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文章数：2篇

宏基因组学

使用PathoFact鉴定宏基因组中毒力因子和耐药基因

PathoFact是一个能够高度准确地（分别为0.921、0.832和0.979）和特异性（0.957、0.989和0.994）对毒力因子、细菌毒素和耐药基因进行预测的工具。该工具结合了这些致病因子的预测和可移动遗传元件的识别。通过考虑相关基因的基因组背景，这为分析提供了进一步的深度。此外，PathoFact的毒力因子，毒素和抗菌素耐药基因模块可以独立应用，从而使其成为一个灵活而通用的工具。在预测毒力因子和毒素基因方面，PathoFact优于所有现有的工作流程。在预测抗菌素耐药性方面，它的性能可与一套流程相媲美，而优于其他。PathoFact及其模型和数据库可在https://pathofact.lcsb.uni.lu上免费获得。

宏基因组学毒力因子耐药基因可移动遗传元件模块化

Nature子刊：干旱下细菌网络崩了，真菌网络依然很稳定

土壤微生物群落在生态系统功能中发挥着至关重要的作用，但目前尚不清楚微生物群落的共现性网络如何响应类似极端气候等环境扰动。本文在草地生态系统的研究表明了干旱使得土壤细菌共现性网络不稳定，而且在土壤湿度恢复过程中，细菌群落的变化与土壤功能联系更加紧密。此外，干旱改变植被组成，导致土壤水分的减少，这些结果对细菌群落组成及其共现性网络有长远的影响。本文结果表明干旱影响土壤微生物群落，作为反馈土壤微生物群落也会影响地上部植被，最终地上地下协同抵抗干旱。这一发现为地上地下协同抗干扰的研究提供新的见解。

干旱共现性网络微生物群落模块化真菌网络