Antimicrobial resistance

Microbiome Antimicrobial resistance Mobile genetic elements anthropogenic forces processual microbial ontology

工业化影响了人类肠道生态系统，改变了微生物的组成和多样性。细菌基因组是否也能适应宿主种群的工业化，目前尚不清楚。Cell最新发表的文章，通过对工业化和非工业化地区的15个人群的肠道细菌进行分析，发现基因的水平转移（HGT）在近几代宿主的肠道菌群中积累，发生频率很高，而且工业化的生活方式与较高的HGT比率有关。即肠道细菌在适应宿主生活方式的基础上不断获得新的功能，较高速率的HGT可能与人类历史中工业化发展有关。

肠道细菌基因水平转移工业化 human gut microbiome Industrialization

鸡胸肉

微生物组分析检测零售鸡胸肉质量

鸡胸肉微生物组学 chicken Microbiome Shotgun metagenomics

粪菌移植

粪菌移植对多药耐药菌定殖患者的疗效

Clinical Infectious Diseases上发表的一项最新研究，对比分析了粪菌移植在多药耐药菌定殖中的疗效，发现虽然粪菌移植后的多药耐药菌去定殖率不高（约41%），但粪菌移植可显著减少患者的抗生素使用、住院时间及菌血症发生率。

粪菌移植 Antimicrobial resistance gut microbiome fecal microbiota transplant multi-drug resistant bacteria

耐药组

养殖场与屠宰场工人的粪便耐药组

Environment International上发表的一项最新研究，对比分析了养鸡场工人、养猪场工人、猪肉屠宰场工人及对照的粪便抗菌素耐药基因（ARG），发现粪便耐药组受到养殖场类型、养殖场工作时间、屠宰线工作位置等因素的影响。

耐药组 Resistome Microbiome Antimicrobial resistance occupational exposure

生牛乳

生牛乳耐药基因 Antimicrobial resistance metagenomics Public health

耐药组

呼吸道中的核心耐药组

《American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine》上发表的一项最新研究，对患有严重哮喘、慢性阻塞性肺病（COPD）、支气管扩张等慢性呼吸道疾病的患者及健康人的呼吸道样本进行宏基因组分析，鉴定出了一类以大环内酯类抗生素耐药基因为主的核心耐药组，该核心耐药组与疾病状态及抗生素暴露无关。另外，通过对比分析患者的呼吸道样本及其使用的吸入器，发现两者之间的菌群及耐药组有着很大的重叠，提示吸入器菌群可作为替代，用于评估慢性呼吸道疾病患者的呼吸道菌群。

耐药组 Respiratory disease metagenomics Antimicrobial resistance Macrolides

抗生素耐药性

华南农大团队：环境变化影响肠道菌群和耐药基因组成

人体胃肠道是一个开放的生态系统，可直接或间接从外部环境中（例如食物、水、土壤和动物）中获取微生物。但是，环境与人类肠道菌群之间微生物交换的程度和持续时间仍未得到很好的理解。养殖环境因富含大量的微生物，成为菌群和耐药基因交换研究的热点地区。华南农业大学刘雅红团队与合作者近期在Nature Communications发表研究发现，猪场的职业暴露会影响人的肠道微生物组，从而导致潜在动物病原菌和抗生素耐药基因在肠道内的富集。比较学生与猪场工人及猪场环境的宏基因组样本，发现在学生、工人和环境间普遍存在菌株和耐药基因交换。该研究揭示了生活环境的短暂变化是如何以及在多大程度上塑造了人类肠道菌群及其耐药性。

抗生素耐药性 Antimicrobial resistance metagenomics microbial ecology Microbiome

广泛耐药（XDR）

Nature Reviews：临床开发抗菌药的现状和方向（综述）

此文综述了临床开发中的抗菌剂，并确认了这些新型抗菌剂的范围有限，尤其是针对革兰氏阴性关键优先病原体。特别是，所有正在开发的针对关键优先病原体的药剂都表现出某种程度的预先存在的交叉耐药性。研发新的抗菌药物，尤其是针对世卫组织关键优先病原体的抗菌药物的需求仍然很旺盛。为了提供针对最强耐药性病原体的药物并为未来不可预测的耐药性挑战做准备，应将精力集中在没有预先存在交叉耐药性的创新和抗菌剂上（即针对新类别或新靶标）。新抗生素的发现需要长时间的持续投入，需要大量的资源来解决新型抗菌剂的众多挑战，还需要集体努力来扩大科学基础。

广泛耐药（XDR）泛耐药（PDR）抗菌剂革兰氏阴性菌交叉抗性

抗生素抗性基因(ARG)

移居美国或导致肠道中抗生素抗性基因的快速持续获

Clinical Infectious Diseases发表的文章，通过对粪便菌群进行宏基因组测序分析，发现从泰国移居美国的女性，其肠道中抗生素抗性基因的富集和丰度快速增加。

抗生素抗性基因(ARG) Antimicrobial resistance Antibiotic resistance genes gut resistome human migration

抗性组

不同抗生素对肠道抗性组的不同影响

BMC Biology上发表的一项多中心纵向队列研究结果，对比了2组使用不同抗生素的血液病患者，发现不同抗生素对肠道菌群的多样性影响相似，但对抗性组的影响有显著差异，而抗生素对抗性组的影响还受到治疗前患者的菌群、抗性组、质粒、用药情况等因素的影响。

抗性组 Antibiotic impact prediction Antimicrobial resistance Metagenomics study Plasmid expansion

婴儿肠道菌群

Nature子刊：抗生素和住院治疗对早产儿肠道菌群有长期影响

早产儿易患感染性疾病，因此在出生后的住院期间，通常会接受较多的抗生素治疗。这些因素对早产儿肠道菌群以及菌群的抗生素耐药性有何长期影响？Nature Microbiology近期的一项研究，通过宏基因组学、细菌分离培养和机器学习等分析手段，对这一问题进行了深入研究。

婴儿肠道菌群 Antimicrobial resistance metagenomics Microbiome 早产儿

抗生素耐药性

Nature：特定肠道菌产生的羊毛硫抗生素可抵抗耐万古霉素肠球菌

耐万古霉素肠球菌（VRE）是院内感染的一个主要原因，难以治疗。肠道共生菌群可抑制VRE的定植，但对于接受大量抗生素治疗的患者，由于肠道菌群被破坏，发生VRE感染的风险大大增加。Nature发表的一项最新研究，从共生菌Blautia producta BPSCSK菌株中鉴定出可抵抗VRE定植的细菌产物——羊毛硫抗生素，并通过分析VRE感染高危患者肠道菌群和小鼠试验表明，羊毛硫抗生素及其产生菌或能帮高危患者重建对VRE的抗性。

抗生素耐药性 Antimicrobial resistance metagenomics Microbiome 耐万古霉素肠球菌

Antimicrobial resistance

城市海滩和污水中抗生素抗性组研究

本文实验设计简单，分析思路清晰，结果描述简明。适合研究抗生素耐药基因的同行作为入门级参考文献，学习和模仿其分析方法和结果描述的基本套路，助力你快速上手宏基因组学分析和结果解读，早日冲击高水平文章。

Antimicrobial resistance Bacterial pathogens Beach metagenomics Sewage

慢性感染

益生菌通过生物膜启发包封和抗生素共同给药治疗慢性感染

细菌耐药性的出现对医疗保健构成了重大挑战。益生菌提供了一种潜在的替代治疗方法，但通常与抗生素本身不相容，从而降低了它们的整体治疗效用。这项工作使用生物膜启发的益生菌包封，并使益生菌和抗生素共同给药。在共培养中完全根除耐甲氧西林金黄色葡萄球菌和铜绿假单胞菌的能力。未来工作可探索将益生菌直接掺入伤口敷料中，以及评估这种方法在其他相关应用中的潜力，例如共同给予口服抗生素和益生菌以预防抗生素相关的腹泻。

慢性感染 alginate Antimicrobial resistance chronic wounds encapsulation

抗生素耐药性

抗抑郁药引起大肠杆菌的多重耐药性

一些非抗生素药物也可能引起抗生素耐药性的产生。Environment International上发表的一项最新研究表明，抗抑郁药物氟西汀（一种5羟色胺再摄取抑制剂）可引起大肠杆菌产生多重耐药性，原理可能是通过ROS介导的突变上调外排泵的表达，以促进抗生素从细菌胞内的排出。

抗生素耐药性 Antimicrobial resistance Multiple antibiotic resistance AcrAB-TolC ROS-mediated mutagenesis

抗生素耐药性

Nature子刊：欧洲九国养殖猪和鸡的抗生素耐药组特征

动物养殖中常用到抗生素，导致的抗生素耐药菌可能给人类健康带来威胁。Nature Microbiology的一项最新研究，用鸟枪法宏基因组学分析了欧洲9个国家共350多个养猪和养鸡场的耐药组情况，值得专业人士关注。

抗生素耐药性耐药组动物养殖猪鸡

抗生素使用

2000年-2015年全球抗生素用量增势和地区分布

《PNAS》发表了基于76国的2000年-2015年全球抗生素用量研究，发现抗生素药物用量增加与地区经济发展水平有关，中低收入国家是用药增加的主要推动力，同时也指出合理用药需要考虑地区人口、经济情况，制定相关政策需要参考全球和地区性的耐药状况。

抗生素使用 Antimicrobial resistance low-income countries defined daily doses antibiotic stewardship

质粒

mBio：警惕医院内的抗生素耐药性

碳青霉烯类抗生素是治疗严重细菌感染的重量级武器，但能生成碳青霉烯酶的细菌（CPO）可对其产生抗性，医院内感染CPO发病率和死亡率都令人担忧。mBio[IF：6.956]近期发表了美国NIH临床中心的一份报告，调查了美国医院内的CPO及其携带的耐药基因质粒等情况，结果不容乐观，推荐医院管理者参考。

质粒耐药性碳青霉烯类抗生素 Antimicrobial resistance carbapenem resistant

趋化因子

mBio：CXC趋化因子如何杀伤多重耐药革兰氏阴性菌？

这是关于CXC趋化因子（CXCL9与CXCL10）杀伤多重耐药性革兰氏阴性菌的机制研究，推荐专业人士阅读。

趋化因子粘菌素耐药性 Gram negative Antimicrobial resistance carbapenem

耐药组

Microbiome：通过富集系统检测宏基因组中低丰度的耐药组分

这是关于在宏基因组富集耐药相关组分的方法学研究，特别推荐专业人士阅读。

耐药组分子富集 Resistome Antimicrobial resistance Molecular enrichment

救护车

Microbiome：美国的救护车里有什么细菌？

这是针对美国各地救护车中的微生物的研究，研究对象比较特殊，这是与急病病人密切相关的狭窄封闭空间，其中的院内感染相关细菌和耐药菌可能有潜在风险。为此这项研究有一定的参考和指导意义，值得关注。

救护车 Ambulance Antimicrobial resistance Classification Hospital-acquired infections

微流控技术

TB：微流控技术在应对耐药性上的应用（综述）

这是Trends in Biotechnology[IF：11.126]发表的关于微流控技术应用于抗生素耐药性应对的重要综述，值得专业人士认真看看，必有收获。

微流控技术抗菌素耐药性 Antimicrobial resistance antimicrobial susceptibility testing drug discovery

弯曲杆菌

EM：南非的海鸥，或传播病原菌和耐药基因！

这是一项在南非开展的研究，发现天上飞的海鸥，像地上走的和被人吃的其他动物一样，可能是病原菌和耐药基因传播的有效宿主。有趣并也是值得关注的研究，特别推荐！

弯曲杆菌沙门氏菌海鸥耐药性 PFGE

Antimicrobial resistance

粪菌移植使抗生素耐药性的条件致病菌肠道去定殖：综述

① 多耐药性细菌感染的治疗方式有限且效果不佳； ② 粪菌移植是多耐药性细菌感染的新治疗手段； ③ 已有8个案例报道了粪菌移植成功使多耐药性细菌肠道去定殖,另有5项正在进行中的实验； ④ 这些多药性细菌包括万古霉素耐药性肠球菌、甲氧西林耐药性金黄色葡萄球菌等。

Antimicrobial resistance bacterial infections bacteriotherapy Fecal microbiota transplantation multidrug resistance

Antimicrobial resistance

转录组分析熊果酸和白藜芦醇抑制耐甲氧西林金黄色葡萄球菌生物膜形成过程

①熊果酸主要通过减少氨基酸代谢和粘附素表达起作用，而白藜芦醇主要作用是干扰细菌密度感应效应（QS）和影响表明蛋白和分泌蛋白表达及加膜多糖形成；②熊果酸和白藜芦醇具有抑制生物膜形成活性，可用于辅助治疗金黄色葡萄球菌感染。

Antimicrobial resistance Biofilms Diana M Shih Aldons J Lusis