Shotgun metagenomics

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Shotgun metagenomics

文章数：9篇

补充Akk菌促进小鼠健康老化

肠道菌群与衰老相关疾病存在关联。Microbiome近期发表的一项研究在小鼠中分析了老化过程中的肠道菌群变化，以及3种恢复青春的干预方法（与年轻小鼠同笼饲养、联体共生或注射年轻鼠血清）对肠道菌群和老化相关表型的影响，揭示了老化过程中的关键肠道细菌类群和菌群功能的变化，并发现通过口服Akk菌能增加老年小鼠的健康寿命，为开发促进健康老龄化的干预方法带来新启示。

衰老 16S rRNA sequencing Ageing Akkermansia muciniphila rejuvenation

微生物组分析检测零售鸡胸肉质量

与食物相关的微生物的研究如火如荼，但关于零售食品的微生物组研究依然匮乏。本研究聚焦零售鸡胸肉中的微生物组，并以此推断鸡胸肉的质量和安全性，提供了一种利用微生物组学检测食品安全与质量的方法思路。

鸡胸肉微生物组学 chicken Microbiome Shotgun metagenomics

环境微生物

宏组基因组和培养组联合揭示热泉微生物组成和功能

泉水提供了重要的生态系统服务，包括饮用水供应、娱乐和水疗，但其微生物群落在很大程度上仍然未知。在这项研究中，我们在温泉的四个采样点包括自然（泉水和井）和人为（储水箱，浴缸）环境的四个采样点表征了意大利Comano Terme的泉水微生物组。这项研究证实，地下水环境中存在着由许多未知类群组成的高度适应的，稳定的微生物群落，甚至存在于可培养的部分中。

环境微生物温泉宏基因组培养组学细菌基因组

胎盘菌群可能并不存在

一直以来人们以为子宫内是无菌环境，但近年来这一认知受到挑战，一些研究指出，胎盘中可能存在菌群——尽管含量很低。Microbiome近期发表的一项研究，通过多种方法分析早产和足月生产的人体胎盘样本，并设计了严格的阴性和阳性对照，发现胎盘菌群与阴性对照没有明显差异。

胎盘菌群 16S rRNA gene Microbiome Placenta preterm birth

Cell子刊：婴儿的菌群发育，母亲的直接贡献很大

Cell Host and Microbe刚刚上线一项母婴菌群纵向传递的研究，结合宏基因组学和菌株水平的计算方法，表明母亲身体多个部位的菌群参与了婴儿口腔和肠道菌群的发育，其中母亲的肠道菌群贡献最大，婴儿自身的生理环境选择也对菌群塑造有重要作用。

婴儿菌群母婴传播菌株水平分析 Infant microbiome Shotgun metagenomics

生物信息学

宏基因组基因丰度分析，哪种方法更好？

BMC Genomics上发表的最新研究，基于真/假阳性率等参数，对多种分析宏基因组基因丰度的方法进行比较，推荐专业人士阅读。

生物信息学宏基因组数据分析 false discovery rate Gene abundances High-dimensional data

参考数据库

Microbiome：极简主义的大规模微生物数据库

微生物组研究中的数据库作用巨大，但目前整体缺乏统一的微生物参考基因组数据库和用于快速编译的计算工具，Microbiome[IF：8.496]在这篇文章中介绍的两个数据库，或许可以为推动数据共享提高分析效率等作出贡献。这值得专业人士关注。

参考数据库宏基因组分析 Pan-genome Reference database Shotgun metagenomics

宏基因组学

Microbiome：在微生物组研究中优化方法和规避误区（必读综述）

这是关注菌群研究的人必读的方法学综述，强烈推荐。

宏基因组学 “猎枪”宏基因组环境污染方法研究设计

Microbiome：变形菌门解释肠道菌群可变性

不同肠道菌群之间为什么会有生理差异的特异性基因及分类群呢？菌群的可变性主要与哪些类型的细菌有关？看看这篇文章。

拟杆菌门肠型厚壁菌门功能冗余人体肠道微生物