耐药组

抗药性基因组是微生物组中抗生素抗药性基因（ARGs）的集合，与临床相关抗生素抗药性的产生有关。然而，耐药性组与抗生素治疗和非抗生素治疗疾病之间的一致性尚未确定。Microbiome发表的研究中，重新分析了来自 26 项病例对照研究的人类肠道微生物组数据，以评估疾病与抗药性组之间的联系。结果发现，使用抗生素治疗的疾病与肠道抗性基因组的增加有关，这表明历史上抗生素的暴露对疾病相关菌株的 ARG 获取产生了相当大的选择性压力。

耐药组抗生素

抗生素

Nature子刊：抗生素如何影响婴儿的肠道菌群及耐药组

Nature Communications上发表的一项最新研究结果，在147名早发型新生儿败血症（sEONS）患儿及80名未使用抗生素的健康婴儿中，对比分析了不同抗生素组合对婴儿肠道菌群及耐药组的影响。

抗生素研究论文随机对照试验婴儿耐药组

抗生素

抗生素使用时长不影响抗生素耐药基因的丰度

来自EBioMedicine上发表的一项前瞻性队列研究结果，对45名接受抗生素治疗的患者及11名对照的粪便菌群及耐药组进行分析，发现抗生素使用时长（7天或14天）并未影响抗生素耐药基因的丰度，也不影响肠道菌群的多样性，但可能影响肠道噬菌体的含量。

抗生素巢式队列研究研究论文耐药组前瞻性队列研究

耐药组

猪场抗生素耐药组-何为关键影响因素？

集约养殖好还是粗放养殖好？在抗生素耐药性（AMR）已成为全球健康威胁的今天，除了回答是不是，还要探讨缘何而来。来自Microbiome上发表的最新研究，对西班牙全国38个猪场共467个微生物相关样品进行了分析。结果表明环境样品耐药基因（ARG）多样性较高。而比较生产系统则显示集约养殖ARG增多。这是否意味着从科学管理的角度出发，可以有效的减少ARG对人类的影响？

耐药组集约养殖研究论文基础研究养猪场

抗生素

抗生素扰动对人体肠道菌群的影响（综述）

Genome Medicine近期发表的综述文章，详细总结了抗生素对不同阶段人体肠道菌群的扰动作用，归纳了其中的关键影响因素，推荐专业人士参考。

抗生素 gut microbiome Resistome antibiotics Perturbation

菌群药物

菌群药物RBX2660可帮助rCDI患者的肠道菌群恢复

RBX2660是Rebiotix公司开发的一款菌群药物（来自健康供体的菌群悬液），正在进行治疗复发性艰难梭菌感染（rCDI）的3期临床试验。来自Microbiome上发表的一项最新研究，分析了RBX2660对rCDI患者的肠道菌群组成及耐药组的影响，发现在停用抗生素治疗后，所有患者的肠道菌群组成显著恢复，且抗生素耐药基因的相对丰度显著降低，而相比于安慰剂组，接受RBX2660治疗的患者的肠道菌群及耐药组可更快、更显著且更持久地恢复（趋近于健康供体）。

菌群药物研究论文随机双盲对照实验（RCT） RBX2660 耐药组

耐药组

养殖场与屠宰场工人的粪便耐药组

Environment International上发表的一项最新研究，对比分析了养鸡场工人、养猪场工人、猪肉屠宰场工人及对照的粪便抗菌素耐药基因（ARG），发现粪便耐药组受到养殖场类型、养殖场工作时间、屠宰线工作位置等因素的影响。

耐药组 Resistome Microbiome Antimicrobial resistance occupational exposure

人肠道宏基因组

印度中部人群的肠道细菌和病毒组成和功能

Gut Microbes上发表的一项研究，分析了印度中部城市和农村人群的肠道细菌和病毒的组成、功能和耐药组，以及地理、腹泻等因素对菌群的影响。

人肠道宏基因组 gut microbiome antibiotic resistome Virome diarrhea

耐药组

呼吸道中的核心耐药组

《American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine》上发表的一项最新研究，对患有严重哮喘、慢性阻塞性肺病（COPD）、支气管扩张等慢性呼吸道疾病的患者及健康人的呼吸道样本进行宏基因组分析，鉴定出了一类以大环内酯类抗生素耐药基因为主的核心耐药组，该核心耐药组与疾病状态及抗生素暴露无关。另外，通过对比分析患者的呼吸道样本及其使用的吸入器，发现两者之间的菌群及耐药组有着很大的重叠，提示吸入器菌群可作为替代，用于评估慢性呼吸道疾病患者的呼吸道菌群。

耐药组 Respiratory disease metagenomics Antimicrobial resistance Macrolides

菌群结构影响因素

肠道菌群组成、功能及耐药组主要受生活方式影响

通过对比不同生活方式下、不同地理区域中的相近物种，可分析宿主生活方式、地理因素及宿主物种对肠道菌群的影响。ISME Journal上发表的一项最新研究，通过对比生活在刚果的野生黑猩猩及大猩猩、生活在野生动物附近的刚果人、生活在美国的圈养黑猩猩及大猩猩的肠道菌群，发现相比于地理因素，菌群的组成、功能及耐药组受到生活方式的影响更大。同时，该研究鉴定出了一系列新的抗生素耐药基因。

菌群结构影响因素 metagenomics microbial ecology Microbiome 耐药组

抗生素耐药性

华南农大团队：环境变化影响肠道菌群和耐药基因组成

人体胃肠道是一个开放的生态系统，可直接或间接从外部环境中（例如食物、水、土壤和动物）中获取微生物。但是，环境与人类肠道菌群之间微生物交换的程度和持续时间仍未得到很好的理解。养殖环境因富含大量的微生物，成为菌群和耐药基因交换研究的热点地区。华南农业大学刘雅红团队与合作者近期在Nature Communications发表研究发现，猪场的职业暴露会影响人的肠道微生物组，从而导致潜在动物病原菌和抗生素耐药基因在肠道内的富集。比较学生与猪场工人及猪场环境的宏基因组样本，发现在学生、工人和环境间普遍存在菌株和耐药基因交换。该研究揭示了生活环境的短暂变化是如何以及在多大程度上塑造了人类肠道菌群及其耐药性。

抗生素耐药性 Antimicrobial resistance metagenomics microbial ecology Microbiome

候鸟

中科院微生物所团队：候鸟肠道菌群中的耐药组

人及动物的肠道菌群可能作为抗生素耐药基因的“蓄水池”。来自中国科学院微生物研究所的高福团队及朱宝利团队在Microbiome上发表的一项最新研究，对多种不同的候鸟物种的肠道菌群宏基因组进行了分析，重点关注了其中的抗生素耐药基因的多样性与丰度，提示候鸟可能作为环境中抗生素耐药基因的传播者。

候鸟耐药组 Microbiome Resistome antibiotic resistance

耐药组

Nature子刊：口腔菌群及肠道菌群中的耐药组差异

Nature Communications上发表的一项最新研究，对比分析了口腔菌群与肠道菌群中的耐药组差异，发现，口腔中的耐药组丰度高于肠道，但多样性较低。结果提示，在对抗生素耐药性进行监测时，除肠道菌群外，应考虑口腔菌群在内的身体其它部位的菌群。

耐药组耐药组口腔菌群抗生素耐药基因 Joshua Soto Ocaña

婴儿肠道菌群

Nature子刊：抗生素和住院治疗对早产儿肠道菌群有长期影响

早产儿易患感染性疾病，因此在出生后的住院期间，通常会接受较多的抗生素治疗。这些因素对早产儿肠道菌群以及菌群的抗生素耐药性有何长期影响？Nature Microbiology近期的一项研究，通过宏基因组学、细菌分离培养和机器学习等分析手段，对这一问题进行了深入研究。

婴儿肠道菌群 Antimicrobial resistance metagenomics Microbiome 早产儿

抗生素

短期使用抗生素后，肠道菌群及耐药组可快速恢复

Scientific Reports上发表的一项最新研究表明，短期使用抗生素（一周）后，肠道菌群及耐药组均发生显著变化，但在停止抗生素使用后，肠道菌群及耐药组将很快地恢复正常水平。

抗生素耐药组 Kathleen M Krol Kathleen M Krol

抗生素耐药性

Nature子刊：欧洲九国养殖猪和鸡的抗生素耐药组特征

动物养殖中常用到抗生素，导致的抗生素耐药菌可能给人类健康带来威胁。Nature Microbiology的一项最新研究，用鸟枪法宏基因组学分析了欧洲9个国家共350多个养猪和养鸡场的耐药组情况，值得专业人士关注。

抗生素耐药性耐药组动物养殖猪鸡

耐药组

Microbiome：通过富集系统检测宏基因组中低丰度的耐药组分

这是关于在宏基因组富集耐药相关组分的方法学研究，特别推荐专业人士阅读。

耐药组分子富集 Resistome Antimicrobial resistance Molecular enrichment

低收入

Nature：低收入人群中有何特殊菌群和耐药组

小秘书友情提醒，今日MC人物频道正式上线

低收入菌群耐药组 Jolie TK Ho James C B Li