抗生素耐药基因

营养不良是由于供给不足或食物不能充分吸收利用，造成能量及蛋白质缺乏，使身体不能持续正常代谢，迫使机体消耗自身的组织，从而出现体重不增或减轻、生长发育停滞、脂肪逐渐消失、肌肉萎缩等症状的一种疾病。近日，华盛顿大学医学院研究人员在Lancet Microbe发表最新研究，发现在接受严重急性营养不良治疗期间，服用抗生素的儿童体重会增加。进一步随访和采集粪便样本分析发现，对营养不良儿童进行抗生素治疗可以改善肠道微生物群的发育，但也不可忽视抗生素耐药基因在前期的累积，值得关注。

营养不良抗生素治疗研究论文基础研究肠道菌群

MGS2AMR

MGS2AMR: 用于宏基因组测序样本耐药基因的评估工具

从临床标本中鉴定致病菌并评估其抗生素耐药性 (AMR) 是一项艰巨的任务，涉及体外培养、分离和药敏测试。最近将机器学习算法应用于分离株的全基因组测序数据可较好解决这个问题。然而，利用更容易获得的宏基因组测序数据进行AMR评估仍然是一个巨大的挑战。近日，辛辛那提儿童医院医学中心研究人员在Microbiome发表最新研究，基于高通量测序数据的微生物组样本耐药基因的评估工具MGS2AMR，实测性能较好，值得关注。

MGS2AMR 抗生素耐药基因研究论文基础研究生信工具

抗生素耐药基因

iMeta：猪场的日常职业暴露改变了人的皮肤菌群和耐药组

虽然皮肤是抗生素耐药基因(ARGs)和抗生素耐药菌(ARB)的重要储存库，但两者在畜牧业环境和人类皮肤之间的传播机制尚不清楚。本文设计了一项包含猪场工人和学生两种队列的研究，结果显示，携带ARGs的微生物在猪场环境和工人皮肤之间的传播，并有可能以农场工人为媒介向社区中的人群传播。

抗生素耐药基因抗生素耐药菌猪场环境人体皮肤菌群宏基因组测序

抗生素耐药基因

益生菌中的抗生素耐药基因

Eurosurveillance上发表的一项研究，对12种常见益生菌的579个分离株的全基因组数据进行分析，对其中含有的抗生素耐药基因进行了检测。

抗生素耐药基因研究论文益生菌

抗生素耐药基因

潜在的抗生素耐药基因有哪些特点？

人类、动物和外部环境中的细菌群落保持着大量的抗生素抗性基因（ARG）。然而，我们对抗生素耐药组及其多样性的认识尚不完全清楚。Microbiome发表的研究表明，潜伏的ARG普遍存在于所有环境中，并构成了一个多样化的库，新的抗性决定因素可以从中被招募到病原体中。一些潜伏的ARG已经具有很高的移动潜力，并存在于人类病原体中，这表明它们可能构成对人类健康的新威胁。因此，为了正确评估与抗生素选择压力有关的风险，需要考虑完整的抗性体，包括潜伏的和已建立的ARG。

抗生素耐药基因

香港中文大学：抗生素和益生菌对新冠患者耐药基因有何影响？

抗生素耐药基因新冠肺炎研究论文基础研究益生菌

早产儿

早产儿补充益生菌，或可减少肠道菌群抗生素耐药性

先前多项研究报道，早产儿补充益生菌可减轻抗生素治疗的影响，降低相关疾病的发病率。但使用益生菌是否会影响早产儿肠道中抗生素耐药基因（ARGs）的流行率和持久性仍需探究。近日，麦克马斯特大学研究人员在Microbiome发表最新研究，发现相比未补充益生菌的早产儿，在住院期间给予复合益生菌可减少早产儿肠道菌群中ARGs的多样性，并有效阻止这些耐药性基因的长期停留，值得关注。

早产儿益生菌研究论文基础研究抗生素耐药基因

药物-菌群互作

大规模分析药物对人肠道菌群的潜在影响

药物对肠道菌群的影响正得到越来越多的关注。Gastroenterology近期发表一项来自日本的大队列横断面研究，分析了759种药物与肠道菌群组成和功能的关联，其中超过70%的药物是此前的药物-菌群研究中未涉及的。该研究特别关注了多重用药对菌群的影响，并通过对其中一个子队列的纵向分析，揭示了用药情况与菌群动态变化的关系。这些发现为进一步研究药物-菌群互作以及菌群对药物疗效和毒性的影响，奠定了基础。

药物-菌群互作肠道菌群多重用药抗生素耐药基因

抗生素耐药基因

抗生素对代谢健康的影响，可能与肠道菌群携带的耐药基因有关

有研究表明，抗生素对代谢健康的影响存在个体化差异。Gut Microbes近期发表一项人体研究，分析了受试者对万古霉素干预的个体化反应。结果表明，受试者肠道菌群中携带万古霉素抗性基因vanB的情况，可能通过影响万古霉素干预后的肠道菌群变化，对受试者腹部皮下脂肪组织的胰岛素敏感性造成影响。

抗生素耐药基因肠道菌群脂肪组织胰岛素敏感性万古霉素

益生菌

国内团队：干酪乳杆菌Zhang或能减少抗生素引起的菌群失调

内蒙古农业大学张文羿团队，近期在Computational and Structural Biotechnology Journal发表研究，表明抗生素治疗不仅导致宿主肠道菌群失调，还导致炎症反应和肠道菌群中抗生素耐药基因增加。而每日补充干酪乳杆菌Zhang可以缓解抗生素干预的这些不良副作用，并促进肠道菌群稳态的恢复，这些益生菌作用可能与戈氏副拟杆菌介导的有益作用有关。

益生菌干酪乳杆菌Zhang 抗生素抗生素耐药基因短链脂肪酸

抗生素

抗生素使用时长不影响抗生素耐药基因的丰度

来自EBioMedicine上发表的一项前瞻性队列研究结果，对45名接受抗生素治疗的患者及11名对照的粪便菌群及耐药组进行分析，发现抗生素使用时长（7天或14天）并未影响抗生素耐药基因的丰度，也不影响肠道菌群的多样性，但可能影响肠道噬菌体的含量。

抗生素巢式队列研究研究论文耐药组前瞻性队列研究

人工甜味剂

人工甜味剂促进细菌抗生素耐药的新机制

人工甜味剂能促进抗生素耐药基因（ARG）通过水平转移在细菌间发生传播，此前研究表明接合作用其中的一个机制，但尚不清楚人工甜味剂是否通过自然转化机制影响ARG水平转移。The ISME Journal近期发表的一项研究对该问题进行了探索，并提示人工甜味剂能对细菌造成类似抗生素的作用。

人工甜味剂食品添加剂水平基因转移抗生素耐药基因

风险评估

香港大学张彤 Nature子刊：基于组学的抗生素耐药基因风险评估框架

病原微生物的抗生素耐药性已经成为威胁人类健康的关键因素。抗生素耐药基因（ARGs）是微生物耐药的主要机制，ARGs广泛存在于自然界中，然而并不是所有的ARGs都会威胁公共健康。因此，如何有效识别和评价潜在的高风险ARGs对于人类有针对性的开展主动预防具有重要的意义。近期国内香港大学张彤团队在Nature子刊，Nature Communications上发表了他课题组最新的研究成果，他们基于组学的信息成功开发一套崭新的ARGs评估框架，该框架以抗性基因是否高度集中于与人类相关的环境中、在微生物种间的可转移性，以及在宿主（人类）内的可致病性为主要因素，将ARGs按照风险程度分成了四个级别，系统地评估了ARGs对人类所构成的风险。

风险评估评估框架抗生素耐药基因研究论文基础研究

抗生素耐药组

Cell子刊：哪些因素影响了婴儿肠道耐药组

Cell Host and Microbe上发表的一项最新研究，通过分析662名丹麦新生儿1岁之前的肠道菌群，发现婴儿的肠道耐药组受到多种因素的影响：大肠杆菌的相对丰度、环境因素、肠道菌群成熟度、哮喘相关细菌组成。

抗生素耐药组研究论文出生队列研究大肠杆菌哮喘

肝硬化

菌群耐药基因对肝硬化患者有啥影响？

肝硬化与肠道菌群变化有关，可导致肝性脑病和耐药微生物的感染。然而，肠道微生物抗生素耐药基因(ARG)丰度对临床结果的影响尚不清楚。Gastroenterology近期发表的文章，纳入163例肝硬化患者(43例代偿性肝硬化，20例腹水肝硬化患者，30例肝性脑病患者，70例同时患有腹水肝硬化和肝性脑病的患者)和40例正常个体，研究肝硬化病人肠道微生物组中抗生素耐药基因(ARG)丰度对肝病进展和预后的影响，及利福昔明对抗生素耐药基因(ARG)的影响，同时还比较了肝硬化、慢性肾病和糖尿病患者中ARG的丰度模式。结果表明，肝硬化患者呈现较高的肠道微生物ARG基因，并且通过分析先前的两项研究结果，发现肝硬化的ARG丰度可能高于糖尿病和慢性肾病患者。本研究结果提示，肠道微生物组中ARGs的检测或可用于评估肝硬化预后及作为治疗肝硬化的靶标。

肝硬化抗生素耐药基因肠道微生物组机器学习肝性脑病

菌群药物

菌群药物RBX2660可帮助rCDI患者的肠道菌群恢复

RBX2660是Rebiotix公司开发的一款菌群药物（来自健康供体的菌群悬液），正在进行治疗复发性艰难梭菌感染（rCDI）的3期临床试验。来自Microbiome上发表的一项最新研究，分析了RBX2660对rCDI患者的肠道菌群组成及耐药组的影响，发现在停用抗生素治疗后，所有患者的肠道菌群组成显著恢复，且抗生素耐药基因的相对丰度显著降低，而相比于安慰剂组，接受RBX2660治疗的患者的肠道菌群及耐药组可更快、更显著且更持久地恢复（趋近于健康供体）。

菌群药物研究论文随机双盲对照实验（RCT） RBX2660 耐药组

医院微生物组

Nature子刊：深入分析医院环境微生物组，揭示隐藏的致病菌和抗生素耐药性

院内感染是全球医疗系统共同面临的挑战，尽管消毒是控制感染的关键，但我们对医院环境微生物的定殖分布和抗生素耐药性情况，仍缺乏了解。《Nature Medicine》最新发表了来自新加坡基因组研究院Niranjan Nagarajan团队主导的研究，李陈浩博士为并列第一作者。该研究对新加坡一家医院45张床位相关的179个位置进行多时间点的重复采样，通过深度鸟枪法宏基因组测序、富集培养结合二三代测序等方法，首次深入刻画了医院中的微生物组、病原体和抗生素耐药基因及相关可移动元件的时空分布和动态变化，表明一些多重耐药致病菌株可在医院内广泛传播并稳定长期留存，从而伺机造成院内感染。这些发现为未来进一步研究如何预防院内感染提供了宝贵信息。

医院微生物组 disease prevention Microbial genetics 院内感染多重耐药微生物

抗生素

南开大学：益生菌/元及粪菌移植恢复抗生素导致的小鼠菌群及抗性组的长期紊乱

来自南开大学的毛大庆团队在《Environmental Pollution》上发表的一项最新研究，分析了单疗程抗生素处理对小鼠的肠道菌群及抗性组的影响，发现阿莫西林处理7天，可显著改变小鼠的肠道菌群组成，增加共生致病菌，减少有益菌，并导致抗生素耐药基因（ARG）的数量、丰度及多样性显著增加，且阿莫西林导致的菌群紊乱及抗性组富集可长期持续。通过补充菊粉、长双歧杆菌或粪菌移植，可不同程度地移植阿莫西林诱导的菌群组成及抗性组变化，其中，粪菌移植及菊粉对菌群组成的恢复最为有效，而菊粉对抗性组增加的抑制作用最为显著。

抗生素 amoxicillin inulin Bifidobacterium logum Fecal microbiota transplantation (FMT)

抗生素耐药性

华南农大团队：环境变化影响肠道菌群和耐药基因组成

人体胃肠道是一个开放的生态系统，可直接或间接从外部环境中（例如食物、水、土壤和动物）中获取微生物。但是，环境与人类肠道菌群之间微生物交换的程度和持续时间仍未得到很好的理解。养殖环境因富含大量的微生物，成为菌群和耐药基因交换研究的热点地区。华南农业大学刘雅红团队与合作者近期在Nature Communications发表研究发现，猪场的职业暴露会影响人的肠道微生物组，从而导致潜在动物病原菌和抗生素耐药基因在肠道内的富集。比较学生与猪场工人及猪场环境的宏基因组样本，发现在学生、工人和环境间普遍存在菌株和耐药基因交换。该研究揭示了生活环境的短暂变化是如何以及在多大程度上塑造了人类肠道菌群及其耐药性。

抗生素耐药性 Antimicrobial resistance metagenomics microbial ecology Microbiome

候鸟

中科院微生物所团队：候鸟肠道菌群中的耐药组

人及动物的肠道菌群可能作为抗生素耐药基因的“蓄水池”。来自中国科学院微生物研究所的高福团队及朱宝利团队在Microbiome上发表的一项最新研究，对多种不同的候鸟物种的肠道菌群宏基因组进行了分析，重点关注了其中的抗生素耐药基因的多样性与丰度，提示候鸟可能作为环境中抗生素耐药基因的传播者。

候鸟耐药组 Microbiome Resistome antibiotic resistance

耐药组

Nature子刊：口腔菌群及肠道菌群中的耐药组差异

Nature Communications上发表的一项最新研究，对比分析了口腔菌群与肠道菌群中的耐药组差异，发现，口腔中的耐药组丰度高于肠道，但多样性较低。结果提示，在对抗生素耐药性进行监测时，除肠道菌群外，应考虑口腔菌群在内的身体其它部位的菌群。

耐药组耐药组口腔菌群抗生素耐药基因 Joshua Soto Ocaña

抗生素耐药基因

Nature子刊：使用抗菌药物或促进肠道内耐药基因转移

肠道共生细菌携带着大量抗生素耐药基因，很可能是致病细菌获得耐药性的重要来源。Nature Microbiology近期发表一项来自越南的研究，发现索氏志贺氏菌很可能从肠道中的共生大肠杆菌中获得多重耐药性，而且抗生素用药有可能进一步促进耐药基因的细菌间转移。本研究对于指导合理使用抗生素治疗肠道细菌感染、有效管控耐药细菌产生和积累有一定借鉴作用。

抗生素耐药基因耐药基因转移研究论文肠道感染 Anne-Gaëlle Goubet

抗生素

南开大学团队：中国人群的肠道抗性组及抗生素残留

来自南开大学的罗义和毛大庆与团队在Science of the Total Environment上发表的一项最新研究，从中国3个省份收集上百份粪便样本，对比分析了健康人（6个月内未接受过抗生素治疗）及患者（1个月内接受过抗生素治疗）的肠道抗性组、菌群、及抗生素残留情况，发现近期使用抗生素可降低肠道菌群多样性，增加肠道中的抗生素耐药基因水平。

抗生素 antibiotic resistome Gut microbiota antibiotic therapy Chinese patient

抗生素耐药基因

Nature子刊：瘤胃菌群中的抗生素耐药基因

Nature Communications上发表的一项最新研究，通过基因组测序及宏转录组分析，鉴定出了瘤胃菌群（包括细菌及古菌）中存在的抗生素耐药基因。

抗生素耐药基因瘤胃菌群抗生素耐药基因 Xianglin Zhu Ruijie Deng

淡水鲤鱼

中科大：我国淡水鲤鱼肠道菌群及其抗生素耐药性分析

淡水鱼养殖中也存在抗生素滥用现象，由此引起的鱼肠道内耐药菌增多，可能对人体健康造成威胁。中国科学技术大学盛国平团队，分析了来自合肥4个零售市场的32条淡水鲤科鱼类（草鱼、鲢鱼、鳙鱼和鲫鱼）的肠道菌群组成、抗生素耐药基因和重金属（银、汞）抗性基因，再次表明应尽快改善水产养殖中的抗生素使用情况。

淡水鲤鱼 Chinese freshwater carp Fish gut Antibiotic resistance genes Gut microbiota

抗性组

不同抗生素对肠道抗性组的不同影响

BMC Biology上发表的一项多中心纵向队列研究结果，对比了2组使用不同抗生素的血液病患者，发现不同抗生素对肠道菌群的多样性影响相似，但对抗性组的影响有显著差异，而抗生素对抗性组的影响还受到治疗前患者的菌群、抗性组、质粒、用药情况等因素的影响。

抗性组 Antibiotic impact prediction Antimicrobial resistance Metagenomics study Plasmid expansion

抗生素耐药基因

病毒或促进抗生素耐药基因的散播

来自ISME Journal上发表的一项最新研究，对不同环境下不同形式的病毒（噬菌体）中携带的抗生素耐药基因进行了分析。

抗生素耐药基因病毒抗生素耐药基因噬菌体 Ailsa A Welch

杀真菌剂

浙工大钱海丰团队：杀真菌剂增加土壤动物肠道内的耐药性基因

来自浙江工业大学的钱海丰团队在Environment International上发表的一项最新研究，发现使用杀真菌剂嘧菌酯处理可显著影响土壤菌群，以及土壤动物（线蚓）的肠道菌群，并富集线蚓肠道中的抗生素耐药基因。

杀真菌剂 Antibiotic resistance genes Azoxystrobin Enchytraeus Fungicide

宏基因组分析方法

培养富集+测序可揭示肠道细菌核心及附属基因

宏基因组分析方法 Microbiome antibiotic resistance Pangenome Metagenomics assembly comparative genomics

抗生素耐药性

饲喂抗生素有助于耐药性在水产中富集和散布

《Microbiome》近期发表研究，发现饲喂抗生素类药物增加了帕库鱼肠道菌群的抗生素耐药基因、基因移动原件以及其他多种功能基因丰度，菌群的耐药性和基因转移能力大大增加。该结果显示抗生素的使用会导致抗生素耐药性在水产养殖系统中富集和散布，对于管控耐药性具有参考价值。

抗生素耐药性 Antibiotic resistance genes Florfenicol gut microbiome metagenome