荧光原位杂交

搜索
登录

荧光原位杂交

文章数：11篇

空间转录组

国内团队：空间宏转录组测序技术SMT

近年来，空间转录组技术发展迅速，可解析实体组织基因表达的空间异质性，确定其细胞组成及功能特点。然而标准的ST技术在评估宿主细胞与驻留微生物的互作研究方面仍存在精度及通量方面的局限性。近日，上海市免疫学研究所陈磊及团队在Genome Research发表最新研究，开发了空间宏转录组测序及一体化的生物信息分析技术SMT, 通过结合空间转录组数据和微生物丰度数据，可在空间层面揭示宿主细胞和微生物的大致分布与互作状态。总之，该研究为微生态研究提供了有力的工具，值得关注。

空间转录组 SMT 研究论文基础研究方法技术

牙菌斑中的corncob结构揭示微生境分类群的特异性

人的口腔是研究细菌群落如何在不同的栖息地中存在差异的一个天然实验室。牙菌斑的corncob结构(由束缚在棒状杆菌细丝上的球状细菌组成)可用于分析复杂的天然生物膜中的微生境群落结构。Microbiome近期发表的文章，借助荧光原位杂交和光谱成像技术，发现在corncob结构中，每个分类群都与有限的潜在微生物群联系在一起，这一特点可能会促进群体的的长期稳定。深入阐明口腔生物膜中的细菌近邻关系，可能会发现更多的分类群关系，并能利用这些关系对这些群落进行有针对性的调节，以维护口腔健康。

牙菌斑生物膜口腔微生物群荧光原位杂交光谱成像

Nature：新方法看清菌群中成百上千种细菌的空间分布

菌群是一个复杂的生态系统，要理解其内部的物种互作机制和变化规律，目前的研究主要是基于测序分析和体外培养实验。如何对具有高细菌密度和物种多样性的菌群进行高分辨率的原位成像，从而直观地看到菌群内不同种类细菌的空间分布，仍是一大挑战。Nature最新发表的一项来自康奈尔大学团队的研究，在解决这一技术问题上迈出了重要的一步。研究者开发了一种名为HiPR-FISH（使用荧光原位杂交的高系统发生分辨率微生物组图谱）的菌群原位成像方法，能在单菌分辨率水平上绘制区分数百（至多1023）种细菌的菌群空间分布图，在解析菌群的空间结构，以及菌群成员之间在空间上的相互作用方面，具有很大的研究应用价值。Nature特别配发了解读文章（见“延伸阅读”），可搭配阅读。

细菌成像研究方法与技术荧光原位杂交菌群

肠道菌群研究工具

王炜+杨朝勇等：肠道“暗物质”如何在体内生长分裂？新方法助你“看清”

人们分析肠道菌群目前仍以测序为主，辅以体外培养研究。然而，肠道菌群成员在肠道内如何发生各种生物学过程（比如细菌的分裂和生长），仅靠测序和体外培养是难以回答的。上海交通大学医学院的王炜和杨朝勇等人，在Science Advances上发表的一项最新研究中，提出了一种基于STAMP（右旋氨基酸探针序贯标记）并辅以FISH（荧光原位杂交）的方法，能够揭示不同种类的肠道细菌的在体生长和分裂模式。该方法对于研究肠道细菌的形态发生等微生物学问题，特别是对于肠道菌群中的“暗物质”——不可培养细菌，具有重要价值。

肠道菌群研究工具荧光探针荧光原位杂交细菌生长细菌分裂

沈阳农业大学：揭示水平转移基因的功能

水平基因转移是Science杂志公布的125个科学前沿问题。水平基因转移事件在昆虫-微生物共生系统中普遍发生，但功能尚不清楚。沈阳农业大学植物保护学院栾军波团队在《ISME Journal》上发表的最新研究中，通过整合多学科技术方法系统研究了烟粉虱水平转移基因在合成生物素方面的作用，该研究证明了细菌源水平转移基因可为烟粉虱合成生长发育必需的生物素，同时也为烟粉虱的精准防控提供了靶标。

烟粉虱水平转移基因生物素大肠杆菌基因敲除

研究方法与技术

Nature Reviews：原位研究宿主-共生菌相互作用的新技术（评述）

对宿主-微生物相互作用的充分理解有助于对有益和有害相互作用的区分，以及它们对进化和致病机制的理解。但多数共生微生物具有不可体外培养的特性，因此迫切需要使用新的技术来研究宿主和微生物的原位相互作用。发表在《Nature Reviews Microbiology》上的一项“聚焦”文章评述了空间代谢组学和光学显微镜在宿主-微生物相互作用的生物地理学成像方面的最新进展，介绍了大气压基质辅助激光解析电离质谱成像（AP-MALDI-MSI）、荧光原位杂交（FISH）技术和3D光片荧光显微镜（3D-LSFM）技术在宿主-微生物原位相互作用中的成功应用，并指出三种技术的优势结合可为检测微生物感染和生长状态、区分宿主和微生物代谢及相互作用提供更有效途径。

研究方法与技术微生物-宿主互作荧光原位杂交内共生空间代谢组学

饮食-菌群互作

Nature子刊：缺乏膳食纤维，影响肠道菌群的精细空间结构

对于菌群在肠道中的空间结构，人们了解有限。Nature Communications近期发表的一项研究，用激光捕获显微切割技术，沿纵轴和横轴分析了小鼠的结肠菌群，揭示了菌群组成和多样性在两个轴向上的梯度性变化，并发现饮食中的纤维和多糖，可在整体和局部两个层面对肠道菌群产生影响，再次表明膳食纤维对塑造结肠菌群的重要性。

饮食-菌群互作激光捕获显微切割 16S rRNA基因测序宏基因组分析荧光原位杂交

荧光原位杂交

ER：人工湿地清除粪便细菌的机制（综述）

在自然环境的湿地系统中，对含有各种污染物（如粪便细菌）的清除和净化是重要的生态功能，人工湿地作为模型，可用于相关机制的研究。本文是一篇系统性综述，总结了相关知识，特别值得一读。

荧光原位杂交宏基因组学人工湿地

荧光原位杂交

Nutrients：不同苹果显著改变菌群多样性，但效果各异

不同苹果，会怎样改变肠道菌群？这个研究很有意思，推荐阅读。

荧光原位杂交 illumina 16S rRNA基因测序苹果纤维体外分批培养发酵

高分子量多糖

ISME：海洋细菌摄取多糖的新机制

这是一项针对海洋中细菌如何利用高分子量多糖的研究，很有意义，特别是最后通过培养发现，海洋里的一种细菌，利用大分子多糖的机制跟肠道菌群中同为拟杆菌门的一种细菌类似。从海洋到肠道，可以给你点什么启发？

高分子量多糖超分辨率结构照明显微技术荧光原位杂交尼罗红染色拟杆菌门

荧光原位杂交

通过组合标记和光谱成像对微生物群落组织进行系统分析

自然界中的微生物经常作为复杂的多样类群的成员，但是由于标记和成像技术的局限性，人们对这些群落在微米级别的结构组织了解甚少。作者在此报道了一种结合光谱图像采集和分析的组合标记策略，该方法极大地扩展了单幅图像中可区分的荧光标记的数量，该方法不仅限于分析菌群的物种组成，生物学的许多分支学科都可以受益于这种方法，从而扩大单个图像中可区分的荧光报告分子的数量，就功能隐含在结构中而言，组合标记和光谱成像策略提供的复杂生物结构的系统级分析提供了一种解构生物组织的方法。

荧光原位杂交成像技术微米级别牙菌斑探针