宏基因组分析

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宏基因组分析

文章数：11篇

META基因分型分析

Cell子刊：有效应对微生物META基因型分析陷阱的策略

在微生物宏基因组研究中，基因多态性是对微生物群落进行分型、进化研究的主要序列特征。目前主要的研究手段是将获得的序列信息通过特定开发的算法软件与已有的基因组参考序列进行比对分析从而做出判断。然而，随着测序数据的海量增长，可对比数据库中参考基因信息越来越多，也越来越复杂，而二代测序获得短读序列在这种情况下进行序列比对，必然会导致把基于序列比对的分析方法的短板无限放大，降低META基因型分析工具的性能。近期一篇发表在Cell子刊，Cell System的研究论文就针对该情况进行了深入的比较研究，对不同错误来源对结果的影响进行了评价，进而评估了几种不同的策略，可以有效提升目前META基因型分析的性能。这些研究结果对未来微生物宏基因组研究具有一定的指导意义。

META基因分型分析序列比对对齐唯一性读取配对数据库自定义

母婴菌群传递

宏基因组分析揭示母婴菌群特征

研究表明，母体微生物群是婴儿体内先锋细菌的重要来源之一。然而，母婴肠道菌群在不同分类和代谢功能下的整体差异和相同特征，以及基于配对母亲肠道菌群预测婴幼儿肠道菌群的潜力尚不清楚。Gut Microbes最近发表的文章，纳入376对母婴，收集包括468份从怀孕、分娩到产后的母亲粪便样本，以及1024份从出生到1岁的婴儿粪便样本，进行宏基因组分析。目的是研究（1）母婴肠道微生物组成、菌株异质性和代谢功能差异；（2）母婴微生物共享生物标志物；（3）菌株水平上的母婴微生物垂直传播；（4）孕妇特征对婴儿肠道微生物群的影响；（5）临床混杂因素，尤其早期分娩方式和喂养方式对共享物种和毒株影响；（6）利用基于母体肠道菌群的不同机器学习算法，预测母婴共享物种和菌株在婴儿中的发生率。研究结果揭示了从物种、菌株到代谢功能水平的母婴微生物特征。这一发现或为未来的母婴肠道菌群研究奠定基础。

母婴菌群传递宏基因组分析

饮食-菌群互作

Nature子刊：缺乏膳食纤维，影响肠道菌群的精细空间结构

对于菌群在肠道中的空间结构，人们了解有限。Nature Communications近期发表的一项研究，用激光捕获显微切割技术，沿纵轴和横轴分析了小鼠的结肠菌群，揭示了菌群组成和多样性在两个轴向上的梯度性变化，并发现饮食中的纤维和多糖，可在整体和局部两个层面对肠道菌群产生影响，再次表明膳食纤维对塑造结肠菌群的重要性。

饮食-菌群互作激光捕获显微切割 16S rRNA基因测序宏基因组分析荧光原位杂交

Joan Wong：使用PacBio HiFi读段进行宏基因组学分析

PacBio公司高级生物信息学应用专家Joan Wong发表题为《使用PacBio HiFi读段进行宏基因组学分析》的报告，介绍了PacBio长读长测序在菌群研究中的应用。

测序技术宏基因组分析 Sharon Ann Barretto Frédéric Lasserre Sandrine Ellero-Simatos

肉牛瘤胃菌群影响饲料转化率，且受品种影响

Microbiome上发表的一项最新研究，发现不同肉牛之间的瘤胃菌群组成及功能存在差异，而瘤胃菌群与肉牛的饲料转化率相关。

瘤胃菌群 Beef breed Feed efficiency metagenomics metatranscriptomics

参考数据库

Microbiome：极简主义的大规模微生物数据库

微生物组研究中的数据库作用巨大，但目前整体缺乏统一的微生物参考基因组数据库和用于快速编译的计算工具，Microbiome[IF：8.496]在这篇文章中介绍的两个数据库，或许可以为推动数据共享提高分析效率等作出贡献。这值得专业人士关注。

参考数据库宏基因组分析 Pan-genome Reference database Shotgun metagenomics

EBI宏基因组分析平台

NAR：EBI宏基因组分析平台2017年度报告

这是Nucleic Acids Research[IF：10.162]发出的系统性介绍EBI metagenomics在2017年取得的新进展的文章，值得专业人士好好看看。

EBI宏基因组分析平台宏基因组分析 Michael M Desai Ivana Cvijović

参考基因组

GB：不依赖于参考基因组的宏基因组分析算法——MetaGen

一篇宏基因组学方法学相关文献，推荐专业人士阅读。

参考基因组宏基因组分析 Binning metagenomics Mixture model

宏基因组分析

Microbiome：整合不同宏基因组分析工具的新方法

宏基因组的分析方法和工具有很多，分析结果往往存在差异，如何尽可能减少这些差异呢？看看这个新方法。

宏基因组分析 Binning metagenomics Pipeline Taxonomic profiling

病原体检测

Genome Biology：新的交互式宏基因组分析工具

生物信息分析的新工具，转需！

病原体检测宏基因组分析交互式分析 Kyungsun Han Hojun Kim

基因组组装

用染色质构象捕获分析宏基因组数据

宏基因组数据的拼接是痛点。通过计量DNA分子之间的碰撞，meta3C能够识别出与特定细胞结构接触的DNA，来描述构成复杂的微生物组。这种方法有望从宏基因组数据中挑出来自特定物种的DNA，也可区分序列是否来自于染色体以外的DNA（如质粒、移动元件或噬菌体等）。

基因组组装基因组3D信号生成宏基因组分析宏基因组染色体构像捕获