变形菌门

炎症性肠病（IBD）是一类严重影响人类健康的慢性疾病，其发病原因与患者遗传背景、环境因素以及肠道菌群均有密切的关系。此前，针对IBD和另外一种多因素复杂疾病，多发性硬化（MS）的全基因组连锁分析发现，有多个基因座位突变与这两种疾病均有关联关系，提示两种疾病病理机制相近。SP140属于一种染色体阅读器家族蛋白成员之一，参与机体免疫，特别是巨噬细胞的功能的调节。尽管目前对SP140调节巨噬细胞的功能有了一定的了解，但是对于其在机体应对肠道菌群变化的免疫反应中的作用，以及该蛋白突变在IBD和MS中发生的机制尚不明确。近期一篇发表在Cell子刊，Cell Host and Microbe上的一篇论文报道了对SP140研究的最新成果，他们发现sp140缺失导致小鼠巨噬细胞针对杀死细菌相关基因的表达缺陷，但却促进了CD8+细胞在肠黏膜固有层的激活，加重了结肠炎症。进一步发现SP140缺失加重肠炎的表型是依赖于肠道菌群的。这一研究成果进一步揭示了sp140突变导致肠炎的病理机制，为临床治疗IBD和MS提供了重要的科学依据和潜在靶点。

SP140 巨噬细胞变形菌门炎症性肠病（IBD）肠道菌群

人体十二指肠菌群

Cell子刊：小肠菌群与衰老密切相关

人肠道内驻留着约有3.83万亿的各种微生物，对人类健康发挥着重要的作用。肠道菌群异常会导致包括炎症性肠病、2型糖尿病等疾病的发生。此前人们一直认为肠道菌群在个体成年后会相对稳定，但近期有报道显示肠道菌群的组成变化与衰老有关。但是，目前大多关于肠道菌群的研究均是通过对个体大便中的微生物进行，远远不能体现肠道菌群的情况。最近一篇发表在Cell子刊Cell Reports上的研究，通过其实验室此前建立的有效检测小肠内不同区段肠道微生物的方法，针对18-80岁的人群队列的小肠菌群进行了分析，结果显示随着年龄和衰老的过程，小肠菌群发生了巨大的变化，包括有多样性降低，变形菌和大肠杆菌增多。这些结果为通过小肠菌群干预缓解年龄对代谢和免疫功能的影响提供了重要的理论依据。

人体十二指肠菌群生理年龄伴随疾病用药情况衰老进程

Gasdermin D

中国药科大学：GSDMD限制高脂饮食诱导的肠道菌群紊乱及内毒素血症

Gasdermin D （GSDMD）是细胞焦亡发生的重要因子。但它在高脂饮食改变动物生理、肠道菌群中的作用尚不可知。中国药科大学陈思禹、Wenxiang Zhang与团队在Gut Microbes发表文章，采用高脂饮食和GSDMD-/-缺失小鼠模型对此进行了阐述。

Gasdermin D 变形菌门研究论文

囊性纤维化

Nature子刊：囊性纤维化患儿生长迟缓或与肠道菌群失调有关

囊性纤维化婴儿肠道菌群早期线性生长拟杆菌门变形菌门

肺炎克雷伯菌

Nature子刊：拟杆菌或可预防肠道肺炎克雷伯菌的定植和传播

关于病原体如何与微生物群竞争以建立其自身在宿主生态位的研究相对较少。Nature Microbiology最近的研究发现，产共生定植因子的拟杆菌门能通过IL-36信号和巨噬细胞增强肠道免疫，预防耐抗生素的肺炎克雷伯菌定殖和感染，并限制此病原菌在宿主之间的传播。但此病原体可以在呼吸道定植。本研究结果提示，拟杆菌门细菌或可预防肠道中肺炎克雷伯菌在宿主之间的传播。

肺炎克雷伯菌拟杆菌门变形菌门肠道菌群 Barbara F Oliveira

循环游离细菌DNA

脐带血中的游离细菌DNA或能预测儿童哮喘

Journal of Allergy and Clinical Immunology近期发表一项人体研究，分析了27份脐带血中的游离细菌DNA组成，发现较少的变形菌门DNA与母亲特应性和后代早期喘息风险显著相关，或能作为预测儿童哮喘的生物标志物。

循环游离细菌DNA Asthma Atopy Gram negative microbiota

脓毒症

Cell子刊：特定共生菌群诱导IgA帮小鼠抵抗败血症

免疫球蛋白A（IgA）分为分泌型和血清型，许多研究表明前者在黏膜免疫中有重要作用，而对血清型IgA的了解则相对缺乏。上周Cell Host and Microbe[IF：14.946]上线了美国宾州大学的研究，证实在小鼠肠道中定殖特定种类的细菌后，可大量诱导分泌IgA的骨髓浆细胞，使血清IgA水平明显提高，帮助小鼠抵御感染引发的败血症。这是肠道菌群参与抗系统性感染的一个例证，值得关注。

脓毒症免疫球蛋白A（IgA）变形菌门

氧气含量

Nature Reviews：非传染性疾病中的细菌-器官理论

肠道菌群可被看作是人体的一个器官，对健康有重要而复杂的作用。Nature Reviews Microbiology[IF：26.819]近期发表的这篇观点文章，由加州大学戴维斯医学院的大牛Andreas Bäumler教授主笔，对细菌-器官理论（germ-organ theory）进行了解析和讨论，认为宿主对肠道中菌群生态的控制，对菌群这一器官的组成和功能有关键影响，将菌群与非传染性疾病联系起来。这一概念与传染病学中的生源说（germ theory）有相通之处，却又区别明显。有兴趣的读者不妨了解一下。

氧气含量变形菌门细菌-器官理论 Cheng Chi Jing Sun

抗生素耐药性

Microbiome：食物影响肉牛瘤胃菌群的耐药性及致病性基因

这是Microbiome[IF：8.496]发表的针对肉牛瘤胃菌群中“存储”的耐药性及致病性基因的研究，发现不同食物组合会对它们都产生影响。值得专业人士特别关注。

抗生素耐药性瘤胃菌群肉牛饲料变形菌门

变形菌门

COM：变形菌门扩张，或是肠道上皮失调的特征（综述）

这是CURRENT OPINION IN MICROBIOLOGY[IF：6.635]发出的重要综述，描述菌群失调尤其是变形菌门的丰度升高，与肠道上皮细胞功能障碍的关联。重要综述，值得多看几遍！

变形菌门兼性厌氧菌 Pedro Gonçalves Pedro Gonçalves

变形菌门

Microbiome：1-8周龄小鼠的肺部菌群动态发育进程

这是一项设计不算新颖但结果值得特别关注的研究，对1-8周龄的小鼠的下呼吸道菌群的发育动态进行了跟踪，发现了很明显的变化，这个可能对其他动物包括人的研究有很大参考意义。

变形菌门厚壁菌门拟杆菌门放线菌门链球菌

抗生素

JPB：微量食品组分对人体肠道菌群的影响（综述）

一篇食品科学领域的人必读的综述，关注食品添加剂、污染物和其他微量组分对肠道菌群的影响，很值得深读。

抗生素拟杆菌食品乳化剂厚壁菌门食品添加剂

鹅盲肠菌群

SR：木薯叶影响中国鹅盲肠菌群多样性

中国热带农业科学院和西北农林大学团队的合作成果，推荐阅读。

鹅盲肠菌群木薯叶饲料厚壁菌门拟杆菌门

大肠癌

Gut：粪便细菌预示大肠癌？辨识度很高

利用粪便菌群检测来筛查大肠癌，越来越靠谱的感觉，推荐大家阅读。

大肠癌咽峡炎链球菌变形菌门

拟杆菌门

Microbiome：变形菌门解释肠道菌群可变性

不同肠道菌群之间为什么会有生理差异的特异性基因及分类群呢？菌群的可变性主要与哪些类型的细菌有关？看看这篇文章。

拟杆菌门肠型厚壁菌门功能冗余人体肠道微生物

食糜

SR：大西洋鲑鱼的肠道菌群跟哺乳动物很像？

大西洋鲑鱼的肠道菌群有什么特点？特别是肠道里不同段的食糜和黏膜里都有哪些细菌，这篇文章给了答案。

食糜黏膜菌群变形菌门厚壁菌门大西洋鲑鱼