耐药基因

宠物有助于人们的身心健康，并且经常与它们的主人生活在一起。然而，宠物携带的抗生素耐药基因及其对主人和生活环境的影响尚不清楚。近日，华南农业大学廖新俤、杨亦文及团队在Microbiome发表最新研究，比较了猫、人类及生活环境的抗生素耐药基因（ARG）谱，以确定猫和人类肠道中核心ARG，以及猫通过环境对人类肠道ARG的影响，发现猫可能会塑造生活环境耐药组，影响人类肠道中一些ARGs的组成，值得关注。

宠物猫耐药基因研究论文基础研究菌群-环境

微生物基因组目录

魏辅文+赵方庆等：构建大熊猫高质量肠道微生物组目录

肠道菌群在宿主适应和进化中发挥着重要作用，但在野生哺乳动物自然种群中研究不足。从宏基因组学的角度可进一步探究宿主的适应性进化和加强濒危哺乳动物的保护工作。近日，中科院动物所魏辅文、中科院北京生命科学研究院赵方庆及团队在Microbiome发表最新研究，基于439份大熊猫粪便样本长、短读长测序数据，构建大熊猫高质量肠道微生物组目录（PandaGut），共识别出820个MAGs和237万个独特基因，并构建划分出三种代表性肠型，值得关注。

微生物基因组目录大熊猫研究论文基础研究肠道菌群

抗生素

Nature子刊：抗生素对人类肠道微生物组耐药性的影响

抗生素的广泛使用推动了病原微生物耐药性的进化，既增加了微生物耐药性基因（ARGs）的流行率，又通过水平基因转移在物种间传播。然而，ARGs对于人体相关的更广泛的共生微生物群落的影响还不太清楚。近日，韩国中央大学研究人员在Nature Communications发表最新研究，通过人体不同部位微生物组宏基因组样本，评估ARGs在种群水平上的影响，发现ARGs的新颖性、种类及多样性和人体采样点、国家、抗生素使用有关，还发现人体肠道ARGs可能存在两种不同的抗性型，值得关注。

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抗生素

住院治疗和口服抗生素对马肠道菌群和耐药基因有何影响？

住院治疗和抗生素治疗在马中很常见，对肠道菌群有显著影响。抗生素治疗还可能增加粪便中耐药细菌的水平，并可能传播到其他生态区域，如环境、其他动物和人类。近日，荷兰乌得勒支大学研究人员在Microbiome发表最新研究，选取6匹健康的威尔斯小型马，在起始阶段、住院期、磺胺嘧啶-甲氧苄啶治疗期、出院1周及6月后分别采集粪便测序，发现无抗干预的住院不影响肠菌组成，口服磺胺嘧啶-甲氧苄啶对肠道微生物群组成和耐药组有快速和持久的影响，使马肠道成为耐药细菌的储存库和潜在来源，通过传播对动物和人类健康构成风险，值得关注。

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肠致病性大肠杆菌

耐药基因mcr-1可促进致病性大肠杆菌与宿主共生

质粒介导的耐药基因mcr-1使大肠杆菌对粘菌素产生耐药，为其向泛耐药进化铺平了道路。近日，法国克莱蒙奥弗涅大学研究人员在Microbiome发表最新研究，使用编码或不编码耐药基因mcr-1的质粒转化的同源大肠杆菌，评估mcr-1在无抗生素的情况下对肠道定植的影响，发现mcr-1及其类似物有利于大肠杆菌谨慎侵入肠道生态系统，削弱其致死作用，促进其生活方式转向共生平衡。

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国际旅行

Nature子刊：腹泻对国际旅行者肠道菌群和耐药基因有何影响？

国际旅行可能会导致抗生素耐药性的全球传播，旅行者腹泻会进一步加剧感染耐多药类型微生物的风险，并可能导致旅行后持续的胃肠道疾病。然而，目前关于腹泻对旅行者肠道菌群和耐药基因动态传播有何影响仍知之甚少。近日，美国华盛顿大学研究人员在Nature Communications发表最新研究，纳入159名访问秘鲁库斯科城的国际学生，纵向收集718份（144份腹泻和574份非腹泻）粪便样本测序。相比无腹泻人群，腹泻患者的肠道菌群组成发生显著变化（但多样性相对稳定），抗生素耐药基因丰度更高，且致泻性大肠杆菌在耐药基因携带方面起关键作用。总之，该研究表明国际旅行者的肠道菌群对生态失调具有弹性，但他们也容易被耐多药细菌定植，这种风险在患有腹泻的旅行者中更为明显。

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耐药基因

Nature子刊：新生儿肠道菌群中耐药基因或起关键作用

本研究通过对大样本肠道菌群的检测和耐药基因的识别，发现新生儿肠道中耐药基因的分布情况，并分析了耐药基因的携带与医疗保健/环境因素之间潜在的关联。本研究为常规开展耐药基因的监测提供了科学依据。

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抗生素耐药

病毒感染后，抗生素治疗对猪耐药性有何影响？

猪繁殖与呼吸综合征（PRRS）是由猪繁殖与呼吸综合征病毒引起的一种高度接触性传染病，以妊娠母猪和仔猪最为常见，严重危害全球养猪业。许多抗生素被用于治疗PRRS，但其对猪微生群抗生素耐药性的影响仍需进一步探究。近日，美国明尼苏达大学研究人员在Microbiome发表最新研究，发现仔猪断奶早期菌群组成和耐药基因丰富度和多样性发生显著变化，到44天后基本稳定，猪暴露于病毒会出现许多罕见和低丰度的ARG。此外，发现时间驱动对微生物组和耐药组影响远大于病毒攻击和抗生素暴露，值得关注。

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婴幼儿配方奶粉

国内团队：我国婴幼儿配方奶粉中蜡样芽胞杆菌现况

通过对北京市场上销售的婴幼儿配方奶粉样品抽查检验后发现，婴儿配方奶粉中蜡状芽孢杆菌的流行率仍然很高，存在抗生素耐药基因和毒力基因。本研究提示蜡样芽孢杆菌可能是北京地区婴儿配方奶粉食物中毒的重要病原体，需要采取一定的控制措施。

婴幼儿配方奶粉耐药毒力基因耐药基因

益生菌

Nature子刊：益生菌如何影响肠道耐药组？

抗菌药物耐药性对人类健康构成严重威胁，而肠道菌群含有丰富的耐药基因，且可从共生菌向病原菌传递，被称为肠道耐药组。益生菌通常被许多健康人食用或与抗生素联合使用，而益生菌对肠道耐药组的影响仍不清楚。Nature Microbiology近期发表的文章，通过分析肠道原位（经内镜取样）的耐药组，发现虽然益生菌可减少未经抗生素治疗的易定植（而非抗定植）个体的肠内耐药基因的数量，但抗生素治疗后，益生菌会使耐药组扩张。同时，研究发现粪便样本无法反映肠道原位的耐药组，因此直接从肠道原位采样对分析益生菌和抗生素对肠道耐药组的影响非常重要。

益生菌耐药基因个体特异性抗生素

宏基因组学

使用PathoFact鉴定宏基因组中毒力因子和耐药基因

PathoFact是一个能够高度准确地（分别为0.921、0.832和0.979）和特异性（0.957、0.989和0.994）对毒力因子、细菌毒素和耐药基因进行预测的工具。该工具结合了这些致病因子的预测和可移动遗传元件的识别。通过考虑相关基因的基因组背景，这为分析提供了进一步的深度。此外，PathoFact的毒力因子，毒素和抗菌素耐药基因模块可以独立应用，从而使其成为一个灵活而通用的工具。在预测毒力因子和毒素基因方面，PathoFact优于所有现有的工作流程。在预测抗菌素耐药性方面，它的性能可与一套流程相媲美，而优于其他。PathoFact及其模型和数据库可在https://pathofact.lcsb.uni.lu上免费获得。

宏基因组学毒力因子耐药基因可移动遗传元件模块化

胎儿肠道微生物

农科院：多组学分析揭示，羔羊出生前肠道中已定植微生物

长期以来，人们一直认为子宫是无菌的，胎儿微生物群的建立始于出生时。尽管已经在胎盘、羊水、胎膜和胎粪中检测到微生物，但对于分娩前胎儿肠道中是否存在微生物尚无共识。Gut近期发表的来自中国农业科学院刁其玉团队的研究，以羔羊为动物模型，通过对盲肠内容物样本进行宏基因组和宏转录组测序分析，证明胎儿出生前肠道中含有微生物，并且胎儿肠道的微生物定植开始于子宫。这些发现促进了我们对胎儿肠道菌群的理解，并有助于设计临床治疗方案，改善人类健康和治疗与肠道菌群失调相关的疾病。

胎儿肠道微生物多组学分析羔羊肠道微生物微生物代谢物噬菌体

生牛乳

生牛乳耐药基因 Antimicrobial resistance metagenomics Public health

抗生素耐药菌

人类引起环境中的抗生素耐药基因爆发，原因何在？

人类活动可影响环境中的细菌耐药组，但这是否是源于人体耐药菌的直接增殖，尚不清楚。Microbiome发表的这项研究表明，人粪便中的耐药菌携带的抗生素耐药基因，能转移至环境中的近亲细菌中，从而可能造成了环境耐药组的爆发。

抗生素耐药菌 antibiotic resistance Antibiotic resistance gene Resistome mobile genetic element

大熊猫

大熊猫源致病大肠杆菌CCHTP全基因组测序及耐药和毒力基因分析

目前关于大熊猫源大肠杆菌的研究主要集中在对大熊猫肠道内大肠杆菌的分离鉴定、耐药性检测等，但有关大熊猫肠外大肠杆菌相关的研究报道还较少。本研究通过全基因组测序技术首次对泌尿生殖道感染出现潜在出血的大熊猫尿液中分离的大肠杆菌CCHTP进行检测，主要研究了其中毒力因子及耐药基因情况，可较为全面地预测大肠杆菌中耐药基因、耐药谱、毒力因子及相关毒力基因等重要致病特性。研究结果可为圈养大熊猫临床治疗和合理用药提供指导，为后续开展圈养大熊猫源病原菌中毒力因子和耐药基因研究提供依据。

大熊猫大肠杆菌全基因组测序耐药基因毒力因子

抗生素耐药性

华南农业大学：质粒编码的新型高耐药耐药基因 tet（X）

我国的四环霉素耐药性显著。华南农业大学团队近期在《Nature Microbiology》发表研究，在我国发现了一种位于高转移性质粒上的新型四环霉素耐药基因，该基因的表达可介导对最后防线抗生素——替加环素以及新药伊拉瓦环素的耐药性，对抗生素药物有效性的威胁值得关注。

抗生素耐药性耐药基因四环素耐药性肠杆菌科质粒传播

环境菌群

国际空间站中的环境菌群及耐药基因

《Microbiome》上发表的一项研究，对国际空间站中的环境菌群进行了宏基因组分析，可检测到多种致病菌、耐药基因及毒力因子。该结果有助于阐释环境菌群的形成的发展，有助于优化空间站等密闭空间环境的方法。

环境菌群 built environment functional metagenomics International Space Station metagenome

耐药基因

污水处理厂或为细菌耐药性防控重点

污水处理厂是抗菌素耐受基因积累和传播的主要场所之一。本研究通过在12座瑞士污水处理厂采样，发现耐受基因丰度和种类受菌群结构、处理过程等多种因素影响，而且存在发生耐受基因大规模转移的可能，强调了需要在耐药基因检测中考虑基因转移以及宿主致病性，值得参考。

耐药基因污水处理厂基因水平转移 Guido Rindi Guido Rindi

耐药基因

Microbiome：靶向性宏基因组分析大幅提高抗性组分析深度

这是Microbiome[IF：8.496]发表的关于利用靶向性宏基因组学研究抗性组的生物信息学方法学研究，值得专业人士重点关注。

耐药基因宏基因组

磺胺类药物

Microbiome：鉴定出第四类迁移性磺胺类药物耐药基因

这是Microbiome[IF：8.496]杂志发表的鉴定特定耐药基因的方法学研究，值得专业人士特别关注。

磺胺类药物耐药基因 Bioprospecting environment evolution

废水

TM：一文读懂废水中的耐药基因（综述）

这是刚刚在Trends in Microbiology[IF：11.020]上online的重要综述，系统性阐述了废水中抗生素、抗生素耐药基因、耐药细菌汇聚所带来的风险和挑战，如何鉴定和研究耐药基因以及如何应对和处理。非常值得好好读一读的综述，特别推荐。

废水耐药基因 horizontal gene transfer selection pressure Scott L Friedman

抗生素

Science：全球一起努力，减少肉用动物的抗生素使用！

这是一篇重要的呼吁降低肉用动物中抗生素使用的文章，不过除了呼吁，更重要的是多位作者共同提出的到2030年如何减少抗生素使用的具体建议，包括数据分析模型。文章发表在Science上，分量十足，值得所有人特别关注！

抗生素耐药基因动物饲养肉用动物

城市化

Microbiome：城市化，让中国人的菌群西化

这是一堆美国人为了研究发展中国家的城市化如何对人体肠道菌群进行影响的文献，发现城市化中的中国人的肠道菌群，正在“西化”，变得不健康，毒性和耐药基因增加。很值得关注和警惕的现象，特别推荐。

城市化耐药基因毒性基因

粪菌移植

CID：粪菌移植，能获取和清除多少耐药基因？

这是关于粪菌移植供体-受体相关耐药基因分布的研究，很值得关注，特别推荐。

粪菌移植耐药基因 Kyle L Flannigan Steven C Greenway Simon A Hirota

施肥土壤

SBB：粪肥将耐药基因带给土壤

这是中科院城市环境研究所关于抗生素抗性基因（ARG）如何通过粪肥向土壤传播的机制研究，值得认真读一读，特别推荐！

施肥土壤粪肥菌群土壤菌群耐药基因 Antibiotic resistance genes

禽畜废水

南大团队：禽畜养殖废水和耐药基因，一起侵害河流！

这是南京大学团队发表在WATER RESEARCH[IF：6.942]上的研究，特别关注禽畜养殖业排出的废水中的耐药基因，如很多人所料，养殖业因抗生素滥用造成的耐药性基因传播，值得警惕！

禽畜废水耐药基因耐药细菌 Layla Kamareddine Paula I Watnick

抗生素耐药

Microbiome：中国城市污水中耐药基因高启，过半或来自人体！

这是来自中科院城市环境研究所和香港大学团队联合完成的研究，对中国城市污水中的耐药基因进行定量分析，这是中国相关领域的里程碑似研究，其中发布的中国不同地区耐药基因丰度图，很直观，很经典，预计会被经常引用。强烈推荐本文！

抗生素耐药耐药基因抗性组污水处理 antibiotic resistance

耐药基因

EP：中国东苕溪沿线耐药基因广泛分布，耕地是重灾区

这是来自浙江大学团队对浙江境内东苕溪流域耐药基因分布的研究，结果提示我们，耐药基因已经侵入江河湖海，已经是我们必须去面对的健康和疾病挑战。强烈推荐阅读！

耐药基因东苕溪抗生素耐药性 Kathrin Fenn Philip Strandwitz

水生环境

FM：水生环境中的病毒组可作为耐药基因的蓄水池

在水生环境中研究耐药基因存在的文献，特别推荐。

水生环境病毒组耐药基因

耐药基因

Nature子刊：致病菌如何获得耐药基因？

这是研究抗生素耐药基因（ARG）传播机制的重要文章，阐述ARG从产生抗生素的放线菌传播给致病菌的过程，很值得关注，特别推荐。

耐药基因水平转移