转录组测序

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转录组测序

文章数：6篇

转录组测序

宏转录组捕捉呼吸道菌群代谢情况

微生物产物，如短链脂肪酸（SCFAs），在下呼吸道对宿主的免疫调节有显著影响。因此，对微生物组分析的功能性方法是必要的。European Respiratory Journal近期发表的文章，使用全基因组鸟枪测序（WGS）和RNA宏转录组方法，来揭示免疫相关代谢物（如SCFAs）的微生物代谢，结果表明，宏转录组能最有效地捕捉瞬时的微生物代谢。

转录组测序呼吸道菌群微生物代谢短链脂肪酸

驻留巨噬细胞

Science：脂肪驻留巨噬细胞是导致肥胖的元凶

脂肪组织是人体非常重要的代谢器官，其主要功能是将能量以脂滴的形式储存起来以应对外界环境的变化。脂肪组织除脂肪细胞外，还存在有基质细胞和一定数量的免疫细胞。大量的研究显示，脂肪组织中的巨噬细胞可能参与脂肪的累积，但是究竟哪些巨噬细胞参与调控脂肪的累积，以及其调控脂肪的累积机制尚不明确。近期一篇发表在Science上的研究工作揭示了脂肪组织中驻留的巨噬细胞会响应食物中脂肪的摄入，通过旁分泌的形式调控脂肪的储存。

驻留巨噬细胞 PDGFcc 不依赖CCR2 脂肪组织肥胖

肠道菌群代谢产物或促进婴儿肠道屏障的成熟

大量的研究也表明，众多疾病的产生都与肠道菌群失调有关。确保肠道菌群平衡，抑制病原微生物的生长，对维护人体的健康具有重要意义。婴儿断奶时期是肠道菌群定植的关键阶段，期间固体食物摄入的开始与肠道屏障的成熟相一致。这种个体发育过程是由微生物群在肠道的定植所驱动的。然而，早期肠道发育的微生物调控机制尚不清楚。《Gut Microbes》上的一项以乳兔模型为对象的研究发现，肠道菌群在开始摄入固体食物时产生的代谢产物有助于在哺乳到断奶的过渡阶段肠道屏障的成熟，表明这一阶段肠道菌群和肠道屏障成熟的协调性。因此，在生命早期控制细菌代谢产物的产生，可能是促进出生后肠道的发育从而保证肠道内环境稳定和健康的一个有效策略。

肠道屏障肠道菌群代谢物饮食成分-菌群-宿主互作类器官母乳

菌群与宿主互作促进羔羊瘤胃壁的发育

本文使用宏基因组测序和转录组测序的方法，研究了羔羊喂食开食料后瘤胃生理指标、菌群活性和瘤胃上皮细胞的基因表达变化。

瘤胃菌群 crosstalk Lamb rumen Starter feeding

Cell：又是单细胞水平！肠绒毛不同区域的细胞有不同功能

肠上皮细胞具有多样化的功能，不仅参与各种营养物质的吸收，还要防御肠内微生物的入侵。Cell近期发表的一项研究，用单细胞空间转录组学方法，揭示了小肠绒毛中，肠细胞广泛的区域和功能异质性，将对肠上皮细胞基因表达和功能的认知的精度，又提高了一个水平，相关方法学也可用于其他组织器官的类似研究。这是Cell近期连续发表的第2项肠道领域的单细胞水平研究，另一项研究见此（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1064546867），scRNA-seq等单细胞分析技术不断成熟，将越来越多的出现在高水平研究中。

肠绒毛激光捕获显微切割转录组测序单细胞RNA测序单细胞转录组学

全外显子组测序

肿瘤转移：临床基因组学（nature重磅）

① 密歇根肿瘤测序项目（MI-ONCOSEQ），对500例晚期患者的22个转移器官和30个原发灶部位进行综合的外显子组和转录组测序，与TCGA对原发肿瘤的外显子组和转录组测序数据进行比较；② 转移性肿瘤最常见的体细胞突变基因包括TP53、CDKN2A、PTEN、PIK3CA和RB1；③ 推测12.2%病例存在胚系异构体，其中75%与DNA修复缺陷相关；④ RNA测序联合DNA测序，肿瘤和胚系基因组测序数据与多学科精准肿瘤综合治疗（PMTB）联合，治疗晚期患者。

全外显子组测序转录组测序转移性肿瘤 DNA修复缺陷体细胞突变