瘤胃菌群

多样研究发现，母婴间存在较强的菌群传递，“菌脉相连”极大促进了幼儿的免疫和生长发育。但关于反刍动物母婴间菌群传递的研究仍然有限。近日，浙江大学王佳堃、俄亥俄州立大学 Zhongtang Yu及团队在Microbiology spectrum发表最新研究，通过采集母胡羊及幼刍的瘤胃样品测序，发现胡羊瘤胃菌群中约有4%可遗传，具有系统发育多样性，代表多种细菌类群，且与幼刍的生长发育和瘤胃发酵特性有关，值得关注。

瘤胃菌群生长发育研究论文基础研究母婴传递

肠-乳腺轴

付云贺等Microbiome：“肠源性乳腺炎”的新机制

吉林大学张乃生教授和付云贺教授团队在Microbiome发表乳腺炎最新研究成果。他们基于团队的前期研究结果（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1082594566）（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1039752837）（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1052558703）（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1088998250），推测乳腺炎的发生除了与传统认为的外界病原感染有关外，尚存在内源性致病途径，并提出“肠源性乳腺炎”这一病理学概念。本研究通过奶牛乳腺炎病例，聚焦奶牛瘤胃微生物，发现瘤胃菌群紊乱可通过引起低度内毒素血症，损害机体抗炎酶活性，从而诱发系统性炎症和乳腺炎。本研究再次佐证课题组之前提出的“肠源性乳腺炎”这一病理学假设，并表明肠道菌群紊乱诱导的内毒素血症是诱导乳腺炎发生关键因素，这为深入认识和破解乳腺炎发病机制，以及靶向“肠-乳轴”防治乳腺炎提供了理论指导。

肠-乳腺轴乳腺炎瘤胃菌群肠道菌群低度内毒素血症

瘤胃菌群

沈锡辉团队：探索瘤胃菌群中AI-2介导的种间通讯

瘤胃中具有复杂菌群，微生物可附着在植物表面进行植物降解以启动生物膜形成，并将饲料转化为营养物质和能量；群体感应 (QS) 是一种由自诱导物 (AI) 介导的细胞间通讯机制，微生物利用自合成的特异性QS信号分子，调节菌群中基因的表达，从而触发趋化性和生物膜形成等社会行为。目前QS已在纯培养条件下的模式微生物中得到了广泛的研究，然而其在复杂的细菌群落（例如瘤胃菌群）中的机制尚不清楚。近日，西北农林科技大学张磊团队联合沈锡辉团队在Microbiome发表文章，系统地分析了瘤胃微生物基因组和元转录组中参与细胞间通讯的基因/蛋白质，揭示了QS在瘤胃中的重要性，并表明自身诱导因子-2（AI-2）介导不同瘤胃微生物间的种间交流。

瘤胃菌群群体感应

乳腺炎

张乃生+付云贺：瘤胃菌群紊乱促进奶牛发生“内源性乳腺炎”

吉林大学张乃生教授和付云贺教授团队在Microbiology Spectrum杂志发表乳腺炎最新研究成果。他们前期研究发现，肠道菌群紊乱可以引起小鼠乳腺炎并加剧病原诱导乳腺炎的严重性（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1082594566）（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1039752837）。本研究以奶牛为实验动物，发现在没有外界病原微生物感染的情况下，瘤胃菌群紊乱可以导致乳中体细胞数增高，引起乳腺炎。结合之前研究，课题组推测乳腺炎的发生，除了与传统认为的外界病原感染有关外，尚存在内源性致病途径，并提出“内源性乳腺炎”这一病理学概念。后续将通过解析“肠-乳轴”进一步阐明内源性乳腺炎的发病机制。本研究为深入认识和破解乳腺炎发病机制，以及靶向肠-乳轴防治乳腺炎提供理论指导。

乳腺炎瘤胃菌群奶牛肠-乳腺轴菌群移位

瘤胃菌群

刘建新+孙会增：多组学分析揭示奶牛饲料效率与瘤胃菌群的关系

浙江大学的刘建新和孙会增与团队，在Microbiome发表研究，结合宏基因组学、宏转录组学和代谢组学方法，揭示了与奶牛饲料转化效率相关的瘤胃菌群特征，为进一步优化奶牛养殖提供了理论基础。

瘤胃菌群奶牛饲料效率多组学

菊粉

农科院：菊粉减轻奶牛隐性乳腺炎

Microbiology spectrum近期发表了来自中国农业科学院熊本海、罗清尧与团队的研究，表明菊粉能通过调节瘤胃菌群及代谢物来减轻奶牛的隐性乳腺炎。

菊粉奶牛瘤胃菌群乳腺炎

瘤胃菌群

遗传因素对奶牛瘤胃菌群和甲烷排放的影响有多大？

ISME Journal发表的一项研究，分析了奶牛的遗传和菌群因素对甲烷排放的影响，揭示了宿主遗传在多大程度上影响了瘤胃菌群的组成，表明通过杂交来获得有助于菌群优化的遗传因素，或能促进奶牛健康。

瘤胃菌群奶牛遗传甲烷排放 Hao Wu

抗生素耐药基因

Nature子刊：瘤胃菌群中的抗生素耐药基因

Nature Communications上发表的一项最新研究，通过基因组测序及宏转录组分析，鉴定出了瘤胃菌群（包括细菌及古菌）中存在的抗生素耐药基因。

抗生素耐药基因瘤胃菌群抗生素耐药基因 Xianglin Zhu Ruijie Deng

瘤胃菌群

母乳喂养羔羊具有更健康的瘤胃菌群

一年前，Nature Communications 上面的一项研究发现，纯母乳喂养可以显著影响婴儿的肠道菌群组成（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1082390539）。羔羊虽然也是哺乳动物，但这类反刍动物具有独特的消化道结构，母乳喂养会对羔羊肠道菌群带来什么影响呢？这项研究主要从母乳喂养对瘤胃菌群结构和功能的影响方面回答了这一问题。

瘤胃菌群研究论文羔羊母乳喂养 Han Han

瘤胃菌群

Nature子刊：牛瘤胃微生物组的参考基因组集

反刍动物为全世界数十亿人提供必需的肉、奶等重要营养。瘤胃是一种特殊的胃，适应植物来源的复合多糖的分解。瘤胃微生物组的基因组编码数千种适于消化植物物质的酶，它们主导反刍动物饮食结构。本文对近三百个牛胃样本进行宏基因组二、三代混合测序，获得了近五千个宏基因组组装的基因和40多万个碳水化合物代谢相关基因，为深入研究牛瘤胃微生物组提供了参考基因组，可进一步挖掘功能基因和筛选高转化效率菌种提供基础。同时也是近期第三篇Nanopare技术参与发表在自然生物技术杂志在宏基因组领域的文章，可见新技术在宏基因组中应用带来的巨大优势。另两篇详见 https://www.mr-gut.cn/papers/read/1088940721 和 https://www.mr-gut.cn/papers/read/1074446025

瘤胃菌群宏基因组学 MinION纳米孔测序

瘤胃菌群

Science子刊：改善奶牛生产的潜在瘤胃菌群靶点

《Science Advances》近期发表的一项研究，分析了一千头奶牛的瘤胃菌群，从中鉴定出核心菌群成员，其中与宿主基因相关的39个菌种，构成了可遗传核心菌群，在机器学习建模中较好的预测了奶牛的多种表型，或许是改善奶牛生产性状的菌群靶点。

瘤胃菌群奶牛 Zhongyu Li Hongliang Chen Li Wang

瘤胃菌群

宿主差异可影响与饲料利用效率相关的瘤胃菌群特征

“牛牛要想长得好，瘤胃菌群少不了”。一项队列研究发现了与饲料利用效率相关的菌群区系和SNP，为未来借助改造瘤胃菌群和提高饲养效率带来了新的可能。

瘤胃菌群 Cattle Feed efficacy Heritability Host genotype

瘤胃菌群

菌群与宿主互作促进羔羊瘤胃壁的发育

本文使用宏基因组测序和转录组测序的方法，研究了羔羊喂食开食料后瘤胃生理指标、菌群活性和瘤胃上皮细胞的基因表达变化。

瘤胃菌群 crosstalk Lamb rumen Starter feeding

瘤胃菌群

王佳堃：调控消化道氢代谢微生物助力甲烷减排

浙江大学动物科学学院的王佳堃教授发表题为《调控消化道氢代谢微生物助力甲烷减排》的报告，指出植物提取物通过调控瘤胃氢代谢，降低甲烷的生成量。

瘤胃菌群动物菌群产甲烷

动物菌群

姚军虎：日粮可降解淀粉调控奶山羊瘤胃代谢的微生物组学机制

西北农林科技大学动物科技学院的姚军虎教授发表题为《日粮可降解淀粉调控奶山羊瘤胃代谢的微生物组学机制》的报告，指出日粮可降解淀粉通过降低氧化磷酸化进而影响瘤胃微生物。

动物菌群瘤胃菌群

瘤胃菌群

“功能菌群”解读瘤胃微生态（综述）

瘤胃微生态系统是典型的宿主-共生菌互作体系。本综述提出了功能群的概念，可以简化瘤胃菌群分析，更好的理解瘤胃生态系统和功能，对于研究瘤胃功能、开发响应菌群干预手段具有参考价值。

瘤胃菌群功能菌群综述瘤胃微生态菌群干预

瘤胃菌群

肉牛瘤胃菌群影响饲料转化率，且受品种影响

瘤胃菌群 Beef breed Feed efficiency metagenomics metatranscriptomics

益生菌

农科院饲料研究所：益生菌替代莫能菌素促进肥育羔羊生长

寻找代替抗生素的促生长膳食补剂对防止抗生素滥用具有重要意义。本研究发现地衣芽孢杆菌、酿酒酵母可影响瘤胃菌群结构和功能，有效促进肥育羔羊的生长，提高氧化能力和免疫功能，是潜在的抗生素促生长剂的替代品。

益生菌促生长抗生素替代品肥育羔羊瘤胃菌群

瘤胃菌群

发掘骆驼瘤胃中的微生物功能基因

瘤胃菌群中特有的多糖降解基因，最近受到了持续曝光。物种包括牛、羊、驼等各类反刍动物（http://www.mr-gut.cn/home/search?query=%E7%98%A4%E8%83%83）。

瘤胃菌群骆驼木质纤维素酶宏基因组多糖利用位点

瘤胃菌群

浙大刘建新等：瘤胃菌群对奶牛产奶能力的影响

来自浙江大学刘建新团队在Applied and Environmental Microbiology上发表的最新研究，对超过300头奶牛的瘤胃菌群进行了分析，鉴定出了核心菌群的组成，以及瘤胃菌群对产奶能力的影响。

瘤胃菌群奶牛 Wen-tao Lai Wen-feng Deng Shu-xian Xu

瘤胃菌群

菌群代谢物改变微生境，驱动菌群组成的变化

瘤胃菌群微生物生态菌群组装微生境修饰瘤胃微生物

瘤胃菌群

类芽孢杆菌79R4在瘤胃菌群中的潜在益生菌作用

Bioresource Technology上的最新研究，对类芽孢杆菌79R4在瘤胃菌群体外发酵过程中的作用进行了分析，发现79R4可减少甲烷产生，并提高发酵效率，增加对硝酸/亚硝酸盐的代谢能力。

瘤胃菌群类芽孢杆菌

瘤胃菌群

Microbiome：瘤胃菌群移植如何改变受体肉牛的瘤胃菌群

来自加拿大阿尔伯塔大学的华人团队的研究，对瘤胃内容物移植如何影响受体肉牛的瘤胃菌群进行了分析，对改善肉牛的饲料转化效率提供了新的思路。

瘤胃菌群肉牛菌群移植 adaptation Beef cattle

瘤胃菌群

Nature子刊：瘤胃细菌/古菌基因组再添410个

瘤胃菌群对反刍类家畜的生长有重要作用，Hungate1000项目启动于2012年，收集了来自20多个国家、多种动物的瘤胃微生物培养物，已完成410个细菌和古菌的基因组测序、组装和注释，成果在Nature Biotechnology[IF：41.667]发表，对瘤胃菌群研究的重要意义无需多言。

瘤胃菌群 Computational biology and bioinformatics Ecology Genome microbial ecology

奶牛

中国农大等：抗生素扰动奶牛肠道菌群，粪菌移植促恢复

来自中国农大+塔里木大学+石河子大学的研究，发现抗生素可破坏奶牛的前肠及中肠菌群，而粪菌移植可加速停用抗生素后的菌群恢复过程。

奶牛抗生素瘤胃菌群直肠菌群

瘤胃菌群

Nature子刊：奶牛瘤胃菌群中的913个细菌/古菌基因组

研究瘤胃菌群，对畜牧业、乳制品工业等领域具有重要意义。一项对奶牛瘤胃菌群的宏基因组研究，拼接了来自瘤胃的913个细菌/古菌基因组，极大地扩展了瘤胃菌群数据库的容量及覆盖度。

瘤胃菌群宏基因组测序

原生生物

FM：工程化改造瘤胃代谢途径

这是上个月Frontiers in Microbiology[IF：4.076]发表的一篇社论，对工程瘤胃代谢途径的现状进行了分析介绍，并对未来发展方向进行了展望，推荐专业人士参考。

原生生物反刍动物瘤胃代谢瘤胃菌群

抗生素耐药性

Microbiome：食物影响肉牛瘤胃菌群的耐药性及致病性基因

这是Microbiome[IF：8.496]发表的针对肉牛瘤胃菌群中“存储”的耐药性及致病性基因的研究，发现不同食物组合会对它们都产生影响。值得专业人士特别关注。

抗生素耐药性瘤胃菌群肉牛饲料变形菌门

抗菌肽

NPJBM：在瘤胃菌群中鉴定出的新型抗菌肽

这是NPJ Biofilms and Microbiomes发表的关于在瘤胃菌群寻找到新的具有抗菌活性的抗菌肽的研究，这很有应用启发价值，特别推荐。

抗菌肽瘤胃菌群

辅助代谢基因

Microbiome：不同膳食如何驱动瘤胃病毒组？

这是针对不同膳食结构对瘤胃病毒组的影响的研究，相关的细菌菌群研究不少，病毒组似乎不多，所以这篇文献值得特别关注。

辅助代谢基因瘤胃病毒瘤胃菌群 Auxiliary metabolic genes Phage ecology