠炎（UC），但仅有部分患者对治疗产生应答。《Cell Host and Microbe》上发表的一项最新研究，对一项随机双盲安慰剂对照试验的结果进行分析后发现，在对FMT产生应答的患者中，接受FMT治疗之前的肠道念珠菌属丰度较高，且在接受FMT治疗后念珠菌属丰度有所降低。研究结果提示，FMT可能通过降低念珠菌属的丰度以抑制肠道炎症，肠道真菌组成或可作为预测患者对FMT的应答的生物标志物。

粪菌移植 Mycobiota Fecal microbiota transplantation gut fungi Candida

脊柱关节炎

IL-17单抗治疗可促进脊柱关节炎患者的肠道菌群紊乱和肠道炎症

先前的研究表明，IL-17A单抗治疗与克罗恩病的恶化相关。Arthritis and Rheumatology上发表的一项最新研究，对接受TNF抑制剂及IL-17A单抗治疗的脊柱关节炎患者进行分析后发现，IL-17A治疗与患者的肠道菌群失调、白色念珠菌增加及肠道炎症相关。

脊柱关节炎 Candida IL-17 inhibitor Microbiome Psoriatic arthritis

IBD

IBD患者的肠道菌群失调可传递给下一代

IBD IBD Lauren J Green Lauren J Green

炎症性肠病

Immunity：肠道菌群影响IBD的机制

炎症性肠病肠道菌群免疫 T细胞无菌小鼠

粪菌移植

特定细菌及代谢产物，影响粪菌移植对溃疡性结肠炎的疗效

Gastroenterology上发表的一项最新研究，对比了在接受粪菌移植治疗溃疡性结肠炎后，缓解或未缓解的患者的肠道菌群及代谢产物差异，鉴定出了与缓解与否相关的特定细菌及代谢产物，并发现供体粪便中的特定菌属影响了粪菌移植的疗效。

粪菌移植 FOCUS trial Inflammatory bowel diseases Metabolism Microbiome

菌群研究

Nature子刊：菌群领域KOL探讨菌群治疗面临的挑战

Global Engage和Nature Biotechnology于2018年5月组织菌群领域KOL对人体菌群研究及转化的未来进行了深入探讨，指出了目前研究的局限性的同时，也提出了一系列具有创新性的观点，对于未来的菌群相关基础研究、临床转化、产品开发等都具有重要参考价值！

菌群研究菌群治疗访谈录人体菌群菌群治疗

肺癌

肺癌患者的呼吸道菌群与PI3K通路上调相关

来自American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine的一篇最新研究报道，对39名肺癌患者的呼吸道菌群进行分析，发现呼吸道菌群与ERK及PI3K信号通路的表达上调相关。

肺癌呼吸道菌群 PI3K通路 bronchoscopy lung cancer

鼻腔菌群

鼻腔菌群阻塞性呼吸睡眠暂停 CPAP Inflammation Microbiome

炎症性肠病

饮食改变肠道菌群，引起易感个体结肠炎发作

Gastroenterology近期发表一项“无心插柳”的研究，研究者在实验中需更换小鼠饲料以便给药，却惊奇的发现更换饲料本身（而非给药）即可引起易感小鼠的结肠炎发作，而这两种饲料在营养元素比例上仅有很小的差异。进一步研究表明，饲料更换引起了小鼠肠道菌群的快速改变，作用于特定T细胞群体，从而引起结肠炎。该研究再次提示，在遗传易感个体中，饮食对菌群的影响可对疾病发作起决定性作用。

炎症性肠病饮食白介素-23 肠道菌群 Cytokine

系统性炎症性疾病

BMJ：肠道菌群如何深入影响全身性炎症性疾病？（综述）

这是British Medical Journal[IF：20.785]发表的全面阐述肠道菌群在系统性（全身性）炎症性疾病中的作用的综述，干货非常多，必须好好看！

系统性炎症性疾病肠道菌群饮食益生菌益生元

类风湿性关节炎

Microbiome：肺部菌群失调，驱动类风湿性关节炎发生？

① 在类风湿性关节炎（RA）患者中，发现气道异常和肺组织瓜氨酸化，表明肺部可能是RA自身免疫的产生点，也可能是肺部对微生物变化的响应；② 16S rRNA测序比较DMARD药物治疗RA，肺结节病和健康对照的肺泡灌洗液（BAL）菌群组成，评估BAL和血清抗瓜氨酸肽抗体的存在及其水平；③ RA患者的BAL菌群多样化和丰富度明显变少，类似于结节病人，远端气道失调是由于几个属菌的减少造成的；④ 菌群扰动与肺部和系统性自身免疫/炎症变化相关，可能会驱动RA的发生

类风湿性关节炎肺结节病肺部菌群远端气道失调自身免疫

新生儿菌群

Nature Medicine：幼儿菌群如何影响健康？（必读综述）

强文又来了！今天出版的Nature Medicine，发出这篇重量级综述，详细阐述人类生命早期的菌群以及它们对健康的影响，文精图好，不得不看。

新生儿菌群婴儿菌群益生菌膳食补充剂免疫系统发育

牛奶过敏

JACI：8年跟踪，揭牛奶过敏逆转和菌群的关系

有些孩子，出生后会牛奶过敏，到8岁不再过敏，原来可能跟肠道菌群有关，好神奇。

牛奶过敏肠道菌群 16S rRNA 测序拟杆菌门梭状芽胞杆菌

口腔菌群

Nature微生物：口腔菌群侵入肺部，引炎症？

口腔菌群与肺部炎症的关系研究，值得关注。

口腔菌群肺部菌群 Th17 肺炎症

剖腹产

Nature子刊：涂抹产道分泌物，部分恢复剖腹产婴儿菌群

老文分享，今年2月在Nature Medicine发表的重量级研究，再次推荐给大家。

剖腹产顺产阴道菌群 Jeffrey I Gordon Vanessa K Ridaura

菌群稳定性

Science：人体肠道里，大多数菌株或稳定存在数十年

这是2013年发表在Science上的重要研究，跟踪37人长达五年，并通过高精度的16S测序和一些菌株的全基因组测序，分析人体肠道菌群的长期变化规律。一些饮食等环境因素会带来肠道菌群的迅速变化，但在这之外，更多的是肠道菌群成员（菌株）的长期稳定性。这是被引用数百次的超高引文献，想必很多专业人士非常熟悉，值得认真再读一读！

菌群稳定性 Vijay Ramakrishnan Vijay Ramakrishnan

宿主-菌群互作

Cell：肠道菌群对宿主健康到底有何影响？（经典综述）

经典文献分享，2012年发表在Cell杂志上，现在看来，依然令人心潮澎湃，联想最近Cell杂志上强文频出，这个享誉世界的期刊被称为“菌群之刊”，名不虚传吧？

宿主-菌群互作 J Paul Brooks J Paul Brooks